PDB-8ccu: Cathepsin B1 from Schistosoma mansoni in complex with gallinamide...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8ccu

タイトル

Cathepsin B1 from Schistosoma mansoni in complex with gallinamide analog 1

要素

Cathepsin B-like peptidase (C01 family)

キーワード

HYDROLASE (加水分解酵素) /

cysteine protease (システインプロテアーゼ) /

cathepsin B / SmCB1 /

Schistosoma mansoni (マンソン住血吸虫) / protease inhibitor peptidomimetic / gallinamide A

機能・相同性

機能・相同性情報

cysteine-type endopeptidase activity /

タンパク質分解
類似検索 - 分子機能

生物種

Schistosoma mansoni (マンソン住血吸虫)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.6 Å

データ登録者

Rubesova, P. / Brynda, J. / Gerwick, W.H. / Mares, M.

資金援助

チェコ, 2件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Cathepsin B1 from Schistosoma mansoni in complex with gallinamide analog 1
著者: Rubesova, P. / Brynda, J. / Gerwick, W.H. / Mares, M.

履歴

登録	2023年1月27日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2024年2月7日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8ccu.cif.gz	78.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8ccu.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8ccu.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cc/8ccu ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cc/8ccu	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8cc2
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#142 - 2011年10月 PDBの先駆者たち (PDB Pioneers) 類似性 (9)

登録構造単位

AAA: Cathepsin B-like peptidase (C01 family)

ヘテロ分子

29.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: homology

単位格子

Length a, b, c (Å)	33.081, 79.031, 90.584
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Cathepsin B-like peptidase (C01 family) / Cathepsin B1 isotype 1 分子量: 28507.256 Da / 分子数: 1 / 変異: T168A, T283A / 由来タイプ: 組換発現詳細: the first amino acid has number 70, numbering is the same as in 4I07 and 8CC2 由来: (組換発現) Schistosoma mansoni (マンソン住血吸虫) 遺伝子: cb1.1, Smp_103610 / プラスミド: pPICZ(alpha) A / 発現宿主: Komagataella pastoris (菌類) / 株 (発現宿主): X-33 / 参照: UniProt: Q8MNY2
#2: 化合物	ChemComp-U9X / [(2~{S})-1-[[(2~{S})-1-[[(2~{S})-5-[(2~{S})-3-methoxy-2-(2-methylpropyl)-5-oxidanylidene-2~{H}-pyrrol-1-yl]-5-oxidanylidene-pentan-2-yl]amino]-4-methyl-1-oxidanylidene-pentan-2-yl]amino]-4-methyl-1-oxidanylidene-pentan-2-yl] (2~{S},3~{S})-2-(dimethylamino)-3-methyl-pentanoate 分子量: 636.863 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₄H₆₀N₄O₇ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 261 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.08 Å³/Da / 溶媒含有率: 40.81 %
結晶化	温度: 278.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 詳細: 0.2 M ammonium acetate, 0.1 M sodium citrate, 30% PEG 3350, streak seeding

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

BESSY

/ ビームライン: 14.1 / 波長: 0.918 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年11月30日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.918 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.6→50 Å / Num. obs: 32051 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 5.9 % / CC_1/2: 0.997 / R_merge(I) obs: 0.115 / R_rim(I) all: 0.126 / Net I/σ(I): 10.65

反射シェル

解像度 (Å)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	Diffraction-ID	% possible all
1.6-1.7	0.944	4938	0.482	1.11	1	96.5
1.7-1.81	0.671	4827	0.801	0.737	1	99.9
1.81-1.96	0.409	4505	0.932	0.444	1	99.9
1.96-2.14	0.234	4160	0.974	0.255	1	99.9
2.14-2.4	0.16	3785	0.987	0.173	1	99.9
2.4-2.77	0.116	3365	0.992	0.126	1	100
2.77-3.38	0.071	2856	0.997	0.077	1	99.9
3.38-4.77	0.049	2274	0.998	0.053	1	99.8
4.77-50	0.043	1341	0.998	0.048	1	99.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0257	精密化
XSCALE		データスケーリング
XDS	20210323	データ削減
MOLREP	11.7.02	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.6→45.292 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.97 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.958 / SU B: 2.11 / SU ML: 0.069 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.088 / ESU R Free: 0.089 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1937	1601	5 %
R_work	0.1597	30418	-
all	0.161	-	-
obs	-	32019	99.392 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 17.476 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.135 Å²	-0 Å²	0 Å²
2-	-	0.28 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.146 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.6→45.292 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1995	0	46	261	2302

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.013	0.013	2200
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.018	1983
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.703	1.677	2982
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.485	1.626	4640
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.644	5	273
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	29.944	22.342	111
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.936	15	381
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_other_3_deg	11.228	15	1
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	15.199	15	13
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.092	0.2	278
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.011	0.02	2493
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	469
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.203	0.2	438
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.186	0.2	1850
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.171	0.2	1055
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.081	0.2	921
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.175	0.2	178
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.211	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.08	0.2	3
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.144	0.2	11
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.193	0.2	61
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.205	0.2	17
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.431	1.539	1062
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.423	1.538	1061
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.122	2.303	1339
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.124	2.304	1340
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.781	1.913	1138
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.78	1.915	1139
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.292	2.726	1641
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.29	2.728	1642
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	5.214	19.062	2615
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	5.117	18.61	2551

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.6-1.642	0.374	112	0.317	2121	0.319	2361	0.717	0.731	94.5786	0.315
1.642-1.686	0.319	111	0.294	2103	0.295	2253	0.755	0.79	98.269	0.287
1.686-1.735	0.275	111	0.249	2121	0.25	2235	0.843	0.853	99.8658	0.242
1.735-1.789	0.229	107	0.208	2024	0.209	2133	0.903	0.904	99.9062	0.197
1.789-1.847	0.211	105	0.18	2007	0.181	2113	0.931	0.934	99.9527	0.163
1.847-1.912	0.22	101	0.168	1912	0.171	2015	0.921	0.939	99.9007	0.148
1.912-1.984	0.186	98	0.151	1867	0.153	1966	0.957	0.954	99.9491	0.133
1.984-2.065	0.206	95	0.148	1810	0.151	1907	0.943	0.96	99.8951	0.13
2.065-2.156	0.194	90	0.137	1704	0.14	1794	0.954	0.968	100	0.119
2.156-2.261	0.176	87	0.134	1655	0.136	1743	0.961	0.969	99.9426	0.116
2.261-2.383	0.18	84	0.124	1586	0.127	1672	0.961	0.97	99.8804	0.107
2.383-2.527	0.198	78	0.127	1497	0.131	1577	0.957	0.971	99.8732	0.11
2.527-2.701	0.219	74	0.131	1399	0.135	1473	0.953	0.97	100	0.114
2.701-2.917	0.17	70	0.14	1323	0.141	1393	0.96	0.969	100	0.125
2.917-3.194	0.162	64	0.15	1218	0.151	1285	0.967	0.968	99.7665	0.139
3.194-3.569	0.178	59	0.146	1118	0.147	1177	0.967	0.971	100	0.139
3.569-4.117	0.129	52	0.131	996	0.131	1048	0.981	0.981	100	0.131
4.117-5.031	0.122	45	0.132	849	0.132	898	0.986	0.984	99.5546	0.138
5.031-7.072	0.187	36	0.205	680	0.204	716	0.966	0.968	100	0.207
7.072-45.292	0.332	22	0.222	417	0.228	443	0.905	0.943	99.0971	0.239

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)