PDB-8cc2: Cathepsin B1 from Schistosoma mansoni in complex with gallinamide A

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8cc2

タイトル

Cathepsin B1 from Schistosoma mansoni in complex with gallinamide A

要素

Cathepsin B-like peptidase (C01 family)

キーワード

HYDROLASE / cysteine protease / cathepsin B / SmCB1 / Schistosoma mansoni / protease inhibitor peptidomimetic / gallinamide A

機能・相同性

機能・相同性情報

cysteine-type endopeptidase activity / proteolysis
類似検索 - 分子機能

生物種

Schistosoma mansoni (マンソン住血吸虫)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.2 Å

データ登録者

Rubesova, P. / Brynda, J. / Mares, M. / Gerwick, W.H.

資金援助

チェコ, 2件

引用

ジャーナル: Acs Infect Dis. / 年: 2024
タイトル: Nature-Inspired Gallinamides Are Potent Antischistosomal Agents: Inhibition of the Cathepsin B1 Protease Target and Binding Mode Analysis.
著者: Spiwokova, P. / Horn, M. / Fanfrlik, J. / Jilkova, A. / Fajtova, P. / Leontovyc, A. / Houstecka, R. / Bielikova, L. / Brynda, J. / Chanova, M. / Mertlikova-Kaiserova, H. / Caro-Diaz, E.J.E. / ...

履歴

登録	2023年1月26日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2024年2月7日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年8月7日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2024年11月6日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8cc2.cif.gz	126.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8cc2.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8cc2.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8cc2_validation.pdf.gz	763.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8cc2_full_validation.pdf.gz	764.2 KB	表示
XML形式データ	8cc2_validation.xml.gz	14.6 KB	表示
CIF形式データ	8cc2_validation.cif.gz	21.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cc/8cc2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cc/8cc2	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8ccuC 8cd9C 7juj C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#142 - 2011年10月 PDBの先駆者たち (PDB Pioneers) 類似性 (9)

登録構造単位

AAA: Cathepsin B-like peptidase (C01 family)

ヘテロ分子

29.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: homology

単位格子

Length a, b, c (Å)	33.185, 79.214, 90.631
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Cathepsin B-like peptidase (C01 family) / Cathepsin B1 isotype 1 分子量: 28507.256 Da / 分子数: 1 / 変異: T168A, T283A / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Schistosoma mansoni (マンソン住血吸虫) 遺伝子: cb1.1, Smp_103610 / プラスミド: pPICZ(alpha) A / 発現宿主: Komagataella pastoris (菌類) / 株 (発現宿主): X-33 / 参照: UniProt: Q8MNY2
#2: 化合物	ChemComp-GN9 / gallinamide A, bound form / (2S)-1-{[(2S)-1-({(2S)-5-[(2S)-3-methoxy-2-methyl-5-oxo-2,5-dihydro-1H-pyrrol-1-yl]-5-oxopentan-2-yl}amino)-4-methyl-1-oxopentan-2-yl]amino}-4-methyl-1-oxopentan-2-yl N,N-dimethyl-L-isoleucinate 分子量: 594.783 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₁H₅₄N₄O₇ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION 分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 267 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.09 Å³/Da / 溶媒含有率: 41.17 %
結晶化	温度: 278.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 詳細: 0.2 M ammonium acetate, 0.1 M sodium citrate, 30% PEG 1500, streak seeding

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

BESSY

/ ビームライン: 14.1 / 波長: 0.9184 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年3月29日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9184 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.2→50 Å / Num. obs: 75696 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 6.6 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.087 / R_rim(I) all: 0.094 / Net I/σ(I): 11.79

反射シェル

解像度 (Å)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	Diffraction-ID	% possible all
1.2-1.27	1.404	11996	0.489	1.524	1	98.7
1.27-1.36	0.847	11372	0.704	0.921	1	99.9
1.36-1.47	0.509	10637	0.882	0.551	1	99.9
1.47-1.61	0.278	9803	0.961	0.302	1	99.8
1.61-1.8	0.16	8914	0.987	0.173	1	99.9
1.8-2.07	0.088	7916	0.996	0.096	1	99.7
2.07-2.54	0.061	6735	0.997	0.066	1	99.7
2.54-3.58	0.046	5265	0.998	0.05	1	99.4
3.58-50	0.037	3058	0.999	0.04	1	99.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0257	精密化
XSCALE		データスケーリング
XDS	20180126	データ削減
MOLREP	11.7.02	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.2→45.36 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.98 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.973 / SU B: 1.47 / SU ML: 0.027 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.035 / ESU R Free: 0.036 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1653	1511	1.996 %
R_work	0.1346	74185	-
all	0.135	-	-
obs	-	75696	99.55 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 14.588 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.372 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	-0.192 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.564 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.2→45.36 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1981	0	43	267	2291

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.013	2211
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.018	1990
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.664	1.674	3016
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.481	1.619	4664
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.258	5	288
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	30.345	22.301	113
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.325	15	380
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_other_3_deg	13.729	15	1
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	13.835	15	13
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.091	0.2	284
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.01	0.02	2519
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	476
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.207	0.2	426
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.179	0.2	1820
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.171	0.2	1037
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.083	0.2	882
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.161	0.2	156
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.069	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.046	0.2	4
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.1	0.2	5
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.17	0.2	51
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.162	0.2	22
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.293	1.223	1057
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.292	1.222	1056
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.805	1.852	1331
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	1.804	1.852	1332
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.061	1.533	1154
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.06	1.534	1155
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.506	2.179	1669
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	2.506	2.181	1670
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	3.512	15.903	2597
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	2.871	15.198	2533
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	1.857	3	4201

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.2-1.229	0.363	106	0.374	5337	X-RAY DIFFRACTION	97.1444
1.229-1.263	0.333	107	0.319	5234	X-RAY DIFFRACTION	99.8878
1.263-1.299	0.3	105	0.265	5152	X-RAY DIFFRACTION	99.7344
1.299-1.339	0.243	102	0.228	5012	X-RAY DIFFRACTION	99.9023
1.339-1.383	0.217	100	0.18	4880	X-RAY DIFFRACTION	99.9197
1.383-1.432	0.202	96	0.152	4703	X-RAY DIFFRACTION	99.9792
1.432-1.486	0.188	91	0.132	4528	X-RAY DIFFRACTION	99.6548
1.486-1.546	0.15	90	0.109	4358	X-RAY DIFFRACTION	99.7533
1.546-1.615	0.139	85	0.098	4208	X-RAY DIFFRACTION	99.9069
1.615-1.694	0.151	83	0.088	4024	X-RAY DIFFRACTION	99.9513
1.694-1.785	0.118	78	0.087	3844	X-RAY DIFFRACTION	99.7964
1.785-1.894	0.145	74	0.09	3626	X-RAY DIFFRACTION	99.623
1.894-2.024	0.104	71	0.09	3426	X-RAY DIFFRACTION	99.7149
2.024-2.186	0.142	66	0.095	3216	X-RAY DIFFRACTION	99.8783
2.186-2.395	0.126	60	0.092	2960	X-RAY DIFFRACTION	99.6042
2.395-2.677	0.132	55	0.11	2678	X-RAY DIFFRACTION	99.6354
2.677-3.09	0.144	48	0.134	2381	X-RAY DIFFRACTION	99.2644
3.09-3.782	0.169	42	0.122	2043	X-RAY DIFFRACTION	99.4752
3.782-5.337	0.161	33	0.138	1611	X-RAY DIFFRACTION	99.0958
5.337-45.36	0.246	19	0.25	964	X-RAY DIFFRACTION	99.6957

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)