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万見
- PDB-8c99: Cryo-EM captures early ribosome assembly in action -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8c99
タイトルCryo-EM captures early ribosome assembly in action
要素
  • (50S ribosomal protein ...) x 10
  • 23S rRNA
キーワードRIBOSOME / ribosome assembly / ribosome biogenesis / total reconstitution / RNA / ribosomal protein.
機能・相同性
機能・相同性情報


transcriptional attenuation / endoribonuclease inhibitor activity / RNA-binding transcription regulator activity / negative regulation of cytoplasmic translation / translation repressor activity / mRNA regulatory element binding translation repressor activity / ribosome assembly / assembly of large subunit precursor of preribosome / cytosolic ribosome assembly / DNA-templated transcription termination ...transcriptional attenuation / endoribonuclease inhibitor activity / RNA-binding transcription regulator activity / negative regulation of cytoplasmic translation / translation repressor activity / mRNA regulatory element binding translation repressor activity / ribosome assembly / assembly of large subunit precursor of preribosome / cytosolic ribosome assembly / DNA-templated transcription termination / mRNA 5'-UTR binding / large ribosomal subunit / large ribosomal subunit rRNA binding / ribosomal large subunit assembly / cytoplasmic translation / cytosolic large ribosomal subunit / negative regulation of translation / rRNA binding / ribosome / structural constituent of ribosome / translation / response to antibiotic / negative regulation of DNA-templated transcription / mRNA binding / DNA binding / zinc ion binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Ribosomal protein L21, conserved site / Ribosomal protein L21 signature. / : / : / Ribosomal protein L20 signature. / Ribosomal protein L22, bacterial/chloroplast-type / Ribosomal protein L34, conserved site / Ribosomal protein L34 signature. / Ribosomal protein L30, bacterial-type / : ...Ribosomal protein L21, conserved site / Ribosomal protein L21 signature. / : / : / Ribosomal protein L20 signature. / Ribosomal protein L22, bacterial/chloroplast-type / Ribosomal protein L34, conserved site / Ribosomal protein L34 signature. / Ribosomal protein L30, bacterial-type / : / Ribosomal protein L20 / Ribosomal protein L20 / Ribosomal protein L20, C-terminal / Ribosomal protein L21 / Ribosomal proteins 50S L24/mitochondrial 39S L24 / Ribosomal protein L21-like / L21-like superfamily / Ribosomal prokaryotic L21 protein / Ribosomal protein L24 / Ribosomal protein L13, bacterial-type / Ribosomal protein L15, bacterial-type / 50S ribosomal protein uL4 / Ribosomal protein L34 / Ribosomal protein L34 / Ribosomal protein L30, conserved site / Ribosomal protein L30 signature. / Ribosomal protein L29, conserved site / Ribosomal protein L29 signature. / Ribosomal protein L15, conserved site / Ribosomal protein L15 signature. / Ribosomal protein L13 signature. / Ribosomal protein L13, conserved site / Ribosomal protein L22/L17, conserved site / Ribosomal protein L22 signature. / Ribosomal L29 protein / Ribosomal protein L29/L35 / Ribosomal protein L29/L35 superfamily / Ribosomal protein L24 signature. / Ribosomal protein L24/L26, conserved site / KOW (Kyprides, Ouzounis, Woese) motif. / Ribosomal protein L13 / Ribosomal protein L13 / Ribosomal protein L13 superfamily / Ribosomal protein L30, ferredoxin-like fold domain / Ribosomal protein L30p/L7e / Ribosomal protein L15 / Ribosomal protein L30, ferredoxin-like fold domain superfamily / Ribosomal proteins 50S-L15, 50S-L18e, 60S-L27A / Ribosomal protein L26/L24, KOW domain / Ribosomal protein L18e/L15P / Ribosomal L18e/L15P superfamily / Ribosomal protein L22/L17 / Ribosomal protein L22/L17 superfamily / Ribosomal protein L22p/L17e / Ribosomal protein L4/L1e / Ribosomal protein L4 domain superfamily / Ribosomal protein L4/L1 family / Translation protein SH3-like domain superfamily / KOW motif / KOW / Ribosomal protein L2, domain 2
類似検索 - ドメイン・相同性
: / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Large ribosomal subunit protein uL15 / Large ribosomal subunit protein bL20 / Large ribosomal subunit protein uL29 / Large ribosomal subunit protein bL34 / Large ribosomal subunit protein uL13 ...: / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Large ribosomal subunit protein uL15 / Large ribosomal subunit protein bL20 / Large ribosomal subunit protein uL29 / Large ribosomal subunit protein bL34 / Large ribosomal subunit protein uL13 / Large ribosomal subunit protein bL21 / Large ribosomal subunit protein uL30 / Large ribosomal subunit protein uL24 / Large ribosomal subunit protein uL4 / Large ribosomal subunit protein uL22
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.29 Å
データ登録者Nikolay, R. / Qin, B. / Lauer, S.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
German Federal Ministry for Education and Research16GW0300 ドイツ
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023
タイトル: Cryo-EM captures early ribosome assembly in action.
著者: Bo Qin / Simon M Lauer / Annika Balke / Carlos H Vieira-Vieira / Jörg Bürger / Thorsten Mielke / Matthias Selbach / Patrick Scheerer / Christian M T Spahn / Rainer Nikolay /
要旨: Ribosome biogenesis is a fundamental multi-step cellular process in all domains of life that involves the production, processing, folding, and modification of ribosomal RNAs (rRNAs) and ribosomal ...Ribosome biogenesis is a fundamental multi-step cellular process in all domains of life that involves the production, processing, folding, and modification of ribosomal RNAs (rRNAs) and ribosomal proteins. To obtain insights into the still unexplored early assembly phase of the bacterial 50S subunit, we exploited a minimal in vitro reconstitution system using purified ribosomal components and scalable reaction conditions. Time-limited assembly assays combined with cryo-EM analysis visualizes the structurally complex assembly pathway starting with a particle consisting of ordered density for only ~500 nucleotides of 23S rRNA domain I and three ribosomal proteins. In addition, our structural analysis reveals that early 50S assembly occurs in a domain-wise fashion, while late 50S assembly proceeds incrementally. Furthermore, we find that both ribosomal proteins and folded rRNA helices, occupying surface exposed regions on pre-50S particles, induce, or stabilize rRNA folds within adjacent regions, thereby creating cooperativity.
履歴
登録2023年1月21日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年4月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年4月12日Group: Structure summary / カテゴリ: struct / Item: _struct.title
改定 1.22024年7月24日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / em_admin / Item: _em_admin.last_update

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
2: 50S ribosomal protein L34
E: 50S ribosomal protein L4
J: 50S ribosomal protein L13
L: 50S ribosomal protein L15
Q: 50S ribosomal protein L20
R: 50S ribosomal protein L21
S: 50S ribosomal protein L22
U: 50S ribosomal protein L24
Y: 50S ribosomal protein L29
Z: 50S ribosomal protein L30
A: 23S rRNA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,062,73911
ポリマ－1,062,73911
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

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50S ribosomal protein ... , 10種, 10分子 2EJLQRSUYZ

#1: タンパク質・ペプチド 50S ribosomal protein L34 / ribosomal protein bL34


分子量: 5397.463 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: Can20-12E / 参照: UniProt: P0A7P5
#2: タンパク質 50S ribosomal protein L4 / ribosomal protein uL4


分子量: 22121.566 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: Can20-12E / 参照: UniProt: P60723
#3: タンパク質 50S ribosomal protein L13 / ribosomal protein uL13


分子量: 16050.606 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: Can20-12E / 参照: UniProt: P0AA10
#4: タンパク質 50S ribosomal protein L15 / ribosomal protein uL15


分子量: 15008.471 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: Can20-12E / 参照: UniProt: P02413
#5: タンパク質 50S ribosomal protein L20 / ribosomal protein bL20


分子量: 13528.024 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: Can20-12E / 参照: UniProt: P0A7L3
#6: タンパク質 50S ribosomal protein L21 / ribosomal protein bL21


分子量: 11586.374 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: Can20-12E / 参照: UniProt: P0AG48
#7: タンパク質 50S ribosomal protein L22 / ribosomal protein uL22


分子量: 12253.359 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: Can20-12E / 参照: UniProt: P61175
#8: タンパク質 50S ribosomal protein L24 / ribosomal protein uL24


分子量: 11339.250 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: Can20-12E / 参照: UniProt: P60624
#9: タンパク質 50S ribosomal protein L29 / ribosomal protein uL29


分子量: 7286.464 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: Can20-12E / 参照: UniProt: P0A7M6
#10: タンパク質 50S ribosomal protein L30 / ribosomal protein uL30


分子量: 6554.820 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: Can20-12E / 参照: UniProt: P0AG51

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RNA鎖 , 1種, 1分子 A

#11: RNA鎖 23S rRNA


分子量: 941612.375 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: Can20-12E / 参照: GenBank: 1109114233

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: large ribosomal subunit precursor d12 / タイプ: RIBOSOME / Entity ID: all / 由来: NATURAL
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 株: Can20-12E
緩衝液pH: 7.6
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 400 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Tecnai Polara / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI POLARA 300
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: OTHER
電子レンズモード: OTHER / 倍率（公称値）: 31000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 2000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 500 nm / Cs: 2 mm / アライメント法: COMA FREE
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN / 最高温度: 83 K / 最低温度: 82 K
撮影平均露光時間: 10 sec. / 電子線照射量: 62 e/Å2 / 検出モード: SUPER-RESOLUTION
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
画像スキャン動画フレーム数/画像: 50

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.20_4459: / 分類: 精密化
EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1Gautomatch0.53粒子像選択
2Leginon画像取得
4Gctf1.06CTF補正
7Coot0.9.6.2モデルフィッティング
9cryoSPARC3.3初期オイラー角割当
10cryoSPARC3.3分類
11RELION3.1分類
12cryoSPARC3.3３次元再構成
13PHENIX1.2モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 653029
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 3.29 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 44366 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築空間: REAL
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00330507
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.65645866
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d13.59812395
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0375925
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0062272

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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