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- PDB-8ccq: Crystal structure of arsenite oxidase from Pseudorhizobium banfie... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8ccq
タイトルCrystal structure of arsenite oxidase from Pseudorhizobium banfieldiae str. NT-26 (NT-26 Aio) bound to antimony trioxide
要素
  • AroA
  • AroB
キーワードOXIDOREDUCTASE / arsenite oxidase / molybdenum cofactor / MGD / arsenic oxyanion / antimony oxyanion
機能・相同性
機能・相同性情報


arsenate reductase (azurin) / oxidoreductase complex / molybdopterin cofactor binding / 3 iron, 4 sulfur cluster binding / NADH dehydrogenase activity / respiratory electron transport chain / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / metal ion binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Arsenite oxidase subunit AioB/Iodate reductase subunit IdrB, small subunit / Arsenite oxidase subunit AioA/Iodate reductase subunit IdrA, large subunit / Arsenite oxidase subunit AioA/Iodate reductase subunit IdrA, 3Fe-4S cluster / Rieske 3Fe-4S / Molybdopterin dinucleotide-binding domain / Molydopterin dinucleotide binding domain / Rieske [2Fe-2S] domain / Rieske [2Fe-2S] iron-sulphur domain / Rieske [2Fe-2S] iron-sulfur domain profile. / Rieske [2Fe-2S] iron-sulphur domain superfamily ...Arsenite oxidase subunit AioB/Iodate reductase subunit IdrB, small subunit / Arsenite oxidase subunit AioA/Iodate reductase subunit IdrA, large subunit / Arsenite oxidase subunit AioA/Iodate reductase subunit IdrA, 3Fe-4S cluster / Rieske 3Fe-4S / Molybdopterin dinucleotide-binding domain / Molydopterin dinucleotide binding domain / Rieske [2Fe-2S] domain / Rieske [2Fe-2S] iron-sulphur domain / Rieske [2Fe-2S] iron-sulfur domain profile. / Rieske [2Fe-2S] iron-sulphur domain superfamily / : / Aspartate decarboxylase-like domain superfamily / Molybdopterin oxidoreductase / Molybdopterin oxidoreductase / Twin arginine translocation (Tat) signal profile. / Twin-arginine translocation pathway, signal sequence
類似検索 - ドメイン・相同性
MOLYBDENUM(IV) ION / FE3-S4 CLUSTER / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER / Chem-MGD / OXYGEN ATOM / TRIETHYLENE GLYCOL / TRIHYDROXYANTIMONITE(III) / AroA / AroB
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudorhizobium banfieldiae (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.89 Å
データ登録者Engrola, F. / Santos-Silva, T. / Romao, M.J. / Correia, M.A.S.
資金援助 ポルトガル, 1件
組織認可番号国
Fundacao para a Ciencia e a Tecnologia ポルトガル
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2023
タイトル: Arsenite oxidase in complex with antimonite and arsenite oxyanions: Insights into the catalytic mechanism.
著者: Engrola, F. / Correia, M.A.S. / Watson, C. / Romao, C.C. / Veiros, L.F. / Romao, M.J. / Santos-Silva, T. / Santini, J.M.
履歴
登録2023年1月27日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年7月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年7月26日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_validate_planes
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _pdbx_validate_planes.type
改定 1.22023年8月23日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / Item: _citation.journal_volume / _citation.title
改定 2.02023年9月6日Group: Atomic model / Data collection / カテゴリ: atom_site / pdbx_nonpoly_scheme
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: AroA
B: AroB
C: AroA
D: AroB
E: AroA
F: AroB
G: AroA
H: AroB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)459,31862
ポリマ－447,0058
非ポリマー12,31354
水64,2603567
1
A: AroA
B: AroB
E: AroA
F: AroB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)229,57331
ポリマ－223,5024
非ポリマー6,07027
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area26580 Å2
ΔGint-263 kcal/mol
Surface area55560 Å2
2
C: AroA
D: AroB
G: AroA
H: AroB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)229,74531
ポリマ－223,5024
非ポリマー6,24327
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area26950 Å2
ΔGint-251 kcal/mol
Surface area55410 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)141.533, 148.395, 232.680
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP22121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11G-2802-

HOH

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要素

-
タンパク質 , 2種, 8分子 ACEGBDFH

#1: タンパク質
AroA


分子量: 93381.633 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pseudorhizobium banfieldiae (バクテリア)
遺伝子: aroA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q6VAL8
#2: タンパク質
AroB


分子量: 18369.531 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pseudorhizobium banfieldiae (バクテリア)
遺伝子: aroB / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q6VAL9

-
非ポリマー , 11種, 3621分子

#3: 化合物
ChemComp-MGD / 2-AMINO-5,6-DIMERCAPTO-7-METHYL-3,7,8A,9-TETRAHYDRO-8-OXA-1,3,9,10-TETRAAZA-ANTHRACEN-4-ONE GUANOSINE DINUCLEOTIDE / MOLYBDOPTERIN GUANOSINE DINUCLEOTIDE


分子量: 740.557 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H26N10O13P2S2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物
ChemComp-O / OXYGEN ATOM


分子量: 15.999 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: O / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物
ChemComp-4MO / MOLYBDENUM(IV) ION


分子量: 95.940 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mo / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 化合物
ChemComp-F3S / FE3-S4 CLUSTER


分子量: 295.795 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe3S4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#7: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION


分子量: 96.063 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#8: 化合物 ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL


分子量: 150.173 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O4
#9: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL


分子量: 92.094 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#10: 化合物
ChemComp-SBO / TRIHYDROXYANTIMONITE(III)


分子量: 172.782 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: H3O3Sb / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#11: 化合物
ChemComp-P33 / 3,6,9,12,15,18-HEXAOXAICOSANE-1,20-DIOL / HEPTAETHYLENE GLYCOL / PEG330


分子量: 326.383 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H30O8 / コメント: 沈殿剤*YM
#12: 化合物
ChemComp-FES / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER


分子量: 175.820 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe2S2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#13: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 3567 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.73 Å3/Da / 溶媒含有率: 55 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 2 M ammonium sulphate, 0.1 M HEPES sodium salt pH 7.5 and 2% v/v PEG 400

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 0.978 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年7月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.978 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.89→49.3 Å / Num. obs: 354714 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 13.8 % / CC1/2: 0.997 / Net I/σ(I): 13.1
反射 シェル解像度: 1.89→1.98 Å / Num. unique obs: 17429 / CC1/2: 0.511

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0135精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.89→141.53 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.974 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.954 / SU B: 3.863 / SU ML: 0.102 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.115 / ESU R Free: 0.118 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.20039 19519 5 %RANDOM
Rwork0.15487 ---
obs0.15715 368315 99.79 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 29.108 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.03 Å20 Å20 Å2
2---0.02 Å20 Å2
3---0.05 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.89→141.53 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数30164 0 653 3567 34384
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0190.01931600
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.0228996
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.091.96342892
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.083366656
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.96253916
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg39.63824.3781544
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.11154957
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.66315212
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1210.24508
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.02136510
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.027482
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.1542.65715615
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.1532.65715614
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.8963.97619512
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other2.8973.97619513
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.5242.98515984
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other3.5242.98515984
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other5.3044.33923337
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined7.27722.9639917
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other7.02122.24938115
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.89→1.939 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.341 1451 -
Rwork0.338 26912 -
obs--99.35 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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