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Yorodumi- PDB-8cbv: HIV-1 Integrase Catalytic Core Domain and C-Terminal Domain in Co... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 8cbv | |||||||||||||||
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Title | HIV-1 Integrase Catalytic Core Domain and C-Terminal Domain in Complex with Allosteric Integrase Inhibitor MUT916 | |||||||||||||||
Components | Integrase | |||||||||||||||
Keywords | VIRAL PROTEIN / Integrase / HIV / ALLINI / Allosteric Inhibitor / Inhibitor / Retrovirus / INLAI / NCINI / MINI / LEDGIN / Mutabilis / MUT916 | |||||||||||||||
Function / homology | Function and homology information HIV-1 retropepsin / : / retroviral ribonuclease H / exoribonuclease H / : / exoribonuclease H activity / host multivesicular body / DNA integration / RNA-directed DNA polymerase / viral genome integration into host DNA ...HIV-1 retropepsin / : / retroviral ribonuclease H / exoribonuclease H / : / exoribonuclease H activity / host multivesicular body / DNA integration / RNA-directed DNA polymerase / viral genome integration into host DNA / viral penetration into host nucleus / establishment of integrated proviral latency / RNA-directed DNA polymerase activity / Transferases; Transferring phosphorus-containing groups; Nucleotidyltransferases / RNA-DNA hybrid ribonuclease activity / viral nucleocapsid / DNA recombination / Hydrolases; Acting on ester bonds / DNA-directed DNA polymerase / aspartic-type endopeptidase activity / DNA-directed DNA polymerase activity / symbiont entry into host cell / symbiont-mediated suppression of host gene expression / lipid binding / host cell nucleus / host cell plasma membrane / virion membrane / structural molecule activity / proteolysis / DNA binding / RNA binding / zinc ion binding / membrane Similarity search - Function | |||||||||||||||
Biological species | Human immunodeficiency virus 1 | |||||||||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.82 Å | |||||||||||||||
Authors | Singer, M.R. / Pye, V.E. / Yu, Z. / Cherepanov, P. | |||||||||||||||
Funding support | United Kingdom, 4items
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Citation | Journal: Antimicrob.Agents Chemother. / Year: 2023 Title: Biological and Structural Analyses of New Potent Allosteric Inhibitors of HIV-1 Integrase. Authors: Bonnard, D. / Le Rouzic, E. / Singer, M.R. / Yu, Z. / Le Strat, F. / Batisse, C. / Batisse, J. / Amadori, C. / Chasset, S. / Pye, V.E. / Emiliani, S. / Ledoussal, B. / Ruff, M. / Moreau, F. ...Authors: Bonnard, D. / Le Rouzic, E. / Singer, M.R. / Yu, Z. / Le Strat, F. / Batisse, C. / Batisse, J. / Amadori, C. / Chasset, S. / Pye, V.E. / Emiliani, S. / Ledoussal, B. / Ruff, M. / Moreau, F. / Cherepanov, P. / Benarous, R. | |||||||||||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 8cbv.cif.gz | 221.1 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb8cbv.ent.gz | 146.3 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 8cbv.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cb/8cbv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cb/8cbv | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 8bv2C 8cbrC 8cbsC 8cbtC 8cbuC C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homologyF&H Search |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
-Protein , 1 types, 4 molecules ABCD
#1: Protein | Mass: 25904.537 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Details: The construct is of HIV-1 integrase with the following domain swap: The C-Terminal Domain of HIV-1 integrase (from residues 220 to 288) is followed by the Catalytic Core Domain of HIV-1 ...Details: The construct is of HIV-1 integrase with the following domain swap: The C-Terminal Domain of HIV-1 integrase (from residues 220 to 288) is followed by the Catalytic Core Domain of HIV-1 integrase (from residues 50 to 212). In addition, there are the following mutations: F185K and W243E. The residue numbers are correct in the structure. Because the linker is not defined in the electron density map, we do not know for sure which CTD is linked to which CCD in the lattice formation. We have therefore kept each domain as a separate chain. There are 2 copies of CTD and CCD in the asymmetric unit. We cannot determine how they are connected in the crystal lattice.,The construct is of HIV-1 integrase with the following domain swap: The C-Terminal Domain of HIV-1 integrase (from residues 220 to 288) is followed by the Catalytic Core Domain of HIV-1 integrase (from residues 50 to 212). In addition, there are the following mutations: F185K and W243E. The residue numbers are correct in the structure. Because the linker is not defined in the electron density map, we do not know for sure which CTD is linked to which CCD in the lattice formation. We have therefore kept each domain as a separate chain. There are 2 copies of CTD and CCD in the asymmetric unit. We cannot determine how they are connected in the crystal lattice. Source: (gene. exp.) Human immunodeficiency virus 1 / Gene: gag-pol / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) References: UniProt: P12497, Transferases; Transferring phosphorus-containing groups; Nucleotidyltransferases, Hydrolases; Acting on ester bonds |
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-Non-polymers , 6 types, 209 molecules
#2: Chemical | ChemComp-EDO / #3: Chemical | ChemComp-PEG / | #4: Chemical | #5: Chemical | #6: Chemical | ChemComp-CL / | #7: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Details
Has ligand of interest | Y |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal grow | Temperature: 294 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 6.5 Details: PEG 8000, ethylene glycol, magnesium chloride, calcium chloride, imidazole, MES |
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-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: Diamond / Beamline: I04 / Wavelength: 0.9795 Å |
Detector | Type: DECTRIS EIGER2 XE 16M / Detector: PIXEL / Date: May 20, 2022 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9795 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.82→65.08 Å / Num. obs: 42542 / % possible obs: 100 % / Redundancy: 46.32 % / Biso Wilson estimate: 39.33 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rpim(I) all: 0.023 / Net I/σ(I): 19.9 |
Reflection shell | Resolution: 1.82→1.85 Å / Redundancy: 43 % / Mean I/σ(I) obs: 0.6 / Num. unique obs: 2137 / CC1/2: 0.939 / Rpim(I) all: 0.303 / % possible all: 100 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.82→38.11 Å / SU ML: 0.2221 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / Phase error: 22.7993 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.1 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 48.51 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.82→38.11 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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