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- PDB-8c9g: Priestia megaterium mupirocin-sensitive isoleucyl-tRNA synthetase... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8c9g
タイトルPriestia megaterium mupirocin-sensitive isoleucyl-tRNA synthetase 1 complexed with mupirocin
要素Isoleucine--tRNA ligase
キーワードRNA BINDING PROTEIN / antibiotic / mupirocin-sensitive / IleRS1
機能・相同性
機能・相同性情報


isoleucine-tRNA ligase / isoleucine-tRNA ligase activity / isoleucyl-tRNA aminoacylation / aminoacyl-tRNA editing activity / tRNA binding / zinc ion binding / ATP binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Isoleucine-tRNA ligase, type 1 / Isoleucyl tRNA synthetase type 1, anticodon-binding domain / Isoleucine-tRNA ligase / Zinc finger, FPG/IleRS-type / Zinc finger found in FPG and IleRS / Aminoacyl-tRNA synthetase, class Ia / tRNA synthetases class I (I, L, M and V) / Valyl/Leucyl/Isoleucyl-tRNA synthetase, editing domain / Methionyl/Valyl/Leucyl/Isoleucyl-tRNA synthetase, anticodon-binding / Anticodon-binding domain of tRNA ligase ...Isoleucine-tRNA ligase, type 1 / Isoleucyl tRNA synthetase type 1, anticodon-binding domain / Isoleucine-tRNA ligase / Zinc finger, FPG/IleRS-type / Zinc finger found in FPG and IleRS / Aminoacyl-tRNA synthetase, class Ia / tRNA synthetases class I (I, L, M and V) / Valyl/Leucyl/Isoleucyl-tRNA synthetase, editing domain / Methionyl/Valyl/Leucyl/Isoleucyl-tRNA synthetase, anticodon-binding / Anticodon-binding domain of tRNA ligase / Aminoacyl-tRNA synthetase, class Ia, anticodon-binding / Aminoacyl-tRNA synthetase, class I, conserved site / Aminoacyl-transfer RNA synthetases class-I signature. / Rossmann-like alpha/beta/alpha sandwich fold
類似検索 - ドメイン・相同性
MUPIROCIN / Isoleucine--tRNA ligase
類似検索 - 構成要素
生物種Priestia megaterium (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Brkic, A. / Leibundgut, M. / Jablonska, J. / Zanki, V. / Car, Z. / Petrovic Perokovic, V. / Ban, N. / Gruic-Sovulj, I.
資金援助 クロアチア, スイス, European Union, 3件
組織認可番号国
Croatian Science Foundation180567 クロアチア
Swiss National Science Foundation180567 スイス
European Regional Development FundKK.01.1.1.02.0016European Union
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023
タイトル: Antibiotic hyper-resistance in a class I aminoacyl-tRNA synthetase with altered active site signature motif.
著者: Brkic, A. / Leibundgut, M. / Jablonska, J. / Zanki, V. / Car, Z. / Petrovic Perokovic, V. / Marsavelski, A. / Ban, N. / Gruic-Sovulj, I.
履歴
登録2023年1月22日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年8月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年9月13日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.year
改定 1.22024年3月27日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Isoleucine--tRNA ligase
B: Isoleucine--tRNA ligase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)211,70815
ポリマ－210,1812
非ポリマー1,52713
水46826
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: homology, Mupirocin is known to bind close homologs of the studied enzymes.
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: Isoleucine--tRNA ligase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)105,7516
ポリマ－105,0911
非ポリマー6605
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)66.820, 144.280, 108.370
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 95.640, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Isoleucine--tRNA ligase / Isoleucyl-tRNA synthetase / IleRS


分子量: 105090.719 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Gram-positive bacterium
由来: (組換発現) Priestia megaterium (バクテリア)
株: DSM-32 / Cell: bacterial / 遺伝子: ileS, BG04_1180 / Variant: de Bary 1884 / プラスミド: pET28b(+) / 詳細 (発現宿主): EMD Biosciences, Cat: 69865-3 / Cell (発現宿主): bacterial / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): B / Variant (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A0A0B6A6A8, isoleucine-tRNA ligase

-
非ポリマー , 6種, 39分子

#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-MRC / MUPIROCIN / 9-[(E)-4-[(2S,3R,4R,5S)-3,4-bis(oxidanyl)-5-[[(2S,3S)-3-[(2S,3S)-3-oxidanylbutan-2-yl]oxiran-2-yl]methyl]oxan-2-yl]-3-methyl-but-2-enoyl]oxynonanoic acid / PSEUDOMONIC ACID / ムピロシン


分子量: 500.622 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C26H44O9 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: 抗生剤*YM
#4: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#6: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 26 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.47 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.27 %
解説: Plate clusters. Pieces can be broken of the cluster for freezing and diffraction experiments.
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: Solution of 20 mg/ml wt-HMGH-PmIleRS1 with added 3 mM mupirocin was mixed in 1:1 ratio with the well solution containing: 400 - 900 mM LiCl and 10 - 20% PEG3350, 25 mM Hepes-KOH pH=7.5 at 20 ...詳細: Solution of 20 mg/ml wt-HMGH-PmIleRS1 with added 3 mM mupirocin was mixed in 1:1 ratio with the well solution containing: 400 - 900 mM LiCl and 10 - 20% PEG3350, 25 mM Hepes-KOH pH=7.5 at 20 oC, 50 mM NaCl. The drop volume of 2 microliters, was equilibrated towards 300 microliters of the well solution at 19 degrees.
PH範囲: 6.8-7.5 / Temp details: Crystals do not grow at 4 degrees.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 0.9999873570222 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年3月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9999873570222 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→60.39 Å / Num. obs: 49643 / % possible obs: 90.26 % / 冗長度: 3.6 % / Biso Wilson estimate: 57.17 Å2 / CC1/2: 0.993 / CC star: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.15 / Rpim(I) all: 0.09249 / Rrim(I) all: 0.1767 / Net I/σ(I): 6.95
反射 シェル解像度: 2.8→2.9 Å / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 1.288 / Mean I/σ(I) obs: 0.94 / Num. unique obs: 3810 / CC1/2: 0.373 / Rpim(I) all: 0.7865 / Rrim(I) all: 1.513 / % possible all: 75.64

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
XDS20190806データ削減
XSCALE20190806データスケーリング
PHASERCCP4Interface 7.0.077位相決定
Coot0.8.9.2モデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.8→60.39 Å / SU ML: 0.3967 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.01 / 位相誤差: 27.9342
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.258 1812 3.99 %
Rwork0.1995 43602 -
obs0.2018 45414 90.27 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 64.61 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→60.39 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数14802 0 91 26 14919
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00215274
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.452820717
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.03962250
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00332673
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.75875741
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.8-2.880.34741140.3062787X-RAY DIFFRACTION75.53
2.88-2.960.37021270.29442906X-RAY DIFFRACTION78.58
2.96-3.060.37891240.29273041X-RAY DIFFRACTION81.91
3.06-3.170.34591330.27453126X-RAY DIFFRACTION84.1
3.17-3.290.31691320.25583237X-RAY DIFFRACTION87.92
3.29-3.440.31321390.23883349X-RAY DIFFRACTION90.72
3.44-3.620.27681420.21323442X-RAY DIFFRACTION92.51
3.62-3.850.26561400.19523493X-RAY DIFFRACTION94.09
3.85-4.150.24761510.18883591X-RAY DIFFRACTION96.87
4.15-4.560.22161530.15993631X-RAY DIFFRACTION97.75
4.56-5.220.21881510.16653659X-RAY DIFFRACTION98.35
5.23-6.580.25071530.20853655X-RAY DIFFRACTION97.62
6.58-60.390.20331530.15633685X-RAY DIFFRACTION97.29

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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