PDB-8cd9: Cathepsin B1 from Schistosoma mansoni in complex with gallinamide...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8cd9

タイトル

Cathepsin B1 from Schistosoma mansoni in complex with gallinamide analog 6

要素

Cathepsin B-like peptidase (C01 family)

キーワード

HYDROLASE / cysteine protease / cathepsin B / SmCB1 / Schistosoma mansoni / protease inhibitor peptidomimetic / gallinamide A

機能・相同性

機能・相同性情報

proteolysis involved in protein catabolic process / lysosome / cysteine-type endopeptidase activity / extracellular space
類似検索 - 分子機能

生物種

Schistosoma mansoni (マンソン住血吸虫)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.55 Å

データ登録者

Rubesova, P. / Brynda, J. / Fanfrlik, J. / Gerwick, W.H. / Mares, M.

資金援助

チェコ, 2件

引用

ジャーナル: Acs Infect Dis. / 年: 2024
タイトル: Nature-Inspired Gallinamides Are Potent Antischistosomal Agents: Inhibition of the Cathepsin B1 Protease Target and Binding Mode Analysis.
著者: Spiwokova, P. / Horn, M. / Fanfrlik, J. / Jilkova, A. / Fajtova, P. / Leontovyc, A. / Houstecka, R. / Bielikova, L. / Brynda, J. / Chanova, M. / Mertlikova-Kaiserova, H. / Caro-Diaz, E.J.E. / ...

履歴

登録	2023年1月30日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2024年2月21日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年8月7日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2024年10月9日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8cd9.cif.gz	79.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8cd9.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8cd9.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8cd9_validation.pdf.gz	1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8cd9_full_validation.pdf.gz	1 MB	表示
XML形式データ	8cd9_validation.xml.gz	14.2 KB	表示
CIF形式データ	8cd9_validation.cif.gz	20.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cd/8cd9 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cd/8cd9	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8cc2C 8ccuC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#142 - 2011年10月 PDBの先駆者たち (PDB Pioneers) 類似性 (9)

登録構造単位

AAA: Cathepsin B-like peptidase (C01 family)

ヘテロ分子

29.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: homology

単位格子

Length a, b, c (Å)	33.062, 78.870, 90.139
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Cathepsin B-like peptidase (C01 family) / Cathepsin B1 isotype 1 分子量: 28507.256 Da / 分子数: 1 / 変異: T168A, T283A / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Schistosoma mansoni (マンソン住血吸虫) 遺伝子: cb1.1, Smp_103610 / プラスミド: pPICZ(alpha) A / 発現宿主: Komagataella pastoris (菌類) / 株 (発現宿主): X-33 / 参照: UniProt: Q8MNY2
#2: 化合物	ChemComp-UA9 / [(2~{S})-1-[[(2~{S})-1-[[(2~{S})-5-[(2~{S})-3-methoxy-5-oxidanylidene-2-(phenylmethyl)-2~{H}-pyrrol-1-yl]-5-oxidanylidene-pentan-2-yl]amino]-4-methyl-1-oxidanylidene-pentan-2-yl]amino]-4-methyl-1-oxidanylidene-pentan-2-yl] (2~{S})-2-(dimethylamino)-3-phenyl-propanoate 分子量: 704.895 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄₀H₅₆N₄O₇ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#4: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 206 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.06 Å³/Da / 溶媒含有率: 40.37 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.1 詳細: 0.2 M ammonium acetate, 0.1 M sodium citrate, 30% PEG 1500, streak seeding

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

BESSY

/ ビームライン: 14.1 / 波長: 0.918 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年3月29日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.918 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.55→50 Å / Num. obs: 35093 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 6.8 % / B_iso Wilson estimate: 23.9 Å² / CC_1/2: 0.997 / R_merge(I) obs: 0.154 / R_rim(I) all: 0.167 / Net I/σ(I): 9.54

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	% possible all
1.55-1.64	1.801	0.97	5478	0.477	1.952	97.1
1.64-1.75	1.116	1.63	5274	0.696	1.209	99.5
1.75-1.89	0.707	2.66	4915	0.855	0.764	99.8
1.89-2.07	0.35	5.16	4571	0.958	0.379	99.4
2.07-2.32	0.219	8.64	4123	0.98	0.237	99.9
2.32-2.67	0.153	12.23	3662	0.989	0.166	99.5
2.67-3.27	0.087	21.02	3152	0.997	0.094	99.7
3.27-4.62	0.049	33.61	2463	0.998	0.053	99.3
4.62-50	0.041	37.59	1453	0.999	0.045	98.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0258	精密化
XSCALE		データスケーリング
XDS	20210323	データ削減
MOLREP	11.7.02	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.55→39.435 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.967 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.954 / SU B: 2.624 / SU ML: 0.084 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.089 / ESU R Free: 0.091 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2157	1755	5.001 %
R_work	0.1782	33338	-
all	0.18	-	-
obs	-	35093	99.158 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 19.829 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.568 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	-0.44 Å²	0 Å²
3-	-	-	2.008 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.55→39.435 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1998	0	56	206	2260

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.013	2235
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.018	1989
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.701	1.695	3030
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.478	1.633	4647
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.56	5	273
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	29.697	21.81	116
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.244	15	376
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_other_3_deg	14.588	15	1
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	14.677	15	15
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.089	0.2	275
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.02	2548
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	501
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.207	0.2	432
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.19	0.2	1845
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.173	0.2	1041
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.081	0.2	925
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.165	0.2	159
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.019	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.055	0.2	4
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.121	0.2	12
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.188	0.2	50
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.175	0.2	10
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.543	1.794	1059
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.533	1.793	1058
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.258	2.689	1337
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.262	2.69	1338
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.534	2.206	1176
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.533	2.207	1177
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.914	3.164	1691
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	3.912	3.166	1692
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	5.018	21.791	2605
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	4.985	21.495	2566

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.55-1.586	0.366	123	0.379	2333	X-RAY DIFFRACTION	94.8263
1.586-1.629	0.353	122	0.353	2331	X-RAY DIFFRACTION	99.3922
1.629-1.677	0.332	122	0.313	2308	X-RAY DIFFRACTION	98.7002
1.677-1.728	0.29	119	0.269	2259	X-RAY DIFFRACTION	100
1.728-1.785	0.253	114	0.244	2175	X-RAY DIFFRACTION	99.9127
1.785-1.847	0.228	111	0.217	2112	X-RAY DIFFRACTION	99.8652
1.847-1.917	0.253	108	0.196	2049	X-RAY DIFFRACTION	99.7226
1.917-1.995	0.196	103	0.156	1956	X-RAY DIFFRACTION	99.2289
1.995-2.083	0.226	99	0.156	1884	X-RAY DIFFRACTION	99.5982
2.083-2.185	0.166	96	0.149	1825	X-RAY DIFFRACTION	99.948
2.185-2.302	0.227	91	0.145	1711	X-RAY DIFFRACTION	99.7233
2.302-2.442	0.214	86	0.133	1645	X-RAY DIFFRACTION	99.5972
2.442-2.609	0.171	80	0.14	1525	X-RAY DIFFRACTION	99.3808
2.609-2.818	0.2	77	0.143	1463	X-RAY DIFFRACTION	100
2.818-3.085	0.203	71	0.147	1332	X-RAY DIFFRACTION	99.6449
3.085-3.446	0.174	64	0.157	1226	X-RAY DIFFRACTION	99.3837
3.446-3.974	0.179	56	0.144	1066	X-RAY DIFFRACTION	98.7676
3.974-4.855	0.202	49	0.147	938	X-RAY DIFFRACTION	99.2958
4.855-6.815	0.196	40	0.194	744	X-RAY DIFFRACTION	99.115
6.815-39.435	0.235	24	0.237	453	X-RAY DIFFRACTION	98.7578

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関連情報:EMDBヘッダ

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