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万見
- PDB-8ccn: Filamentous actin II from Plasmodium falciparum -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8ccn
タイトルFilamentous actin II from Plasmodium falciparum
要素Actin-2
キーワードCELL INVASION / Filament-forming male-gametogenesis Zygote Hydrolase ATP-binding malaria methylation
機能・相同性
機能・相同性情報


Platelet degranulation / symbiont-mediated actin polymerization-dependent cell-to-cell migration in host / HSP90 chaperone cycle for steroid hormone receptors (SHR) in the presence of ligand / Neutrophil degranulation / microfilament motor activity / cytoskeleton organization / actin filament / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / structural constituent of cytoskeleton / hydrolase activity ...Platelet degranulation / symbiont-mediated actin polymerization-dependent cell-to-cell migration in host / HSP90 chaperone cycle for steroid hormone receptors (SHR) in the presence of ligand / Neutrophil degranulation / microfilament motor activity / cytoskeleton organization / actin filament / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / structural constituent of cytoskeleton / hydrolase activity / ATP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Actins signature 1. / Actin, conserved site / Actins signature 2. / Actin/actin-like conserved site / Actins and actin-related proteins signature. / Actin / Actin family / Actin / ATPase, nucleotide binding domain
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / Actin-2
類似検索 - 構成要素
生物種Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)
手法電子顕微鏡法 / らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.5 Å
データ登録者Kursula, I. / Lopez, A.J.
資金援助 フィンランド, ノルウェー, 英国, 5件
組織認可番号国
Academy of Finland フィンランド
Norwegian Research Council ノルウェー
Sigrid Juselius Foundation フィンランド
Cancer Research UK 英国
Medical Research Council (MRC, United Kingdom) 英国
引用ジャーナル: PLoS Pathog / 年: 2023
タイトル: Structure and function of Plasmodium actin II in the parasite mosquito stages.
著者: Andrea J Lopez / Maria Andreadaki / Juha Vahokoski / Elena Deligianni / Lesley J Calder / Serena Camerini / Anika Freitag / Ulrich Bergmann / Peter B Rosenthal / Inga Sidén-Kiamos / Inari Kursula /
要旨: Actins are filament-forming, highly-conserved proteins in eukaryotes. They are involved in essential processes in the cytoplasm and also have nuclear functions. Malaria parasites (Plasmodium spp.) ...Actins are filament-forming, highly-conserved proteins in eukaryotes. They are involved in essential processes in the cytoplasm and also have nuclear functions. Malaria parasites (Plasmodium spp.) have two actin isoforms that differ from each other and from canonical actins in structure and filament-forming properties. Actin I has an essential role in motility and is fairly well characterized. The structure and function of actin II are not as well understood, but mutational analyses have revealed two essential functions in male gametogenesis and in the oocyst. Here, we present expression analysis, high-resolution filament structures, and biochemical characterization of Plasmodium actin II. We confirm expression in male gametocytes and zygotes and show that actin II is associated with the nucleus in both stages in filament-like structures. Unlike actin I, actin II readily forms long filaments in vitro, and near-atomic structures in the presence or absence of jasplakinolide reveal very similar structures. Small but significant differences compared to other actins in the openness and twist, the active site, the D-loop, and the plug region contribute to filament stability. The function of actin II was investigated through mutational analysis, suggesting that long and stable filaments are necessary for male gametogenesis, while a second function in the oocyst stage also requires fine-tuned regulation by methylation of histidine 73. Actin II polymerizes via the classical nucleation-elongation mechanism and has a critical concentration of ~0.1 μM at the steady-state, like actin I and canonical actins. Similarly to actin I, dimers are a stable form of actin II at equilibrium.
履歴
登録2023年1月27日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年2月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年3月22日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / Item: _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22023年8月23日Group: Data collection / Database references / Source and taxonomy
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / entity_src_gen / struct_ref / struct_ref_seq / struct_ref_seq_dif
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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Actin-2
B: Actin-2
C: Actin-2
D: Actin-2
E: Actin-2
F: Actin-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)259,49018
ポリマ－256,7816
非ポリマー2,70912
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法
タイプ名称対称操作数
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非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
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要素

#1: タンパク質
Actin-2 / Actin II


分子量: 42796.879 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)
遺伝子: ACT2, ACTII, PF14_0124, PF3D7_1412500 / プラスミド: pFastBacTHT A / 細胞株 (発現宿主): Sf9
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q8ILW9, 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与
#2: 化合物
ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP


分子量: 427.201 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: FILAMENT / ３次元再構成法: らせん対称体再構成法

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試料調製

構成要素名称: Actin II filaments / タイプ: COMPLEX / 詳細: Actin in the ADP-Mg state / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)
由来(組換発現)生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
細胞: Sf9 / プラスミド: pFastBacTHT A
緩衝液pH: 7.5
詳細: 10 mM HEPES pH 7.5, 0.2 mM CaCl2, 0.5 mM ATP, 0.5 mM TCEP, 4 mM MgCl2, 50 mM KCl, 10 mM EGTA
試料濃度: 0.21 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 200 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/2
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK III / 凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2600 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 800 nm
撮影電子線照射量: 47.2 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)
実像数: 1058

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
phenix.real_space_refine1.19.2_4158精密化
PHENIX1.19.2_4158精密化
EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1RELION3.1beta粒子像選択
4CTFFIND4.1.10CTF補正
7UCSF Chimera1.14モデルフィッティング
9PHENIXモデル精密化
13RELION3.1beta３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
らせん対称回転角度/サブユニット: -166.9 ° / 軸方向距離/サブユニット: 28.34 Å / らせん対称軸の対称性: C1
粒子像の選択選択した粒子像数: 49102
3次元再構成解像度: 3.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 47197 / 対称性のタイプ: HELICAL
原子モデル構築プロトコル: RIGID BODY FIT / 空間: REAL
精密化交差検証法: NONE
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
原子変位パラメータBiso mean: 49.15 Å2
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.001518522
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.468225134
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.04212772
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0033210
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d7.09387116
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-IDRefine-IDタイプRms dev position (Å)
ens_1d_2BELECTRON MICROSCOPYNCS constraints0.000709136676221
ens_1d_3BELECTRON MICROSCOPYNCS constraints0.000715163735657
ens_1d_4BELECTRON MICROSCOPYNCS constraints0.000703819402875
ens_1d_5BELECTRON MICROSCOPYNCS constraints0.000712952335147
ens_1d_6BELECTRON MICROSCOPYNCS constraints0.000711439259774

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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