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万見
- PDB-8ccm: Crystal structure of Mycobacterium smegmatis thioredoxin reductas... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8ccm
タイトルCrystal structure of Mycobacterium smegmatis thioredoxin reductase in complex with Compound 2-06
要素Thioredoxin reductase
キーワードOXIDOREDUCTASE / TrxR
機能・相同性
機能・相同性情報


thioredoxin-disulfide reductase (NADPH) / thioredoxin-disulfide reductase (NADPH) activity / removal of superoxide radicals / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Thioredoxin reductase / Pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase, class-II, active site / Pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductases class-II active site. / : / FAD/NAD(P)-binding domain / Pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase / FAD/NAD(P)-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / MALONATE ION / : / Thioredoxin reductase
類似検索 - 構成要素
生物種Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.73 Å
データ登録者Fuesser, F.T. / Koch, O. / Kuemmel, D.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
Other governmentTTU 02.906 ドイツ
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Fragment-based design of mycobacterial thioredoxin reductase inhibitors based on computational exploration of a huge virtual space
著者: Fuesser, F.T. / Kuemmel, D. / Koch, O. / Otten, P. / Junker, A.
履歴
登録2023年1月27日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年2月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Thioredoxin reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,03610
ポリマ－34,5791
非ポリマー1,4589
水3,333185
1
A: Thioredoxin reductase
ヘテロ分子

A: Thioredoxin reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)72,07320
ポリマ－69,1572
非ポリマー2,91518
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_555y,x,-z1
Buried area10000 Å2
ΔGint-76 kcal/mol
Surface area24710 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)68.150, 68.150, 154.890
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number152
Space group name H-MP3121
Space group name HallP312"
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y,x-y,z+1/3
#3: -x+y,-x,z+2/3
#4: x-y,-y,-z+2/3
#5: -x,-x+y,-z+1/3
#6: y,x,-z
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-685-

HOH

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Thioredoxin reductase


分子量: 34578.730 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
遺伝子: trxB / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: I7FW12

-
非ポリマー , 7種, 194分子

#2: 化合物 ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD


分子量: 785.550 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H33N9O15P2 / コメント: FAD*YM
#3: 化合物 ChemComp-U9C / ~{N}6-(4-aminophenyl)-1,2-benzothiazole-3,6-diamine


分子量: 256.326 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C13H12N4S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-MLI / MALONATE ION / マロナ-ト


分子量: 102.046 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H2O4
#5: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#7: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 185 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.04 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.4
詳細: Sodium malonate dibasic monohydrate 2.16 M, Glycerol 10%, pH7.4

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.2 / 波長: 0.9184 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年4月14日
放射モノクロメーター: Si111-DCM / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9184 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.73→46.94 Å / Num. obs: 44354 / % possible obs: 99.78 % / 冗長度: 9.9 % / Biso Wilson estimate: 28.47 Å2 / CC1/2: 0.99 / Net I/σ(I): 8.81
反射 シェル解像度: 1.73→1.792 Å / Mean I/σ(I) obs: 0.54 / Num. unique obs: 4394 / CC1/2: 0.49

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
XDSXDSAPP 3.1.5データ削減
XSCALEXDSAPP 3.1.5データスケーリング
PHASER1.20.1_4487位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 8CCI

8cci


解像度: 1.73→38.86 Å / SU ML: 0.2839 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 28.4281
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2236 2097 4.74 %
Rwork0.2008 42188 -
obs0.2019 44285 99.79 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 42.33 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.73→38.86 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2306 0 95 185 2586
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00822514
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.98363427
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0621383
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0091467
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.984381
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.73-1.770.44761370.44372759X-RAY DIFFRACTION99.72
1.77-1.810.41551370.40992757X-RAY DIFFRACTION99.48
1.81-1.860.41391370.3532759X-RAY DIFFRACTION99.76
1.86-1.920.31451380.32882775X-RAY DIFFRACTION99.73
1.92-1.980.30591390.30692789X-RAY DIFFRACTION99.69
1.98-2.050.31851380.28162777X-RAY DIFFRACTION99.76
2.05-2.130.27751390.24642785X-RAY DIFFRACTION99.86
2.13-2.230.23441380.2142785X-RAY DIFFRACTION99.83
2.23-2.350.26951400.20252803X-RAY DIFFRACTION99.83
2.35-2.50.23041390.19512799X-RAY DIFFRACTION99.86
2.5-2.690.20111400.19742820X-RAY DIFFRACTION99.93
2.69-2.960.20451420.18442843X-RAY DIFFRACTION99.87
2.96-3.390.19951400.182839X-RAY DIFFRACTION99.97
3.39-4.260.17981430.1492880X-RAY DIFFRACTION99.97
4.27-38.860.18781500.17033018X-RAY DIFFRACTION99.62
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.023488772230.281922222599-2.3476369581.03736464815-0.1437281229563.788513691320.0923816135065-0.1868011314420.1136866157730.07859518116560.0399841589909-0.0394873038388-0.2845369159230.101475195949-0.1494009009150.29695881054-0.008805929529250.01185796940280.192054155377-0.01650092408170.1889171943733.5204790901323.992230364912.2841039112
23.78012189565-1.597659244472.133859471920.711810874965-1.358462094131.073200943240.262389288709-0.0378244808375-0.146696987802-0.17150033672-0.183910976522-0.04105570507560.1529369951370.227805009562-0.09489952588560.5490281515160.0211450388471-0.05394460237420.489439095787-0.01296407237480.29301055149526.03627731384.6322047417717.3157894392
34.78422317881-0.296463165106-1.545924616161.828653774390.080363116393.96226562566-0.0255947521044-0.0775664847071-0.2757425921080.05703580711720.01511767039150.1434479774880.345063395464-0.1944992838930.0002241523791610.265897808798-0.042824250828-0.005936523322940.201443307718-0.007445345370620.188632780078-0.5324080138939.590385001158.94839175256
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 6 through 107 )6 - 1071 - 102
22chain 'A' and (resid 108 through 244 )108 - 244103 - 239
33chain 'A' and (resid 245 through 310 )245 - 310240 - 305

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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