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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8ccm | ||||||
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タイトル | Crystal structure of Mycobacterium smegmatis thioredoxin reductase in complex with Compound 2-06 | ||||||
要素 | Thioredoxin reductase | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE / TrxR | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 thioredoxin-disulfide reductase / thioredoxin-disulfide reductase (NADPH) activity / removal of superoxide radicals / cell redox homeostasis / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.73 Å | ||||||
データ登録者 | Fuesser, F.T. / Koch, O. / Kuemmel, D. | ||||||
資金援助 | ドイツ, 1件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Fragment-based design of mycobacterial thioredoxin reductase inhibitors based on computational exploration of a huge virtual space 著者: Fuesser, F.T. / Kuemmel, D. / Koch, O. / Otten, P. / Junker, A. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8ccm.cif.gz | 167.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8ccm.ent.gz | 108.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8ccm.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8ccm_validation.pdf.gz | 976.3 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8ccm_full_validation.pdf.gz | 975.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | 8ccm_validation.xml.gz | 15.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8ccm_validation.cif.gz | 22.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cc/8ccm ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cc/8ccm | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 34578.730 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア) 遺伝子: trxB / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: I7FW12 |
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-非ポリマー , 7種, 194分子
#2: 化合物 | ChemComp-FAD / | ||||||||
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#3: 化合物 | ChemComp-U9C / ~{ 分子量: 256.326 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C13H12N4S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION | ||||||||
#4: 化合物 | #5: 化合物 | ChemComp-GOL / | #6: 化合物 | #7: 化合物 | #8: 水 | ChemComp-HOH / | |
-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.04 % |
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結晶化 | 温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.4 詳細: Sodium malonate dibasic monohydrate 2.16 M, Glycerol 10%, pH7.4 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.2 / 波長: 0.9184 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年4月14日 |
放射 | モノクロメーター: Si111-DCM / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9184 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.73→46.94 Å / Num. obs: 44354 / % possible obs: 99.78 % / 冗長度: 9.9 % / Biso Wilson estimate: 28.47 Å2 / CC1/2: 0.99 / Net I/σ(I): 8.81 |
反射 シェル | 解像度: 1.73→1.792 Å / Mean I/σ(I) obs: 0.54 / Num. unique obs: 4394 / CC1/2: 0.49 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 8CCI 解像度: 1.73→38.86 Å / SU ML: 0.2839 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 28.4281 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 42.33 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.73→38.86 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A
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