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- PDB-8cd3: Crystal structure of human Scribble PDZ1 domain in complex with h... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8cd3
タイトルCrystal structure of human Scribble PDZ1 domain in complex with human TMIGD1
要素
  • Protein scribble homolog
  • Transmembrane and immunoglobulin domain-containing protein 1
キーワードPROTEIN BINDING / PDZ domain / cell polarity / Scribble / transmembrane protein
機能・相同性
機能・相同性情報


extrinsic component of postsynaptic density membrane / establishment of T cell polarity / cochlear nucleus development / apoptotic process involved in morphogenesis / astrocyte cell migration / myelin sheath abaxonal region / Scrib-APC-beta-catenin complex / establishment of apical/basal cell polarity / polarized epithelial cell differentiation / synaptic vesicle targeting ...extrinsic component of postsynaptic density membrane / establishment of T cell polarity / cochlear nucleus development / apoptotic process involved in morphogenesis / astrocyte cell migration / myelin sheath abaxonal region / Scrib-APC-beta-catenin complex / establishment of apical/basal cell polarity / polarized epithelial cell differentiation / synaptic vesicle targeting / epithelial structure maintenance / neurotransmitter receptor transport, endosome to postsynaptic membrane / mammary gland duct morphogenesis / cell-cell contact zone / post-anal tail morphogenesis / establishment or maintenance of epithelial cell apical/basal polarity / activation of GTPase activity / protein localization to adherens junction / auditory receptor cell stereocilium organization / negative regulation of mitotic cell cycle / RND2 GTPase cycle / RND3 GTPase cycle / positive chemotaxis / regulation of postsynaptic neurotransmitter receptor internalization / receptor clustering / negative regulation of activated T cell proliferation / RHOJ GTPase cycle / RHOQ GTPase cycle / positive regulation of receptor recycling / CDC42 GTPase cycle / immunological synapse / synaptic vesicle endocytosis / signaling adaptor activity / Asymmetric localization of PCP proteins / neural tube closure / adherens junction / wound healing / cell-cell adhesion / positive regulation of type II interferon production / cell-cell junction / cell junction / cell migration / presynapse / lamellipodium / basolateral plasma membrane / cell population proliferation / postsynaptic density / positive regulation of apoptotic process / cadherin binding / protein kinase binding / glutamatergic synapse / extracellular exosome / nucleoplasm / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / : / Leucine-rich repeat region / Leucine-rich repeats, bacterial type / Leucine rich repeat / Leucine-rich repeat, typical subtype / Leucine-rich repeats, typical (most populated) subfamily / Leucine-rich repeat profile. / PDZ domain / Leucine-rich repeat ...: / : / Leucine-rich repeat region / Leucine-rich repeats, bacterial type / Leucine rich repeat / Leucine-rich repeat, typical subtype / Leucine-rich repeats, typical (most populated) subfamily / Leucine-rich repeat profile. / PDZ domain / Leucine-rich repeat / PDZ domain profile. / Domain present in PSD-95, Dlg, and ZO-1/2. / PDZ domain / PDZ superfamily / Leucine-rich repeat domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Protein scribble homolog
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Maddumage, J.C. / Kvansakul, M.
資金援助 オーストラリア, 1件
組織認可番号国
National Health and Medical Research Council (NHMRC, Australia)APP1103871 オーストラリア
引用ジャーナル: Commun Biol / 年: 2023
タイトル: Membrane recruitment of the polarity protein Scribble by the cell adhesion receptor TMIGD1.
著者: Thuring, E.M. / Hartmann, C. / Maddumage, J.C. / Javorsky, A. / Michels, B.E. / Gerke, V. / Banks, L. / Humbert, P.O. / Kvansakul, M. / Ebnet, K.
履歴
登録2023年1月30日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年1月31日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: Protein scribble homolog
A: Transmembrane and immunoglobulin domain-containing protein 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,7472
ポリマ－11,7472
非ポリマー00
水1,11762
1
B: Protein scribble homolog
A: Transmembrane and immunoglobulin domain-containing protein 1

B: Protein scribble homolog
A: Transmembrane and immunoglobulin domain-containing protein 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,4944
ポリマ－23,4944
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_554-x+1/2,y,-z-1/41
Buried area3500 Å2
ΔGint-11 kcal/mol
Surface area11840 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)53.664, 53.664, 215.703
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number98
Space group name H-MI4122
Space group name HallI4bw2bw
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y+1/2,x,z+3/4
#3: y+1/2,-x,z+3/4
#4: x+1/2,-y,-z+3/4
#5: -x+1/2,y,-z+3/4
#6: -x,-y,z
#7: y,x,-z
#8: -y,-x,-z
#9: x+1/2,y+1/2,z+1/2
#10: -y+1,x+1/2,z+5/4
#11: y+1,-x+1/2,z+5/4
#12: x+1,-y+1/2,-z+5/4
#13: -x+1,y+1/2,-z+5/4
#14: -x+1/2,-y+1/2,z+1/2
#15: y+1/2,x+1/2,-z+1/2
#16: -y+1/2,-x+1/2,-z+1/2
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-949-

HOH

21A-103-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Protein scribble homolog / Scribble / hScrib / Protein LAP4


分子量: 10877.308 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SCRIB, CRIB1, KIAA0147, LAP4, SCRB1, VARTUL / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: Q14160
#2: タンパク質・ペプチド Transmembrane and immunoglobulin domain-containing protein 1


分子量: 869.896 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 62 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.23 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.88 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 24% w/v PEG 1500, 20% Ethylene Glycol.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.95372 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年7月29日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.95372 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→43.01 Å / Num. obs: 13031 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 26.1 % / Biso Wilson estimate: 30.37 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.078 / Net I/σ(I): 21.7
反射 シェル解像度: 1.9→1.94 Å / Num. unique obs: 809 / CC1/2: 0.921

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
xia2データ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.9→43.01 Å / SU ML: 0.2124 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 21.8127
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2225 659 5.07 %
Rwork0.1962 12344 -
obs0.1975 13003 99.95 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 33.22 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→43.01 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数809 0 0 62 871
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.011818
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.28381104
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0793127
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0109147
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d6.4011119
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.9-2.050.24031350.19632389X-RAY DIFFRACTION99.8
2.05-2.250.19031100.16412433X-RAY DIFFRACTION100
2.25-2.580.23191220.17992445X-RAY DIFFRACTION100
2.58-3.250.20771380.20922464X-RAY DIFFRACTION100
3.25-43.010.22921540.2012613X-RAY DIFFRACTION99.96
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 11.9646087635 Å / Origin y: -0.23275637232 Å / Origin z: -12.5611567071 Å
111213212223313233
T0.212287145933 Å2-0.0411703448049 Å20.00649696945074 Å2-0.272864976467 Å2-0.0206117855479 Å2--0.249265906448 Å2
L0.317988412529 °2-0.168183436364 °2-0.390769756866 °2-0.721289025899 °2-0.134731367841 °2--0.664043772467 °2
S0.0501548581327 Å °0.0859594845887 Å °0.0164795344445 Å °0.0185924838553 Å °-0.0669212354309 Å °0.16926651931 Å °0.0438629954547 Å °-0.089547761913 Å °-0.000598843734905 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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