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- PDB-8cb5: The Transcriptional Regulator PrfA from Listeria Monocytogenes in... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8cb5
タイトルThe Transcriptional Regulator PrfA from Listeria Monocytogenes in complex with tripeptide Glu-Val-Phe
要素
  • Listeriolysin regulatory protein
  • Tripeptide GLU-VAL-PHE
キーワードTRANSCRIPTION / DNA BINDING PROTEIN / PRFA / LISTERIA INHIBITION / VIRULENCE
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA-binding transcription factor activity / DNA binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Transcription regulator HTH, Crp-type, conserved site / Crp-type HTH domain signature. / Crp-type HTH domain profile. / Crp-type HTH domain / Cyclic nucleotide-binding domain superfamily / RmlC-like jelly roll fold / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
ISOPROPYL ALCOHOL / Listeriolysin regulatory protein
類似検索 - 構成要素
生物種Listeria monocytogenes (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.25 Å
データ登録者Oelker, M. / Sauer-Eriksson, A.E.
資金援助 スウェーデン, 2件
組織認可番号国
Swedish Research Council2015-03607 スウェーデン
Swedish Research Council2019-03771 スウェーデン
引用
ジャーナル: Cell Rep / 年: 2025
タイトル: Structural basis of promiscuous inhibition of Listeria virulence activator PrfA by oligopeptides.
著者: Hainzl, T. / Scortti, M. / Lindgren, C. / Grundstrom, C. / Krypotou, E. / Vazquez-Boland, J.A. / Sauer-Eriksson, A.E.
#1: ジャーナル: Cell Rep / 年: 2019
タイトル: Control of Bacterial Virulence through the Peptide Signature of the Habitat.
著者: Krypotou, E. / Scortti, M. / Grundstrom, C. / Oelker, M. / Luisi, B.F. / Sauer-Eriksson, A.E. / Vazquez-Boland, J.
履歴
登録2023年1月25日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年8月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年3月12日Group: Database references / Structure summary
カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_entry_details
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Listeriolysin regulatory protein
B: Listeriolysin regulatory protein
C: Tripeptide GLU-VAL-PHE
D: Tripeptide GLU-VAL-PHE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,9289
ポリマ－55,7024
非ポリマー2265
水95553
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7100 Å2
ΔGint-62 kcal/mol
Surface area20100 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)48.197, 87.306, 112.642
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Listeriolysin regulatory protein


分子量: 27457.521 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Listeria monocytogenes (バクテリア)
遺伝子: prfA, lmo0200 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P22262
#2: タンパク質・ペプチド Tripeptide GLU-VAL-PHE


分子量: 393.434 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Listeria monocytogenes (バクテリア)
#3: 化合物 ChemComp-IPA / ISOPROPYL ALCOHOL / 2-PROPANOL / 2-プロパノ-ル


分子量: 60.095 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O / コメント: alkaloid*YM
#4: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 53 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.18 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: Protein: 3.1-6.6 mg mL-1, 20 mM NaP pH 6.5, 200 mM NaCl was mixed with peptides (0.5-2.5% DMSO, 1-4 mM DTT) in ratio 1:10. Well solution: 100 mM Nacitrate pH 5.1-5.7, 17% isopropanol, 16-26% ...詳細: Protein: 3.1-6.6 mg mL-1, 20 mM NaP pH 6.5, 200 mM NaCl was mixed with peptides (0.5-2.5% DMSO, 1-4 mM DTT) in ratio 1:10. Well solution: 100 mM Nacitrate pH 5.1-5.7, 17% isopropanol, 16-26% PEG4000. Dropsize 1:1 microL Cryoprotection: 35% PEG4000
PH範囲: 5.1-5.7

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: MAX IV / ビームライン: BioMAX / 波長: 0.9537 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年3月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.25→47.33 Å / Num. obs: 23242 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 12.7 % / Biso Wilson estimate: 53.6 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rpim(I) all: 0.053 / Net I/σ(I): 12.9
反射 シェル解像度: 2.25→2.33 Å / 冗長度: 13.4 % / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / Num. unique obs: 2263 / CC1/2: 0.546 / Rpim(I) all: 0.59 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.17.1_3660精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.25→47.33 Å / SU ML: 0.31 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 28.91 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2647 1161 5 %
Rwork0.2138 22081 -
obs0.2164 23242 99.86 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 140.64 Å2 / Biso mean: 69.4232 Å2 / Biso min: 33.58 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.25→47.33 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3716 0 14 53 3783
Biso mean--61.24 56.67 -
残基数----453
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 8 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all
2.25-2.350.33891430.29727162859
2.35-2.480.35661420.27727092851
2.48-2.630.30431420.278827052847
2.63-2.830.29561440.248927422886
2.83-3.120.30811420.232727332875
3.12-3.570.29461460.212827472893
3.57-4.50.24451470.196828012948
4.5-47.330.22721550.191629283083

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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