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万見
- PDB-8c8h: Cryo EM structure of the vaccinia complete RNA polymerase complex... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8c8h
タイトルCryo EM structure of the vaccinia complete RNA polymerase complex lacking the capping enzyme
要素
  • (DNA-directed RNA polymerase ...) x 8
  • Core protein E11
  • Early transcription factor 82 kDa subunit
  • Nucleoside triphosphatase I
  • RNA polymerase-associated transcription-specificity factor RAP94
  • chr17.trna16-GlnTTG
キーワードVIRAL PROTEIN / RNA polymerase / RNAP / DNA-dependent RNA polymerase
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA-templated viral transcription / viral transcription / DNA-directed RNA polymerase complex / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / DNA-templated transcription termination / ribonucleoside binding / virion component / : / : / : ...DNA-templated viral transcription / viral transcription / DNA-directed RNA polymerase complex / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / DNA-templated transcription termination / ribonucleoside binding / virion component / : / : / : / : / : / : / DNA-directed RNA polymerase / nucleoside-triphosphate phosphatase / host cell cytoplasm / DNA-binding transcription factor activity / DNA-templated transcription / positive regulation of DNA-templated transcription / DNA binding / zinc ion binding / ATP binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Poxvirus early transcription factor, large subunit / Virion core protein, vaccinia E11L type / Nucleoside triphosphatase I, C-terminal / Poxvirus early transcription factor (VETF), large subunit / Chordopoxvirus E11 protein / Nucleoside triphosphatase I C-terminal / RNA polymerase-associated transcription specificity factor Rap94 / RNA polymerase-associated transcription specificity factor, Rap94 / DNA-directed RNA polymerase, 18kDa subunit, poxviral / DNA-directed RNA polymerase, 35kDa subunit, poxviral ...Poxvirus early transcription factor, large subunit / Virion core protein, vaccinia E11L type / Nucleoside triphosphatase I, C-terminal / Poxvirus early transcription factor (VETF), large subunit / Chordopoxvirus E11 protein / Nucleoside triphosphatase I C-terminal / RNA polymerase-associated transcription specificity factor Rap94 / RNA polymerase-associated transcription specificity factor, Rap94 / DNA-directed RNA polymerase, 18kDa subunit, poxviral / DNA-directed RNA polymerase, 35kDa subunit, poxviral / RNA polymerase, 22kDa subunit, poxviral / DNA-directed RNA polymerase, 19kDa subunit, poxviral / DNA-directed RNA polymerase, 7kDa polypeptide, chordopoxviral / RNA polymerase, 30kDa subunit, chordopox-type / RNA polymerase, 132kDa subunit, poxvirus-type / RNA polymerase, 30kDa subunit, chordopox-type, N-terminal / Poxvirus DNA-directed RNA polymerase, 18 kD subunit / Poxvirus DNA-directed RNA polymerase, 35 kD subunit / Poxvirus RNA polymerase 22 kDa subunit / Poxvirus DNA-directed RNA polymerase 19 kDa subunit / Chordopoxvirus DNA-directed RNA polymerase 7 kDa polypeptide (RPO7) / Poxvirus DNA dependent RNA polymerase 30kDa subunit / Poxvirus DNA dependent RNA polymerase / SNF2, N-terminal / SNF2-related domain / Zinc finger TFIIS-type signature. / RNA polymerase Rpb2, domain 5 / RNA polymerase Rpb2, domain 5 / Zinc finger, TFIIS-type / Transcription factor S-II (TFIIS) / Zinc finger TFIIS-type profile. / C2C2 Zinc finger / DNA-directed RNA polymerase, subunit beta-prime / RPB6/omega subunit-like superfamily / Helicase conserved C-terminal domain / RNA polymerase Rpb1, clamp domain superfamily / RNA polymerase Rpb1, domain 3 / RNA polymerase Rpb1, domain 3 / RNA polymerase Rpb1, domain 1 / RNA polymerase Rpb1, domain 1 / RNA polymerase, alpha subunit / RNA polymerase Rpb1, domain 5 / RNA polymerase Rpb1, domain 4 / RNA polymerase Rpb1, domain 2 / RNA polymerase Rpb1, domain 5 / RNA polymerase Rpb1, domain 4 / RNA polymerase, N-terminal / RNA polymerase Rpb1, funnel domain superfamily / RNA polymerase I subunit A N-terminus / RNA polymerase, beta subunit, conserved site / RNA polymerase Rpb2, domain 7 / RNA polymerase Rpb2, domain 3 / RNA polymerase Rpb2, OB-fold / RNA polymerase Rpb2, domain 7 / RNA polymerase Rpb2, domain 3 / RNA polymerases beta chain signature. / DNA-directed RNA polymerase, subunit 2, hybrid-binding domain / DNA-directed RNA polymerase, subunit 2 / DNA-directed RNA polymerase, subunit 2, hybrid-binding domain superfamily / RNA polymerase Rpb2, domain 6 / helicase superfamily c-terminal domain / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. / DEAD-like helicases superfamily / Helicase, C-terminal / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
RNA / RNA (> 10) / DNA-directed RNA polymerase 18 kDa subunit / Nucleoside triphosphatase I / DNA-directed RNA polymerase 147 kDa polypeptide / Early transcription factor 82 kDa subunit / DNA-directed RNA polymerase 30 kDa polypeptide / DNA-directed RNA polymerase 35 kDa subunit / DNA-directed RNA polymerase 7 kDa subunit / RNA polymerase-associated transcription-specificity factor RAP94 ...RNA / RNA (> 10) / DNA-directed RNA polymerase 18 kDa subunit / Nucleoside triphosphatase I / DNA-directed RNA polymerase 147 kDa polypeptide / Early transcription factor 82 kDa subunit / DNA-directed RNA polymerase 30 kDa polypeptide / DNA-directed RNA polymerase 35 kDa subunit / DNA-directed RNA polymerase 7 kDa subunit / RNA polymerase-associated transcription-specificity factor RAP94 / Core protein OPG073 / DNA-directed RNA polymerase 22 kDa subunit / DNA-directed RNA polymerase 19 kDa subunit / DNA-directed RNA polymerase 133 kDa polypeptide
類似検索 - 構成要素
生物種Vaccinia virus GLV-1h68 (ウイルス)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.84 Å
データ登録者Grimm, G. / Bartuli, J. / Fischer, U.
資金援助 ドイツ, 2件
組織認可番号国
German Research Foundation (DFG)Fi573/23-1 ドイツ
Volkswagen Foundation9B813 ドイツ
引用
ジャーナル: To Be Published
タイトル: Cryo EM structure of the vaccinia complete RNA polymerase complex lacking the capping enzyme
著者: Grimm, G. / Bartuli, J. / Fischer, U.
#1: ジャーナル: Cell / 年: 2019
タイトル: Structural Basis of Poxvirus Transcription: Vaccinia RNA Polymerase Complexes.
著者: Clemens Grimm / Hauke S Hillen / Kristina Bedenk / Julia Bartuli / Simon Neyer / Qian Zhang / Alexander Hüttenhofer / Matthias Erlacher / Christian Dienemann / Andreas Schlosser / Henning ...著者: Clemens Grimm / Hauke S Hillen / Kristina Bedenk / Julia Bartuli / Simon Neyer / Qian Zhang / Alexander Hüttenhofer / Matthias Erlacher / Christian Dienemann / Andreas Schlosser / Henning Urlaub / Bettina Böttcher / Aladar A Szalay / Patrick Cramer / Utz Fischer /
要旨: Poxviruses encode a multisubunit DNA-dependent RNA polymerase (vRNAP) that carries out viral gene expression in the host cytoplasm. We report cryo-EM structures of core and complete vRNAP enzymes ...Poxviruses encode a multisubunit DNA-dependent RNA polymerase (vRNAP) that carries out viral gene expression in the host cytoplasm. We report cryo-EM structures of core and complete vRNAP enzymes from Vaccinia virus at 2.8 Å resolution. The vRNAP core enzyme resembles eukaryotic RNA polymerase II (Pol II) but also reveals many virus-specific features, including the transcription factor Rap94. The complete enzyme additionally contains the transcription factor VETF, the mRNA processing factors VTF/CE and NPH-I, the viral core protein E11, and host tRNA. This complex can carry out the entire early transcription cycle. The structures show that Rap94 partially resembles the Pol II initiation factor TFIIB, that the vRNAP subunit Rpo30 resembles the Pol II elongation factor TFIIS, and that NPH-I resembles chromatin remodeling enzymes. Together with the accompanying paper (Hillen et al., 2019), these results provide the basis for unraveling the mechanisms of poxvirus transcription and RNA processing.
履歴
登録2023年1月20日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年1月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年11月20日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: em_admin / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _em_admin.last_update / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: DNA-directed RNA polymerase 133 kDa polypeptide
E: DNA-directed RNA polymerase 22 kDa subunit
F: DNA-directed RNA polymerase 19 kDa subunit
G: DNA-directed RNA polymerase 18 kDa subunit
I: RNA polymerase-associated transcription-specificity factor RAP94
J: DNA-directed RNA polymerase 7 kDa subunit
R: Core protein E11
K: Early transcription factor 82 kDa subunit
U: chr17.trna16-GlnTTG
A: DNA-directed RNA polymerase 147 kDa polypeptide
Q: Core protein E11
Y: Nucleoside triphosphatase I
C: DNA-directed RNA polymerase 35 kDa subunit
S: DNA-directed RNA polymerase 30 kDa polypeptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)713,38519
ポリマ－713,09914
非ポリマー2865
水1,09961
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: microscopy
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

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DNA-directed RNA polymerase ... , 8種, 8分子 BEFGJACS

#1: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase 133 kDa polypeptide


分子量: 133526.859 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Vaccinia virus GLV-1h68 (ウイルス) / 参照: UniProt: Q76ZP7, DNA-directed RNA polymerase
#2: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase 22 kDa subunit


分子量: 21365.740 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Vaccinia virus GLV-1h68 (ウイルス) / 参照: UniProt: P68609, DNA-directed RNA polymerase
#3: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase 19 kDa subunit


分子量: 19020.088 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Vaccinia virus GLV-1h68 (ウイルス) / 参照: UniProt: P68611, DNA-directed RNA polymerase
#4: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase 18 kDa subunit


分子量: 17917.195 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Vaccinia virus GLV-1h68 (ウイルス) / 参照: UniProt: P04310, DNA-directed RNA polymerase
#6: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase 7 kDa subunit


分子量: 7299.715 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Vaccinia virus GLV-1h68 (ウイルス) / 参照: UniProt: P68317, DNA-directed RNA polymerase
#10: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase 147 kDa polypeptide


分子量: 146995.703 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Vaccinia virus GLV-1h68 (ウイルス) / 参照: UniProt: P07392, DNA-directed RNA polymerase
#12: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase 35 kDa subunit


分子量: 35430.676 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Vaccinia virus GLV-1h68 (ウイルス) / 参照: UniProt: P24757, DNA-directed RNA polymerase
#13: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase 30 kDa polypeptide


分子量: 30074.293 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Vaccinia virus GLV-1h68 (ウイルス) / 参照: UniProt: P21603, DNA-directed RNA polymerase

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タンパク質 , 4種, 5分子 IRQKY

#5: タンパク質 RNA polymerase-associated transcription-specificity factor RAP94 / Protein H4 / RPO-associated protein of 94 kDa


分子量: 93667.633 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Vaccinia virus GLV-1h68 (ウイルス) / 参照: UniProt: P68438
#7: タンパク質 Core protein E11


分子量: 14914.090 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Vaccinia virus GLV-1h68 (ウイルス) / 参照: UniProt: P68448
#8: タンパク質 Early transcription factor 82 kDa subunit / ETF large subunit / VETF A7 subunit / Vaccinia virus early transcription factor large subunit / ...ETF large subunit / VETF A7 subunit / Vaccinia virus early transcription factor large subunit / VETF large subunit


分子量: 82398.906 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Vaccinia virus GLV-1h68 (ウイルス) / 参照: UniProt: P20636
#11: タンパク質 Nucleoside triphosphatase I / Factor X / NPH-I / Nucleoside triphosphate phosphohydrolase I / NPH I


分子量: 72465.320 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Vaccinia virus GLV-1h68 (ウイルス)
参照: UniProt: P05807, nucleoside-triphosphate phosphatase

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RNA鎖 , 1種, 1分子 U

#9: RNA鎖 chr17.trna16-GlnTTG


分子量: 23108.650 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Vaccinia virus GLV-1h68 (ウイルス)

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非ポリマー , 3種, 66分子

#14: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#15: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#16: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 61 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Vaccinia complete RNA polymerase complex lacking the capping enzyme
タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#13 / 由来: NATURAL
分子量値: 0.7 MDa / 実験値: YES
由来(天然)生物種: Vaccinia virus GLV-1h68 (ウイルス)
緩衝液pH: 7.4
試料濃度: 1 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: OTHER
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 800 nm
撮影電子線照射量: 80 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
phenix.real_space_refinedev_4746精密化
PHENIXdev_4746精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 3.84 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 21338 / 対称性のタイプ: POINT
精密化交差検証法: NONE
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
原子変位パラメータBiso mean: 148.17 Å2
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.002342203
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.552757346
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.04246552
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.00597012
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d14.024616033

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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