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- PDB-8cc7: Mouse serotonin 5-HT3A receptor in complex with PZ-1939 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8cc7
タイトルMouse serotonin 5-HT3A receptor in complex with PZ-1939
要素5-hydroxytryptamine receptor 3A
キーワードTRANSPORT PROTEIN / Ion channel / Receptor / pLGIC
機能・相同性
機能・相同性情報


Neurotransmitter receptors and postsynaptic signal transmission / serotonin-gated cation-selective signaling pathway / serotonin-activated cation-selective channel complex / serotonin-gated monoatomic cation channel activity / serotonin receptor signaling pathway / serotonin binding / : / cleavage furrow / ligand-gated monoatomic ion channel activity involved in regulation of presynaptic membrane potential / postsynaptic membrane / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
5-hydroxytryptamine 3 receptor / 5-hydroxytryptamine 3 receptor, A subunit / : / Neurotransmitter-gated ion-channel, conserved site / Neurotransmitter-gated ion-channels signature. / Neurotransmitter-gated ion-channel transmembrane domain / Neurotransmitter-gated ion-channel transmembrane region / Neurotransmitter-gated ion-channel transmembrane domain superfamily / Neuronal acetylcholine receptor / Neurotransmitter-gated ion-channel ...5-hydroxytryptamine 3 receptor / 5-hydroxytryptamine 3 receptor, A subunit / : / Neurotransmitter-gated ion-channel, conserved site / Neurotransmitter-gated ion-channels signature. / Neurotransmitter-gated ion-channel transmembrane domain / Neurotransmitter-gated ion-channel transmembrane region / Neurotransmitter-gated ion-channel transmembrane domain superfamily / Neuronal acetylcholine receptor / Neurotransmitter-gated ion-channel / Neurotransmitter-gated ion-channel ligand-binding domain / Neurotransmitter-gated ion-channel ligand-binding domain superfamily / Neurotransmitter-gated ion-channel ligand binding domain
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-U9Q / 5-hydroxytryptamine receptor 3A
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3 Å
データ登録者Lopez-Sanchez, U. / Nury, H.
資金援助European Union, 1件
組織認可番号国
European Research Council (ERC)PentaBrainEuropean Union
引用ジャーナル: J Med Chem / 年: 2023
タイトル: Superiority of the Triple-Acting 5-HTR/5-HTR Antagonist and MAO-B Reversible Inhibitor over 5-HTR Antagonist Intepirdine in Alleviation of Cognitive Deficits in Rats.
著者: Katarzyna Grychowska / Uriel López-Sánchez / Mathieu Vitalis / Geoffrey Canet / Grzegorz Satała / Agnieszka Olejarz-Maciej / Joanna Gołębiowska / Rafał Kurczab / Wojciech Pietruś / ...著者: Katarzyna Grychowska / Uriel López-Sánchez / Mathieu Vitalis / Geoffrey Canet / Grzegorz Satała / Agnieszka Olejarz-Maciej / Joanna Gołębiowska / Rafał Kurczab / Wojciech Pietruś / Monika Kubacka / Christophe Moreau / Maria Walczak / Klaudia Blicharz-Futera / Ophélie Bento / Xavier Bantreil / Gilles Subra / Andrzej J Bojarski / Frédéric Lamaty / Carine Becamel / Charleine Zussy / Séverine Chaumont-Dubel / Piotr Popik / Hugues Nury / Philippe Marin / Laurent Givalois / Paweł Zajdel /
要旨: The multifactorial origin and neurochemistry of Alzheimer's disease (AD) call for the development of multitarget treatment strategies. We report a first-in-class triple acting compound that targets ...The multifactorial origin and neurochemistry of Alzheimer's disease (AD) call for the development of multitarget treatment strategies. We report a first-in-class triple acting compound that targets serotonin type 6 and 3 receptors (5-HT-Rs) and monoamine oxidase type B (MAO-B) as an approach for treating AD. The key structural features required for MAO-B inhibition and 5-HTR antagonism and interaction with 5-HTR were determined using molecular dynamic simulations and cryo-electron microscopy, respectively. Bioavailable reversed scopolamine-induced cognitive deficits in the novel object recognition test. Furthermore, it displayed superior pro-cognitive properties compared to intepirdine (a 5-HTR antagonist) in the AD model, which involved intracerebroventricular injection of an oligomeric solution of amyloid-β peptide (oAβ) in the T-maze test in rats. , but not intepirdine, restored levels of biomarkers characteristic of the debilitating effects of oAβ. These data support the potential of a multitarget approach involving the joint modulation of 5-HTR/5-HTR/MAO-B in AD.
履歴
登録2023年1月26日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年10月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02023年10月11日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
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改定 1.12023年10月18日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22023年11月22日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32024年10月16日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: em_admin / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _em_admin.last_update / _pdbx_entry_details.has_protein_modification
改定 1.42025年7月9日Group: Data collection / カテゴリ: em_admin / em_software / Item: _em_admin.last_update / _em_software.name
改定 1.12025年7月9日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / EM metadata / Group: Data processing / Experimental summary / Data content type: EM metadata / EM metadata / カテゴリ: em_admin / em_software / Data content type: EM metadata / EM metadata / Item: _em_admin.last_update / _em_software.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 5-hydroxytryptamine receptor 3A
B: 5-hydroxytryptamine receptor 3A
C: 5-hydroxytryptamine receptor 3A
D: 5-hydroxytryptamine receptor 3A
E: 5-hydroxytryptamine receptor 3A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)325,89825
ポリマ－318,4145
非ポリマー7,48520
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area40250 Å2
ΔGint-205 kcal/mol
Surface area84210 Å2
手法PISA

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要素

#1: タンパク質
5-hydroxytryptamine receptor 3A / 5-HT3-A / 5-HT3A / 5-hydroxytryptamine receptor 3 / 5-HT-3 / 5-HT3R / Serotonin receptor 3A / ...5-HT3-A / 5-HT3A / 5-hydroxytryptamine receptor 3 / 5-HT-3 / 5-HT3R / Serotonin receptor 3A / Serotonin-gated ion channel receptor


分子量: 63682.719 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Htr3a, 5ht3, Htr3 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P23979
#2: 多糖
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#4: 化合物
ChemComp-U9Q / 1-(3-chlorophenyl)sulfonyl-4-piperazin-1-yl-pyrrolo[3,2-c]quinoline


分子量: 426.919 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H19ClN4O2S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Mouse serotonin 5-HT3A receptor in complex with PZ-1922
タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
由来(組換発現)生物種: Homo sapiens (ヒト)
緩衝液pH: 7.4
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

顕微鏡モデル: TFS GLACIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2300 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 700 nm
撮影電子線照射量: 40 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.20.1_4487: / 分類: 精密化
EMソフトウェア名称: PHENIX / カテゴリ: モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 102137 / 対称性のタイプ: POINT
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00217115
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.51423400
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d7.5352340
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0412760
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0042820

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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