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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8cbb | ||||||
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タイトル | Structure of homodimeric luciferase from Enhygromyxa salina | ||||||
要素 | Alkanal monooxygenase alpha chain | ||||||
キーワード | LUMINESCENT PROTEIN (生物発光) / Luciferase (ルシフェラーゼ) / monooxygenase | ||||||
機能・相同性 | bacterial luciferase / alkanal monooxygenase (FMN-linked) activity / Bacterial luciferase/NFP / Luciferase-like domain / Luciferase-like monooxygenase / Luciferase-like domain superfamily / bacterial luciferase 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Enhygromyxa salina (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.71 Å | ||||||
データ登録者 | Yudenko, A. / Remeeva, A. / Gushchin, I. | ||||||
資金援助 | ロシア, 1件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Structure of homodimeric luciferase from Enhygromyxa salina 著者: Yudenko, A. / Remeeva, A. / Gushchin, I. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8cbb.cif.gz | 278.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8cbb.ent.gz | 224.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8cbb.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cb/8cbb ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cb/8cbb | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
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-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 42276.000 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Enhygromyxa salina (バクテリア) / 遺伝子: luxA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A2S9XZH0 #2: 化合物 | ChemComp-SO4 / #3: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.22 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.5 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 詳細: PEG3350 25%, lithium sulfate 0.2 M, BIS-TRIS 0.1 M pH 5.5 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.9762 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER2 S 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年10月11日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9762 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.71→91.89 Å / Num. obs: 35543 / % possible obs: 97 % / 冗長度: 1.8 % / CC1/2: 0.981 / Rmerge(I) obs: 0.068 / Rpim(I) all: 0.068 / Rrim(I) all: 0.096 / Χ2: 0.35 / Net I/σ(I): 4 / Num. measured all: 63062 |
反射 シェル | 解像度: 2.71→2.84 Å / % possible obs: 96.2 % / 冗長度: 1.8 % / Rmerge(I) obs: 0.218 / Num. measured all: 8436 / Num. unique obs: 4681 / CC1/2: 0.894 / Rpim(I) all: 0.218 / Rrim(I) all: 0.308 / Χ2: 0.42 / Net I/σ(I) obs: 2 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.71→91.89 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.941 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.87 / SU B: 18.929 / SU ML: 0.367 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.429 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 38.378 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 2.71→91.89 Å
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拘束条件 |
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