PDB-8cdx: Human carbonic anhydrase I complexed with 4-(3-ethylureido)benzen...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8cdx

タイトル

Human carbonic anhydrase I complexed with 4-(3-ethylureido)benzenesulfonamide

要素

Carbonic anhydrase 1

キーワード

LYASE / carbonic anhydrase I / sulfonamide / metalloenzyme / inhibitor

機能・相同性

機能・相同性情報

hydro-lyase activity / Gene and protein expression by JAK-STAT signaling after Interleukin-12 stimulation / cyanamide hydratase / cyanamide hydratase activity / arylesterase activity / Reversible hydration of carbon dioxide / carbonic anhydrase / carbonate dehydratase activity / Erythrocytes take up oxygen and release carbon dioxide / Erythrocytes take up carbon dioxide and release oxygen ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.335 Å

データ登録者

Angeli, A. / Ferraroni, M.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: Molecules / 年: 2023
タイトル: Ureidobenzenesulfonamides as Selective Carbonic Anhydrase I, IX, and XII Inhibitors.
著者: Denner, T.C. / Angeli, A. / Ferraroni, M. / Supuran, C.T. / Csuk, R.

履歴

登録	2023年2月1日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2024年2月21日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年9月4日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8cdx.cif.gz	222.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8cdx.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8cdx.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8cdx_validation.pdf.gz	1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8cdx_full_validation.pdf.gz	1 MB	表示
XML形式データ	8cdx_validation.xml.gz	26.9 KB	表示
CIF形式データ	8cdx_validation.cif.gz	39.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cd/8cdx ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cd/8cdx	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8cdzC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#128 - 2010年8月インターフェロン (Interferons) 類似性 (1) #94 - 2007年10月スーパーオキシドジスムターゼ (Superoxide Dismutase) 類似性 (1) #163 - 2013年7月 HIVカプシド (HIV Capsid) 類似性 (1)

登録構造単位

AAA: Carbonic anhydrase 1

BBB: Carbonic anhydrase 1

ヘテロ分子

58.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

AAA: Carbonic anhydrase 1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
29.2 kDa, 1 ポリマー

2

BBB: Carbonic anhydrase 1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
29.2 kDa, 1 ポリマー

単位格子

Length a, b, c (Å)	62.270, 70.980, 121.580
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Carbonic anhydrase 1 / Carbonate dehydratase I / Carbonic anhydrase B / CAB / Carbonic anhydrase I / CA-I 分子量: 28906.186 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CA1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P00915, carbonic anhydrase
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物	ChemComp-UE7 / 1-ethyl-3-(4-sulfamoylphenyl)urea / 4-(3-ethylureido)benzenesulfonamide 分子量: 243.283 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₉H₁₃N₃O₃S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 504 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.32 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.07 %
結晶化	温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 28-31% PEG4000, 0.2 M Sodium acetate, 0.1 M Tris pH 8.5-9.0

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ELETTRA / ビームライン: 11.2C / 波長: 0.9718 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年6月3日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9718 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.33→46.85 Å / Num. obs: 122663 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 12 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.216 / R_rim(I) all: 0.225 / Net I/σ(I): 16.93
反射シェル	解像度: 1.33→1.37 Å / 冗長度: 8.6 % / Mean I/σ(I) obs: 2.34 / Num. unique obs: 8895 / CC_1/2: 0.839 / % possible all: 98.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0258	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
REFMAC		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.335→46.85 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.977 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.969 / SU B: 1.745 / SU ML: 0.032 / 交差検証法: NONE / ESU R: 0.048 / ESU R Free: 0.048 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1794	6144	5.009 %
R_work	0.1415	116515	-
all	0.143	-	-
obs	-	122659	99.875 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 18.352 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.23 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.723 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.493 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.335→46.85 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4032	0	34	504	4570

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.017	0.013	4207
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	3696
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.037	1.634	5735
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.589	1.582	8652
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.194	5	524
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.241	23.768	207
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.192	15	668
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.542	15	14
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.12	0.2	538
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.013	0.02	4846
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	860
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.216	0.2	779
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.196	0.2	3515
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.176	0.2	2018
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.09	0.2	1946
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.129	0.2	311
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.077	0.2	8
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.191	0.2	10
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.208	0.2	44
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.157	0.2	21
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.332	1.672	2070
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.328	1.671	2069
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.59	2.519	2584
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.593	2.52	2585
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.995	1.982	2137
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.995	1.983	2138
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.401	2.832	3145
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.4	2.833	3146
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	4.076	20.908	4709
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	4.076	20.915	4710
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	4.716	3	7903

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.335-1.37	0.27	434	0.269	8448	X-RAY DIFFRACTION	98.5794
1.37-1.407	0.243	430	0.213	8316	X-RAY DIFFRACTION	99.9886
1.407-1.448	0.239	404	0.182	8165	X-RAY DIFFRACTION	99.9883
1.448-1.492	0.201	399	0.148	7831	X-RAY DIFFRACTION	99.9514
1.492-1.541	0.178	379	0.124	7657	X-RAY DIFFRACTION	99.913
1.541-1.595	0.162	394	0.106	7351	X-RAY DIFFRACTION	99.9871
1.595-1.655	0.165	436	0.103	7100	X-RAY DIFFRACTION	99.9867
1.655-1.723	0.167	382	0.101	6854	X-RAY DIFFRACTION	100
1.723-1.8	0.178	357	0.103	6568	X-RAY DIFFRACTION	99.9711
1.8-1.887	0.154	347	0.111	6349	X-RAY DIFFRACTION	99.9851
1.887-1.989	0.16	342	0.127	5963	X-RAY DIFFRACTION	99.9524
1.989-2.11	0.18	315	0.139	5690	X-RAY DIFFRACTION	100
2.11-2.255	0.168	287	0.138	5371	X-RAY DIFFRACTION	99.9823
2.255-2.436	0.171	253	0.127	5036	X-RAY DIFFRACTION	100
2.436-2.668	0.175	222	0.131	4650	X-RAY DIFFRACTION	100
2.668-2.982	0.188	179	0.14	4255	X-RAY DIFFRACTION	100
2.982-3.442	0.167	192	0.153	3735	X-RAY DIFFRACTION	100
3.442-4.212	0.167	165	0.147	3200	X-RAY DIFFRACTION	100
4.212-5.943	0.185	142	0.159	2505	X-RAY DIFFRACTION	100
5.943-46.85	0.226	85	0.197	1471	X-RAY DIFFRACTION	99.7436

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)