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- PDB-8c9i: Cytochrome P450 CYP141A1 (Rv3121) from Mycobacterium tuberculosis -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8c9i
タイトルCytochrome P450 CYP141A1 (Rv3121) from Mycobacterium tuberculosis
要素Cytochrome P450 141
キーワードOXIDOREDUCTASE / Cytochrome P450 Heme-containing
機能・相同性
機能・相同性情報


酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する / cholest-4-en-3-one 26-monooxygenase activity / steroid hydroxylase activity / cholesterol catabolic process / iron ion binding / heme binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Cytochrome P450, B-class / Cytochrome P450, conserved site / Cytochrome P450 cysteine heme-iron ligand signature. / Cytochrome P450 / Cytochrome P450 superfamily / Cytochrome P450
類似検索 - ドメイン・相同性
HEME B/C / Putative cytochrome P450 141
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.05 Å
データ登録者Selvam, I.R.
資金援助 英国, 2件
組織認可番号国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)BB/R505870/1, BB/I019669/1, BB/I019227/1, BB/R009775/1 英国
University of Cambridge 英国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: 2.05 Angstrom structure of cytochrome P450 CYP141A1 (Rv3121) from Mycobacterium tuberculosis
著者: Selvam, I.R.
履歴
登録2023年1月23日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年2月7日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cytochrome P450 141
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,3942
ポリマ－43,7761
非ポリマー6191
水3,135174
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: SAXS, CYP141A1 behaves as a monomer in solution via SAXS, AUC and gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1260 Å2
ΔGint-24 kcal/mol
Surface area15800 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)95.019, 95.019, 264.785
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number179
Space group name H-MP6522
Space group name HallP652(x,y,z+1/12)
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x-y,x,z+5/6
#3: y,-x+y,z+1/6
#4: -y,x-y,z+2/3
#5: -x+y,-x,z+1/3
#6: x-y,-y,-z
#7: -x,-x+y,-z+1/3
#8: -x,-y,z+1/2
#9: y,x,-z+2/3
#10: -y,-x,-z+1/6
#11: -x+y,y,-z+1/2
#12: x,x-y,-z+5/6

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要素

#1: タンパク質 Cytochrome P450 141


分子量: 43775.703 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (strain ATCC 25618 / H37Rv) (結核菌)
株: ATCC 25618 / H37Rv / 遺伝子: cyp141, Rv3121, MTCY164.31 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P9WPL7, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する
#2: 化合物 ChemComp-HEB / HEME B/C / HYBRID BETWEEN B AND C TYPE HEMES (PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE)


分子量: 618.503 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H34FeN4O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 174 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.94 Å3/Da / 溶媒含有率: 68.79 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.01 M cobalt (II) chloride hexahydrate 0.2 M magnesium chloride hexahydrate 0.1 M bis-tris propane pH 8.0 22.5% v/v PEG smear medium 2% v/v/ glycerol

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年9月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.05→82.3 Å / Num. obs: 45347 / % possible obs: 96 % / 冗長度: 19.3 % / Biso Wilson estimate: 45.55 Å2 / CC1/2: 1 / CC star: 1 / Rpim(I) all: 0.03 / Rrim(I) all: 0.12 / Net I/σ(I): 12
反射 シェル解像度: 2.05→2.12 Å / 冗長度: 18.5 % / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / Num. unique obs: 3784 / CC1/2: 0.83 / CC star: 0.95 / Rpim(I) all: 0.36 / Rrim(I) all: 1.58 / % possible all: 85.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DIALSデータ削減
DIALSデータスケーリング
Cootモデル構築
PHASER位相決定
PHENIX1.20.1_4487精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.05→82.29 Å / SU ML: 0.2146 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.02 / 位相誤差: 23.3299
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2299 2187 5.01 %
Rwork0.2066 41435 -
obs0.2078 43622 96.08 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 57.32 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.05→82.29 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3038 0 43 174 3255
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00213170
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.61584346
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0391496
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0032573
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d7.1419436
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.05-2.090.28641390.26912179X-RAY DIFFRACTION83.96
2.09-2.140.29991460.24842299X-RAY DIFFRACTION88.24
2.14-2.20.2471170.22482436X-RAY DIFFRACTION91.31
2.2-2.260.27871300.23172432X-RAY DIFFRACTION92.22
2.26-2.320.28531230.26212479X-RAY DIFFRACTION93.73
2.32-2.40.36891300.26572527X-RAY DIFFRACTION95.47
2.4-2.480.26181340.21722588X-RAY DIFFRACTION97.25
2.48-2.580.23271260.20372602X-RAY DIFFRACTION97.74
2.58-2.70.24361260.21382648X-RAY DIFFRACTION98.61
2.7-2.840.25031210.23012671X-RAY DIFFRACTION99.08
2.84-3.020.33971490.27012661X-RAY DIFFRACTION99.47
3.02-3.250.30221260.23482698X-RAY DIFFRACTION99.58
3.25-3.580.23811400.20782732X-RAY DIFFRACTION99.97
3.58-4.10.20721270.17982761X-RAY DIFFRACTION100
4.1-5.160.16751760.14752754X-RAY DIFFRACTION100
5.16-82.290.20481770.21652968X-RAY DIFFRACTION99.59
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.317511317930.01455220201760.5458031148071.751098459110.4095986292711.61325273381-0.1346684915310.1172880160640.584959613488-0.0055630391952-0.0394975136893-0.0302421135192-0.873972463586-0.1152328558630.1535881195150.7610167801740.16129302134-0.132800746350.5162485425220.0140018261990.6685186966977.7836993865671.4612278935148.515408266
22.804888707890.0240682932625-0.04734864391711.682654389590.3212708070752.12859965352-0.1224503229730.447899779194-0.0986295336267-0.194541704967-0.08494364499180.174030172566-0.35554071308-0.1935375552150.212599939490.3987905516920.0303210402878-0.08010509010110.633154429736-0.04192768462540.3644780347935.6339784723950.8908859693136.122706228
33.596734417811.29893472215-0.341893675692.56292405558-0.178438187111.42662946915-0.2567274794630.585747955076-0.151307034959-0.555043221110.0503164823066-0.0653314915084-0.3347941350670.308068491390.1620148856260.452303037951-0.0620559772010.01814240142080.7390112701260.00813786686870.35814862466721.087475313950.5674387344128.419629355
41.85903856272-0.88260003083-0.0590500218775.703796128310.4236728132271.17929463104-0.2759212493460.700611807450.533467602808-0.03447767376180.590773389692-0.888084261017-0.5787964180640.481399101475-0.03785527455190.670171735331-0.0211121487089-0.08993327731730.7966862300340.1105233641850.50113883021710.9267723461.4247607316125.899842061
54.150029125672.673796314140.2303105476152.580789696890.7180698409031.41334695684-0.6364962156390.9550423781360.435470990228-1.254910681540.5530238758670.742668109606-0.5323709299220.08124823717280.1078212563760.7514678376340.0042766051774-0.1493419358120.8974155284720.08824845901290.4490484095971.8271973502157.750952827121.501244575
66.671092875671.51602023095-3.22043590289E-52.71297581051-0.8054755771883.81938618831-0.09390094123810.604868184432-0.718345320451-0.05910761755660.167840595698-0.03400524179010.485205752037-0.31716274894-0.07082938363660.3148799499570.0163838203028-0.07743689864110.767719779933-0.1445443723940.482313764218-4.6184935886842.2044142736129.594387299
74.54550795395-0.2445730359121.046370729921.698345973980.3405887945582.04123007302-0.0153206694625-0.06574193860440.446865592149-0.144206236542-0.1108642208550.448421112356-0.27595116904-0.5789157252630.07413339490810.293427390096-0.0135712092835-0.03597213180690.3391254940370.02470277727110.25048722174811.626717362955.6404857952135.47054432
82.735436086790.129936265087-0.7076087378272.407675888271.12735023642.7522437721-0.254936561067-0.5446962022820.1942727855080.2252129530230.315875007379-0.3806465135430.05669066159880.657022417448-0.03396182278550.436772511479-0.0469520141773-0.05477793546230.609397542864-0.04398755250950.48707185129726.934969380150.437509465149.583999603
91.14191943470.26136129311.079410719211.39515524738-0.4183317187051.53268748638-0.243751439713-0.1790767929010.449754973637-0.007984432341570.1261327990870.0681387745867-0.654465968475-0.482194741660.07752730960890.624084007990.191575996295-0.1472600523590.562956906702-0.02623430341240.569631420713.3598363890468.4762595545149.134856747
101.972597794-0.03821331835680.1151617142830.7141921651430.3919136228433.16247825782-0.2038840411960.06836301459790.1304685914810.05355878652390.107188012737-0.122686480393-0.2889617016140.1365029997260.1225571925860.351156690970.0275340530723-0.04935828374840.436755750973-0.03364818088360.44735571859117.291180706852.3906960866149.29961269
113.32817218782-0.0598597216794-0.4492664398373.81829301467-0.5552624436332.27532183929-0.2340679256170.575610078140.791662828243-0.3553913191020.044209983125-0.754291987387-0.6223255693050.5967712052280.09402768413820.469435128735-0.186531575347-0.03070476234540.6085441991890.04723330299640.47545701270329.121734958660.9854622417135.900054832
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 6 through 68 )6 - 681 - 63
22chain 'A' and (resid 69 through 129 )69 - 12964 - 124
33chain 'A' and (resid 130 through 156 )130 - 156125 - 151
44chain 'A' and (resid 157 through 177 )157 - 177152 - 172
55chain 'A' and (resid 178 through 201 )178 - 201173 - 196
66chain 'A' and (resid 202 through 222 )202 - 222197 - 217
77chain 'A' and (resid 223 through 254 )223 - 254218 - 249
88chain 'A' and (resid 255 through 279 )255 - 279250 - 274
99chain 'A' and (resid 280 through 317 )280 - 317275 - 312
1010chain 'A' and (resid 318 through 367 )318 - 367313 - 362
1111chain 'A' and (resid 368 through 401 )368 - 401363 - 396

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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