PDB-8c9l: Crystal structure of SARS-CoV-2 Mpro-S144A mutant, free enzyme

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8c9l

タイトル

Crystal structure of SARS-CoV-2 Mpro-S144A mutant, free enzyme

要素

3C-like proteinase nsp5

キーワード

ANTIVIRAL PROTEIN / Mpro mutations main protease SARS-CoV-2

機能・相同性

機能・相同性情報

viral genome replication / methyltransferase activity / Assembly of the SARS-CoV-2 Replication-Transcription Complex (RTC) / Maturation of replicase proteins / ISG15-specific peptidase activity / Transcription of SARS-CoV-2 sgRNAs / Translation of Replicase and Assembly of the Replication Transcription Complex / Replication of the SARS-CoV-2 genome / double membrane vesicle viral factory outer membrane / SARS coronavirus main proteinase ...
類似検索 - 分子機能

Non-structural protein NSP3, SUD-N (Mac2) domain, betacoronavirus / Sarbecovirus Nsp3c-N domain profile. / Non-structural protein NSP3, N-terminal, betacoronavirus / Polyprotein cleavage domain PL2pro superfamily, betacoronavirus / Non-structural protein NSP3, SUD-N (Mac2) domain superfamily, betacoronavirus / Betacoronavirus SUD-C domain / Betacoronavirus replicase NSP3, N-terminal / NSP1 globular domain superfamily, betacoronavirus / Non-structural protein 2, SARS-CoV-like / Carbamoyl-phosphate synthase subdomain signature 2. ...Non-structural protein NSP3, SUD-N (Mac2) domain, betacoronavirus / Sarbecovirus Nsp3c-N domain profile. / Non-structural protein NSP3, N-terminal, betacoronavirus / Polyprotein cleavage domain PL2pro superfamily, betacoronavirus / Non-structural protein NSP3, SUD-N (Mac2) domain superfamily, betacoronavirus / Betacoronavirus SUD-C domain / Betacoronavirus replicase NSP3, N-terminal / NSP1 globular domain superfamily, betacoronavirus / Non-structural protein 2, SARS-CoV-like / Carbamoyl-phosphate synthase subdomain signature 2. / Betacoronavirus Nsp3c-M domain profile. / NSP1, globular domain, betacoronavirus / Non-structural protein NSP3, SUD-M domain, betacoronavirus / Non-structural protein NSP3, SUD-M domain superfamily, betacoronavirus / Betacoronavirus replicase NSP1 / Betacoronavirus single-stranded poly(A) binding domain / NSP1, C-terminal domain, betacoronavirus / : / Betacoronavirus (BetaCoV) Nsp1 C-terminal domain profile. / Betacoronavirus Nsp3e group 2-specific marker (G2M) domain profile. / Betacoronavirus Nsp3c-C domain profile. / Betacoronavirus Nsp3e nucleic acid-binding (NAB) domain profile. / DPUP/SUD, C-terminal, betacoronavirus / Non-structural protein NSP3, nucleic acid-binding domain, betacoronavirus / Non-structural protein NSP3A domain-like superfamily / Non-structural protein NSP3, nucleic acid-binding domain superfamily, betacoronavirus / Non-structural protein 6, betacoronavirus / Betacoronavirus nucleic acid-binding (NAB) / Papain-like viral protease, palm and finger domains, coronavirus / Papain-like protease, N-terminal domain superfamily, coronavirus / Coronavirus replicase NSP2, N-terminal / : / Coronavirus replicase NSP2, C-terminal / Coronavirus (CoV) Nsp2 middle domain profile. / NSP1, globular domain, alpha/betacoronavirus / Coronavirus (CoV) Nsp1 globular domain profile. / Coronavirus (CoV) Nsp2 N-terminal domain profile. / Coronavirus (CoV) Nsp2 C-terminal domain profile. / Nonstructural protein 2, N-terminal domain, coronavirus / Non-structural protein 2, C-terminal domain, coronavirus / NSP3, second ubiquitin-like (Ubl) domain, coronavirus / Coronavirus Nsp3a Ubl domain profile. / Coronavirus Nsp3d Ubl domain profile. / NSP3, first ubiquitin-like (Ubl) domain, coronavirus / Peptidase family C16 domain profile. / : / : / Coronavirus replicase NSP7 / Coronavirus 3Ecto domain profile. / Coronavirus RNA-dependent RNA polymerase (RdRp) Nsp7 cofactor domain profile. / Coronavirus RNA-dependent RNA polymerase (RdRp) Nsp8 cofactor domain profile. / Coronavirus Nsp9 single-stranded RNA (ssRNA)-binding domain profile. / Coronavirus (CoV) ExoN/MTase coactivator domain profile. / Coronavirus (CoV) Nsp3 Y domain profile. / Coronavirus Nsp4 C-terminal (Nsp4C) domain profile. / Coronavirus main protease (M-pro) domain profile. / Peptidase C30, coronavirus / Peptidase C16, coronavirus / Non-structural protein NSP9, coronavirus / Non-structural protein NSP7, coronavirus / Non-structural protein NSP8, coronavirus / RNA synthesis protein NSP10, coronavirus / Non-structural protein NSP4, C-terminal, coronavirus / RNA synthesis protein NSP10 superfamily, coronavirus / Non-structural protein NSP9 superfamily, coronavirus / Non-structural protein NSP7 superfamily, coronavirus / Non-structural protein NSP8 superfamily, coronavirus / Non-structural protein NSP4, C-terminal superfamily, coronavirus / Papain-like protease, thumb domain superfamily, coronavirus / Peptidase C30, domain 3, coronavirus / Non-structural protein 6, coronavirus / Coronavirus replicase NSP3, C-terminal / Non-structural protein NSP4, N-terminal, coronavirus / Coronavirus endopeptidase C30 / Coronavirus papain-like peptidase / Coronavirus replicase NSP8 / Coronavirus RNA synthesis protein NSP10 / Coronavirus replicase NSP4, C-terminal / Coronavirus replicase NSP6 / Coronavirus replicase NSP4, N-terminal / Coronavirus replicase NSP3, C-terminal / Coronavirus replicase NSP9 / Non-structural protein 3, X-domain-like / Appr-1"-p processing enzyme / Macro domain / Macro domain profile. / Macro domain / Macro domain-like / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan
類似検索 - ドメイン・相同性

生物種

Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.7 Å

データ登録者

El Kilani, H. / Ibrahim, M. / Hilgenfeld, R.

資金援助

European Union, 1件

引用

ジャーナル: Crystals / 年: 2025
タイトル: 13b-K and Nirmatrelvir Resistance Mutations of SARS-CoV-2 Main Protease: Structural, Biochemical, and Biophysical Characterization of Free Enzymes and Inhibitor Complexes
著者: El Kilani, H. / Sun, X. / Ibrahim, M.F. / Curth, U. / Hilgenfeld, R.

履歴

登録	2023年1月23日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2024年2月7日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2025年9月3日	Group: Database references / Structure summary カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_entry_details Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8c9l.cif.gz	76.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8c9l.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8c9l.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8c9l_validation.pdf.gz	420.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8c9l_full_validation.pdf.gz	422.1 KB	表示
XML形式データ	8c9l_validation.xml.gz	13.1 KB	表示
CIF形式データ	8c9l_validation.cif.gz	17.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c9/8c9l ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c9/8c9l	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8c9oC 8c9pC 8c9qC 8c9uC 8ca6C 8ca8C 8cacC 8caeC 8cajC 6y2eS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#145 - 2012年1月伝令RNAのキャップ形成 (Messenger RNA Capping) 類似性 (1)

登録構造単位

AAA: 3C-like proteinase nsp5

33.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

AAA: 3C-like proteinase nsp5

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
66.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	114.074, 53.694, 44.707
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 102.049, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	3C-like proteinase nsp5 / 3CL-PRO / 3CLp / Main protease / Mpro / Non-structural protein 5 / nsp5 / SARS coronavirus main proteinase 分子量: 33334.016 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0DTC1, SARS coronavirus main proteinase
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 100 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.01 Å³/Da / 溶媒含有率: 38.76 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.1MBis Tris Propane pH 6.50.02 MSodium potassium phosphate pH 7.520 % w/vPEG 335010% v/vEthylene glycol

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, DESY / ビームライン: P11 / 波長: 1.0332 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年8月23日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.0332 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.7→48.38 Å / Num. obs: 28802 / % possible obs: 98.59 % / 冗長度: 5 % / B_iso Wilson estimate: 35.01 Å² / CC_1/2: 0.999 / CC star: 1 / Net I/σ(I): 16.97
反射シェル	解像度: 1.7→1.76 Å / Num. unique obs: 2771 / CC_1/2: 0.55 / CC star: 0.84 / % possible all: 96.28

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
REFMAC		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6y2e

6y2e

解像度: 1.7→48.38 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.966 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.956 / SU B: 3.567 / SU ML: 0.113 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.133 / ESU R Free: 0.126 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.244	1428	4.955 %
R_work	0.2069	27394	-
all	0.209	-	-
obs	-	28798	98.604 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 37.975 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.893 Å²	0 Å²	0.658 Å²
2-	-	-1.056 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.108 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.7→48.38 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2332	0	0	100	2432

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.013	2384
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.015	2213
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.612	1.639	3240
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.397	1.575	5083
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.659	5	301
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.513	23.193	119
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.6	15	382
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.496	15	11
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.08	0.2	310
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.02	2755
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	567
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.206	0.2	427
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.182	0.2	2131
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.17	0.2	1175
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.076	0.2	1217
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.153	0.2	108
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.237	0.2	16
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.198	0.2	63
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.084	0.2	5
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.13	3.817	1207
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	3.122	3.813	1205
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	4.117	5.719	1507
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	4.115	5.72	1507
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.907	4.204	1177
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.905	4.206	1178
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.509	6.144	1733
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	5.509	6.146	1734
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	7.103	45.123	2577
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	7.095	45.077	2569

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.7-1.744	0.331	118	0.327	1934	X-RAY DIFFRACTION	95.1762
1.744-1.792	0.315	92	0.291	1988	X-RAY DIFFRACTION	99.0005
1.792-1.843	0.294	102	0.283	1909	X-RAY DIFFRACTION	99.2107
1.843-1.9	0.315	84	0.27	1861	X-RAY DIFFRACTION	99.2347
1.9-1.962	0.31	101	0.257	1800	X-RAY DIFFRACTION	99.4247
1.962-2.031	0.316	98	0.242	1736	X-RAY DIFFRACTION	98.4962
2.031-2.108	0.278	87	0.236	1689	X-RAY DIFFRACTION	98.6119
2.108-2.194	0.285	86	0.238	1578	X-RAY DIFFRACTION	96.9132
2.194-2.291	0.288	65	0.22	1563	X-RAY DIFFRACTION	99.6938
2.291-2.403	0.265	74	0.221	1538	X-RAY DIFFRACTION	99.6292
2.403-2.532	0.344	81	0.228	1417	X-RAY DIFFRACTION	99.6673
2.532-2.686	0.297	65	0.23	1355	X-RAY DIFFRACTION	99.2313
2.686-2.871	0.291	62	0.225	1255	X-RAY DIFFRACTION	99.1717
2.871-3.1	0.315	63	0.221	1136	X-RAY DIFFRACTION	95.7668
3.1-3.395	0.219	61	0.206	1102	X-RAY DIFFRACTION	99.6572
3.395-3.794	0.212	52	0.192	1001	X-RAY DIFFRACTION	99.5274
3.794-4.377	0.165	45	0.165	879	X-RAY DIFFRACTION	99.8919
4.377-5.353	0.203	45	0.167	747	X-RAY DIFFRACTION	99.3727
5.353-7.535	0.202	32	0.189	562	X-RAY DIFFRACTION	95.9612
7.535-48.38	0.237	15	0.15	344	X-RAY DIFFRACTION	98.8981

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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