PDB-8cb2: A complex of cagX and cagY components of Helicobacter pylori type...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8cb2

タイトル

A complex of cagX and cagY components of Helicobacter pylori type IV secretion system

要素

Cag pathogenicity island protein
Type IV secretion system apparatus protein CagY (Fragment)

キーワード

PROTEIN TRANSPORT / Helicobacter pylori / CagX_CTD / CagY_CTD / complex structure / interaction

機能・相同性

機能・相同性情報

membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Helicobacter pylori (ピロリ菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.7 Å

データ登録者

Isupov, M.N. / Jiang, M. / Zhang, H. / Wu, Y.

資金援助

中国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: A complex of cagX and cagY components of Helicobacter pylori type IV secretion system
著者: Isupov, M.N. / Jiang, M.

履歴

登録	2023年1月25日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2024年2月7日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8cb2.cif.gz	167.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8cb2.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8cb2.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8cb2_validation.pdf.gz	746.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8cb2_full_validation.pdf.gz	754.1 KB	表示
XML形式データ	8cb2_validation.xml.gz	26.4 KB	表示
CIF形式データ	8cb2_validation.cif.gz	36 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cb/8cb2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cb/8cb2	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

AAA: Cag pathogenicity island protein

BBB: Type IV secretion system apparatus protein CagY (Fragment)

CCC: Cag pathogenicity island protein

DDD: Type IV secretion system apparatus protein CagY (Fragment)

ヘテロ分子

95.4 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	55.059, 196.123, 200.128
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	AAA
2	1	CCC
3	2	BBB
4	2	DDD

NCSドメイン領域:

End auth comp-ID: LEU / End label comp-ID: LEU

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	1	ILE	ILE	AAA	A	17 - 158	17 - 158
2	2	1	ILE	ILE	CCC	C	17 - 158	17 - 158
3	3	2	GLU	GLU	BBB	B	7 - 249	7 - 249
4	4	2	GLU	GLU	DDD	D	7 - 249	7 - 249

NCSアンサンブル:

ID	詳細
1	Local NCS retraints between domains: 1 2
2	Local NCS retraints between domains: 3 4

#1: タンパク質	Cag pathogenicity island protein 分子量: 19163.123 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Helicobacter pylori (ピロリ菌) / 遺伝子: HP0528 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q75X32
#2: タンパク質	Type IV secretion system apparatus protein CagY (Fragment) 分子量: 28513.678 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Helicobacter pylori (ピロリ菌) / 遺伝子: cagY / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A438QIF3
#3: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.15 Å³/Da / 溶媒含有率: 60.91 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法詳細: 0.2M Calcium acetate, 0.1M Bis-tris pH 5.5 and 20% PEG 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.9689 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年11月10日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9689 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.7→49.08 Å / Num. obs: 30397 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 13.1 % / CC_1/2: 0.99 / Net I/σ(I): 5.9
反射シェル	解像度: 2.7→2.83 Å / Num. unique obs: 3985 / CC_1/2: 0.241 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
CRANK2		位相決定
MOLREP		位相決定
直接法		位相決定
Coot		モデル構築
BUSTER		精密化
ISOLDE		精密化

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.7→49.079 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.931 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.908 / SU B: 23.43 / SU ML: 0.436 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.781 / ESU R Free: 0.374 / 詳細: Hydrogens have not been used

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.298	1515	4.99 %
R_work	0.2516	28848	-
all	0.254	-	-
obs	-	30363	99.872 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL PLUS MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 109.063 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-2.086 Å²	-0 Å²	0 Å²
2-	-	-3.732 Å²	-0 Å²
3-	-	-	5.818 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.7→49.079 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6030	0	1	1	6032

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.006	0.012	6143
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.247	1.639	8298
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.792	5	767
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.941	24.286	273
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.643	15	1128
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	20.668	15	21
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.092	0.2	843
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	4503
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.199	0.2	2272
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.297	0.2	4179
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.084	0.2	164
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.299	0.2	31
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.126	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined	0.235	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	8.484	10.683	3087
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	12.841	15.99	3847
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	9.315	10.982	3056
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	14.038	16.255	4451
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	19.224	141.952	8506
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.142	0.05	3944
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_2	0.108	0.05	6624

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	AAA	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.14182	0.05007
1	2	CCC	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.14182	0.05007
2	3	BBB	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.10832	0.05007
2	4	DDD	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.10832	0.05007

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.7-2.77	0.452	102	0.439	2116	X-RAY DIFFRACTION	99.6406
2.77-2.846	0.418	108	0.421	2043	X-RAY DIFFRACTION	99.9071
2.846-2.928	0.421	124	0.399	1978	X-RAY DIFFRACTION	100
2.928-3.018	0.361	91	0.365	1922	X-RAY DIFFRACTION	100
3.018-3.117	0.377	110	0.339	1881	X-RAY DIFFRACTION	100
3.117-3.226	0.326	75	0.301	1844	X-RAY DIFFRACTION	100
3.226-3.348	0.333	75	0.284	1767	X-RAY DIFFRACTION	100
3.348-3.485	0.329	101	0.258	1692	X-RAY DIFFRACTION	100
3.485-3.639	0.278	86	0.254	1647	X-RAY DIFFRACTION	100
3.639-3.817	0.358	84	0.238	1531	X-RAY DIFFRACTION	100
3.817-4.023	0.321	71	0.231	1516	X-RAY DIFFRACTION	100
4.023-4.267	0.256	59	0.202	1435	X-RAY DIFFRACTION	100
4.267-4.561	0.261	69	0.199	1323	X-RAY DIFFRACTION	99.7849
4.561-4.925	0.221	72	0.193	1235	X-RAY DIFFRACTION	100
4.925-5.394	0.251	66	0.201	1146	X-RAY DIFFRACTION	100
5.394-6.028	0.295	70	0.229	1042	X-RAY DIFFRACTION	100
6.028-6.957	0.316	52	0.241	921	X-RAY DIFFRACTION	99.6926
6.957-8.51	0.255	47	0.23	797	X-RAY DIFFRACTION	100
8.51-11.992	0.283	36	0.22	631	X-RAY DIFFRACTION	99.701
11.992-49.079	0.293	17	0.318	381	X-RAY DIFFRACTION	96.368

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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