PDB-8c9t: Catechol O-methyltransferase from Streptomyces avermitilis

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8c9t

タイトル

Catechol O-methyltransferase from Streptomyces avermitilis

要素

Putative O-methyltransferase

キーワード

TRANSFERASE

機能・相同性

機能・相同性情報

S-adenosylmethionine-dependent methyltransferase activity / O-methyltransferase activity / methylation / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Streptomyces avermitilis MA-4680 = NBRC 14893 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.5 Å

データ登録者

Zhang, L. / Groves, M.R.

資金援助

European Union, 1件

引用

ジャーナル: Chembiochem / 年: 2023
タイトル: Structural Characterization and Extended Substrate Scope Analysis of Two Mg 2+ -Dependent O-Methyltransferases from Bacteria.
著者: Sokolova, N. / Zhang, L. / Deravi, S. / Oerlemans, R. / Groves, M.R. / Haslinger, K.

履歴

登録	2023年1月23日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2023年4月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年5月10日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2024年6月19日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8c9t.cif.gz	351.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8c9t.ent.gz	279 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8c9t.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c9/8c9t ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c9/8c9t	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8c9sC 8c9vC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Putative O-methyltransferase

B: Putative O-methyltransferase

C: Putative O-methyltransferase

D: Putative O-methyltransferase

ヘテロ分子

101 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Putative O-methyltransferase

D: Putative O-methyltransferase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
50.5 kDa, 2 ポリマー
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2

B: Putative O-methyltransferase

C: Putative O-methyltransferase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
50.5 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	46.457, 168.744, 57.242
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 101.487, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Putative O-methyltransferase 分子量: 25215.326 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Streptomyces avermitilis MA-4680 = NBRC 14893 (バクテリア) 遺伝子: SAVERM_5837 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q82B68
#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 712 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.25 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.45 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.1M MIB(Malonic acid,Imidazole,Boric acid) pH6.0; 25% PEG1500

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, DESY / ビームライン: P11 / 波長: 1.0332 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年9月20日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.0332 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.5→46.71 Å / Num. obs: 131969 / % possible obs: 96.2 % / 冗長度: 7.1 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.051 / Net I/σ(I): 22.6
反射シェル	解像度: 1.5→1.53 Å / R_merge(I) obs: 0.278 / Num. unique obs: 5286 / CC_1/2: 0.967

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.5→46.71 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.963 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.954 / SU B: 1.093 / SU ML: 0.042 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.073 / ESU R Free: 0.074 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1936	6583	4.99 %
R_work	0.1669	125335	-
all	0.168	-	-
obs	-	131918	96.071 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 14.486 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.356 Å²	-0 Å²	-0.445 Å²
2-	-	-0.57 Å²	0 Å²
3-	-	-	1.023 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.5→46.71 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6759	0	12	712	7483

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.014	0.013	6987
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.015	6719
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.825	1.637	9531
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.563	1.581	15456
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.512	5	912
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	30.893	21.23	374
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.487	15	1118
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	15.67	15	64
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.089	0.2	902
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.01	0.02	8022
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	1558
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.225	0.2	1514
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.189	0.2	6572
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.172	0.2	3499
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.085	0.2	3391
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.154	0.2	520
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.269	0.2	34
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.215	0.2	105
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.148	0.2	55
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.42	1.304	3594
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.411	1.303	3593
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.053	1.952	4497
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.055	1.953	4498
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.435	1.613	3393
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.435	1.613	3394
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.684	2.307	5025
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	3.683	2.308	5026
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	4.655	17.172	8020
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	4.654	17.174	8021

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.5-1.539	0.239	464	0.2	7899	X-RAY DIFFRACTION	82.622
1.539-1.581	0.203	459	0.176	8818	X-RAY DIFFRACTION	94.0777
1.581-1.627	0.204	448	0.169	8712	X-RAY DIFFRACTION	95.5261
1.627-1.677	0.2	430	0.169	8658	X-RAY DIFFRACTION	96.9697
1.677-1.732	0.208	439	0.165	8410	X-RAY DIFFRACTION	97.2845
1.732-1.793	0.202	411	0.164	8103	X-RAY DIFFRACTION	96.9373
1.793-1.86	0.197	424	0.163	7723	X-RAY DIFFRACTION	96.9765
1.86-1.936	0.204	402	0.158	7333	X-RAY DIFFRACTION	94.9313
1.936-2.023	0.175	343	0.169	7300	X-RAY DIFFRACTION	97.9872
2.023-2.121	0.193	366	0.162	7003	X-RAY DIFFRACTION	98.4239
2.121-2.236	0.195	336	0.166	6611	X-RAY DIFFRACTION	98.5949
2.236-2.372	0.205	361	0.163	6265	X-RAY DIFFRACTION	98.4108
2.372-2.535	0.202	318	0.161	5873	X-RAY DIFFRACTION	98.3323
2.535-2.738	0.185	278	0.159	5307	X-RAY DIFFRACTION	94.4529
2.738-3	0.181	248	0.162	5104	X-RAY DIFFRACTION	99.4796
3-3.354	0.203	246	0.17	4636	X-RAY DIFFRACTION	99.6123
3.354-3.872	0.171	215	0.158	4106	X-RAY DIFFRACTION	99.6081
3.872-4.742	0.173	175	0.152	3435	X-RAY DIFFRACTION	98.8229
4.742-6.703	0.217	125	0.217	2575	X-RAY DIFFRACTION	95.4738

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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