PDB-8c9v: O-methyltransferase from Desulfuromonas acetoxidans

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8c9v

タイトル

O-methyltransferase from Desulfuromonas acetoxidans

要素

O-methyltransferase, family 3

キーワード

TRANSFERASE

機能・相同性

機能・相同性情報

O-methyltransferase activity / methylation / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Desulfuromonas acetoxidans DSM 684 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.5 Å

データ登録者

Zhang, L. / Groves, M.R.

資金援助

European Union, 1件

引用

ジャーナル: Chembiochem / 年: 2023
タイトル: Structural Characterization and Extended Substrate Scope Analysis of Two Mg 2+ -Dependent O-Methyltransferases from Bacteria.
著者: Sokolova, N. / Zhang, L. / Deravi, S. / Oerlemans, R. / Groves, M.R. / Haslinger, K.

履歴

登録	2023年1月23日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2023年4月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年5月10日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2023年9月20日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model Item: _pdbx_initial_refinement_model.type

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8c9v.cif.gz	150.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8c9v.ent.gz	113.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8c9v.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c9/8c9v ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c9/8c9v	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8c9sC 8c9tC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: O-methyltransferase, family 3

ヘテロ分子

22.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: O-methyltransferase, family 3

ヘテロ分子

A: O-methyltransferase, family 3

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
45.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	44.791, 44.791, 204.919
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	96
Space group name H-M	P4₃2₁2

#1: タンパク質	O-methyltransferase, family 3 分子量: 22641.451 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Desulfuromonas acetoxidans DSM 684 (バクテリア) 遺伝子: Dace_1119 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q1JXV1
#2: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 99 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.26 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.61 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.1M MES/Imidazole pH6.5; 0.03M MgCl2 0.03M CaCl2; 16% Glycerol; 8% PEG4000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, DESY / ビームライン: P11 / 波長: 1.0332 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年10月23日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.0332 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.5→44.79 Å / Num. obs: 34799 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 11.1 % / CC_1/2: 1 / R_merge(I) obs: 0.043 / Net I/σ(I): 23
反射シェル	解像度: 1.5→1.53 Å / R_merge(I) obs: 0.227 / Num. unique obs: 1667 / CC_1/2: 0.963

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
Aimless		データスケーリング
Aimless		データスケーリング
MOLREP		位相決定
XDS		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.5→43.796 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.97 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.953 / WR_factor R_free: 0.214 / WR_factor R_work: 0.17 / SU B: 3.745 / SU ML: 0.059 / Average fsc free: 0.9252 / Average fsc work: 0.9402 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.075 / ESU R Free: 0.072 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2173	1706	4.918 %
R_work	0.1714	32981	-
all	0.174	-	-
obs	-	34687	99.842 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 32.4 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.427 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	0.427 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.854 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.5→43.796 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1449	0	1	99	1549

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.014	0.013	1476
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.015	1401
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.773	1.631	2004
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.508	1.576	3210
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.132	5	185
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.748	22	80
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.96	15	241
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	15.418	15	11
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.097	0.2	191
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.02	1683
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	343
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.226	0.2	276
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.183	0.2	1311
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.167	0.2	742
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.087	0.2	711
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.132	0.2	70
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.257	0.2	12
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.287	0.2	46
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.126	0.2	6
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.681	2.033	746
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.648	2.033	745
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.126	3.057	929
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.131	3.056	930
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.578	2.335	730
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.575	2.333	731
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.032	3.398	1075
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.03	3.397	1076
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	3.944	25.173	1631
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	3.939	24.863	1617
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	4.348	3	2875

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.5-1.539	0.316	132	0.283	2371	X-RAY DIFFRACTION	99.8803
1.539-1.581	0.295	120	0.21	2317	X-RAY DIFFRACTION	100
1.581-1.627	0.254	103	0.192	2267	X-RAY DIFFRACTION	99.8736
1.627-1.677	0.273	129	0.177	2199	X-RAY DIFFRACTION	99.9571
1.677-1.732	0.24	105	0.17	2144	X-RAY DIFFRACTION	100
1.732-1.793	0.243	114	0.155	2095	X-RAY DIFFRACTION	100
1.793-1.861	0.221	112	0.135	1981	X-RAY DIFFRACTION	99.9045
1.861-1.936	0.213	106	0.14	1900	X-RAY DIFFRACTION	100
1.936-2.023	0.229	75	0.14	1890	X-RAY DIFFRACTION	100
2.023-2.121	0.201	95	0.15	1798	X-RAY DIFFRACTION	100
2.121-2.236	0.211	91	0.142	1696	X-RAY DIFFRACTION	99.9441
2.236-2.372	0.22	84	0.139	1621	X-RAY DIFFRACTION	100
2.372-2.535	0.229	73	0.153	1526	X-RAY DIFFRACTION	100
2.535-2.738	0.232	63	0.163	1430	X-RAY DIFFRACTION	100
2.738-3	0.188	88	0.171	1323	X-RAY DIFFRACTION	99.9292
3-3.354	0.202	51	0.175	1221	X-RAY DIFFRACTION	100
3.354-3.872	0.179	48	0.181	1082	X-RAY DIFFRACTION	99.297
3.872-4.742	0.225	48	0.157	931	X-RAY DIFFRACTION	98.8889
4.742-6.705	0.21	47	0.214	736	X-RAY DIFFRACTION	98.6146

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 7.6281 Å / Origin y: 13.4845 Å / Origin z: 13.1814 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.0816 Å²	-0.0276 Å²	0.0283 Å²	-	0.0492 Å²	-0.0012 Å²	-	-	0.0186 Å²
L	1.9514 °²	0.3034 °²	-0.0046 °²	-	1.8382 °²	0.0909 °²	-	-	2.2589 °²
S	0.0807 Å °	-0.1679 Å °	0.0736 Å °	0.3186 Å °	-0.0438 Å °	0.1719 Å °	-0.0496 Å °	-0.1734 Å °	-0.037 Å °

精密化 TLSグループ

Selection: ALL

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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