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万見
- PDB-8cak: Crystal structure of dehydrogenase domain of Cylindrospermum stag... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8cak
タイトルCrystal structure of dehydrogenase domain of Cylindrospermum stagnale NADPH-Oxidase 5 (NOX5) in complex with M41
要素Putative ferric reductase
キーワードOXIDOREDUCTASE / ROS / inhibitor / redox biology
機能・相同性
機能・相同性情報


superoxide-generating NAD(P)H oxidase activity / NADPH oxidase complex / superoxide anion generation / defense response / nucleotide binding / calcium ion binding
類似検索 - 分子機能
Ferric reductase, NAD binding domain / : / Ferric reductase NAD binding domain / FAD-binding 8 / FAD-binding domain / Ferric reductase transmembrane component-like domain / Ferric reductase like transmembrane component / EF-hand domain pair / FAD-binding domain, ferredoxin reductase-type / Ferredoxin-NADP reductase (FNR), nucleotide-binding domain ...Ferric reductase, NAD binding domain / : / Ferric reductase NAD binding domain / FAD-binding 8 / FAD-binding domain / Ferric reductase transmembrane component-like domain / Ferric reductase like transmembrane component / EF-hand domain pair / FAD-binding domain, ferredoxin reductase-type / Ferredoxin-NADP reductase (FNR), nucleotide-binding domain / Ferredoxin reductase-type FAD binding domain profile. / Riboflavin synthase-like beta-barrel / EF-hand domain pair / EF-hand, calcium binding motif / EF-Hand 1, calcium-binding site / EF-hand calcium-binding domain. / EF-hand calcium-binding domain profile. / EF-hand domain / EF-hand domain pair
類似検索 - ドメイン・相同性
FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / Chem-U4F / Putative ferric reductase
類似検索 - 構成要素
生物種Cylindrospermum stagnale BEA 0605B (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.67 Å
データ登録者Reis, J. / Mattevi, A.
資金援助 イタリア, 2件
組織認可番号国
Italian Association for Cancer ResearchIG19808 イタリア
Italian Association for Cancer Research800924 イタリア
引用ジャーナル: Nat.Chem.Biol. / 年: 2023
タイトル: Targeting ROS production through inhibition of NADPH oxidases.
著者: Reis, J. / Gorgulla, C. / Massari, M. / Marchese, S. / Valente, S. / Noce, B. / Basile, L. / Torner, R. / Cox 3rd, H. / Viennet, T. / Yang, M.H. / Ronan, M.M. / Rees, M.G. / Roth, J.A. / ...著者: Reis, J. / Gorgulla, C. / Massari, M. / Marchese, S. / Valente, S. / Noce, B. / Basile, L. / Torner, R. / Cox 3rd, H. / Viennet, T. / Yang, M.H. / Ronan, M.M. / Rees, M.G. / Roth, J.A. / Capasso, L. / Nebbioso, A. / Altucci, L. / Mai, A. / Arthanari, H. / Mattevi, A.
履歴
登録2023年1月24日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年9月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年4月10日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative ferric reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,5916
ポリマ－32,2311
非ポリマー1,3605
水41423
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1650 Å2
ΔGint2 kcal/mol
Surface area12600 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)127.476, 127.476, 71.944
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number150
Space group name H-MP321

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Putative ferric reductase


分子量: 32230.916 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Cylindrospermum stagnale BEA 0605B (バクテリア)
遺伝子: Cylst_1289 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: K9WT99

-
非ポリマー , 5種, 28分子

#2: 化合物 ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD


分子量: 785.550 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H33N9O15P2 / コメント: FAD*YM
#3: 化合物 ChemComp-U4F / 15-(1,4-dioxa-8-azaspiro[4.5]decan-8-yl)-14-azatetracyclo[7.7.1.0^{2,7}.0^{13,17}]heptadeca-1(16),2(7),3,5,9,11,13(17),14-octaen-8-one


分子量: 372.417 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C23H20N2O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 化合物 ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド


分子量: 78.133 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 23 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 5.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 75.89 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 8
詳細: 0.3 M diethylene glycol; 0.3 M triethylene glycol, 0.3 M tetraethylene glycol, 0.3 M pentaethylene glycol, Tris-HCl 0.1 M pH 8.0, 20% (v/v) ethylene glycol, 10% (w/v) PEG8000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: MASSIF-1 / 波長: 1.000002 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年12月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.000002 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.67→47.76 Å / Num. obs: 19417 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 11.3 % / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.198 / Rpim(I) all: 0.061 / Rrim(I) all: 0.207 / Net I/σ(I): 11.4
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) all% possible all
2.67-2.811.41.824630.6250.554197
8-47.710.40.0455880.9990.0140.04799.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimless0.7.4データスケーリング
REFMAC5.8.0267精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.67→47.75 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.945 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.922 / SU B: 9.052 / SU ML: 0.18 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.255 / ESU R Free: 0.226 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2445 971 5 %RANDOM
Rwork0.2017 ---
obs0.2039 18444 99.65 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 135.3 Å2 / Biso mean: 53.632 Å2 / Biso min: 23.08 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.05 Å20.03 Å20 Å2
2--0.05 Å2-0 Å2
3----0.16 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.67→47.75 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2024 0 93 23 2140
Biso mean--63.52 48.32 -
残基数----256
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0132185
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.0171985
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.9351.6712985
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.41.594572
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg9.015254
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.0222.574101
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.88415326
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.186159
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0820.2276
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.022432
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02506
LS精密化 シェル解像度: 2.7→2.738 Å / Rfactor Rfree error: 0
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3384 69 -
Rwork0.3329 1279 -
obs--96.35 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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