PDB-8c8c: Crystal Structure of Phosphatidylinositol 5-phosphate 4-kinase ty...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8c8c

タイトル

Crystal Structure of Phosphatidylinositol 5-phosphate 4-kinase type-2 alpha (PI5P4Ka) bound to an inhibitor

要素

Phosphatidylinositol 5-phosphate 4-kinase type-2 alpha

キーワード

TRANSFERASE / Inhibitor / ATP

機能・相同性

機能・相同性情報

vesicle-mediated cholesterol transport / 1-phosphatidylinositol-5-phosphate 4-kinase / 1-phosphatidylinositol-5-phosphate 4-kinase activity / 1-phosphatidyl-1D-myo-inositol 4,5-bisphosphate biosynthetic process / Synthesis of PIPs in the nucleus / 1-phosphatidylinositol-4-phosphate 5-kinase activity / autophagosome-lysosome fusion / positive regulation of autophagosome assembly / megakaryocyte development / PI5P Regulates TP53 Acetylation ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.096 Å

データ登録者

Harborne, S.P.D. / Howard, T.D. / Ogg, D.T.

資金援助

英国, 1件

引用

ジャーナル: Rsc Med Chem / 年: 2023
タイトル: Identification of ARUK2002821 as an isoform-selective PI5P4K alpha inhibitor.
著者: Willems, H.M.G. / Edwards, S. / Boffey, H.K. / Chawner, S.J. / Green, C. / Romero, T. / Winpenny, D. / Skidmore, J. / Clarke, J.H. / Andrews, S.P.

履歴

登録	2023年1月19日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2023年4月26日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年6月7日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.2	2024年6月19日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8c8c.cif.gz	181.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8c8c.ent.gz	109.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8c8c.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8c8c_validation.pdf.gz	717 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8c8c_full_validation.pdf.gz	718.9 KB	表示
XML形式データ	8c8c_validation.xml.gz	14.1 KB	表示
CIF形式データ	8c8c_validation.cif.gz	19.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c8/8c8c ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c8/8c8c	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#134 - 2011年2月インテグリン (Integrin) 類似性 (6) #31 - 2002年7月 p53腫瘍抑制因子 (p53 Tumor Suppressor) 類似性 (1) #122 - 2010年2月エンハンセオソーム (Enhanceosome) 類似性 (1) #213 - 2017年9月サーチュイン (Sirtuins) 類似性 (1) #221 - 2018年5月ヒトパピローマウイルスとワクチン (Human Papillomavirus and Vaccines) 類似性 (1) #234 - 2019年6月 MDM2とがん (MDM2 and Cancer) 類似性 (1) #148 - 2012年4月 Rasタンパク質 (Ras Protein) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#134 - 2011年2月
インテグリン (Integrin)
類似性 (6)
#31 - 2002年7月
p53腫瘍抑制因子 (p53 Tumor Suppressor)
類似性 (1)
#122 - 2010年2月
エンハンセオソーム (Enhanceosome)
類似性 (1)
#213 - 2017年9月
サーチュイン (Sirtuins)
類似性 (1)
#221 - 2018年5月
ヒトパピローマウイルスとワクチン (Human Papillomavirus and Vaccines)
類似性 (1)
#234 - 2019年6月
MDM2とがん (MDM2 and Cancer)
類似性 (1)
#148 - 2012年4月
Rasタンパク質 (Ras Protein)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Phosphatidylinositol 5-phosphate 4-kinase type-2 alpha

ヘテロ分子

43.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Phosphatidylinositol 5-phosphate 4-kinase type-2 alpha

ヘテロ分子

A: Phosphatidylinositol 5-phosphate 4-kinase type-2 alpha

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
86.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	70.661, 84.935, 128.346
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

#1: タンパク質	Phosphatidylinositol 5-phosphate 4-kinase type-2 alpha / 1-phosphatidylinositol 5-phosphate 4-kinase 2-alpha / Diphosphoinositide kinase 2-alpha / PIP5KIII ...1-phosphatidylinositol 5-phosphate 4-kinase 2-alpha / Diphosphoinositide kinase 2-alpha / PIP5KIII / Phosphatidylinositol 5-Phosphate 4-Kinase / PI5P4Kalpha / Phosphatidylinositol 5-phosphate 4-kinase type II alpha / PI(5)P 4-kinase type II alpha / PIP4KII-alpha / PtdIns(4)P-5-kinase B isoform / PtdIns(4)P-5-kinase C isoform / PtdIns(5)P-4-kinase isoform 2-alpha 分子量: 42859.383 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PIP4K2A, PI5P4KA, PIP5K2, PIP5K2A / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) 参照: UniProt: P48426, 1-phosphatidylinositol-5-phosphate 4-kinase
#2: 化合物	ChemComp-U1U / ~{N}-(3-chloranyl-4-methoxy-phenyl)-7-(3,4-dimethylphenyl)pyrrolo[2,3-d]pyrimidin-4-amine 分子量: 378.855 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₁₉ClN₄O / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 125 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.28 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.13 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 24 % PEG smear low 0.04 M CaCl 0.04 M NaFormate 0.1 M Tris pH pH 8.0

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9795 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年4月13日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.096→42.504 Å / Num. obs: 19434 / % possible obs: 84.7 % / 冗長度: 1.9 % / B_iso Wilson estimate: 38.071 Å² / CC_1/2: 0.996 / R_merge(I) obs: 0.04 / R_pim(I) all: 0.04 / R_rim(I) all: 0.056 / Χ²: 0.89 / Net I/σ(I): 10.3
反射シェル	解像度: 2.1→2.16 Å / 冗長度: 1.9 % / R_merge(I) obs: 0.532 / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / Num. unique obs: 368 / CC_1/2: 0.766 / R_pim(I) all: 0.532 / R_rim(I) all: 0.753 / Χ²: 0.92 / % possible all: 19.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0403	精密化
xia2		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.096→42.504 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.957 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.918 / SU B: 17.823 / SU ML: 0.216 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.275 / ESU R Free: 0.238 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2819	961	4.948 %
R_work	0.2165	18461	-
all	0.22	-	-
obs	-	19422	84.206 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 51.147 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.964 Å²	-0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.161 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.803 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.096→42.504 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2420	0	27	125	2572

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.012	2516
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	2352
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.461	1.654	3404
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.487	1.583	5406
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.926	5	294
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	7.462	5.385	13
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.452	10	435
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	15.912	10	124
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.065	0.2	369
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	2888
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	584
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.218	0.2	545
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.194	0.2	2169
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.189	0.2	1257
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.082	0.2	1347
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.188	0.2	107
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.04	0.2	3
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.094	0.2	14
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.134	0.2	67
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.15	0.2	3
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.406	3.942	1188
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	3.406	3.943	1188
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	4.848	7.057	1478
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	4.847	7.056	1479
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.052	4.22	1328
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	4.051	4.219	1328
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	6.032	7.607	1926
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	6.03	7.606	1927
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	7.694	38.19	2900
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	7.681	37.705	2884

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
2.096-2.15	0.349	15	0.371	303	0.369	1669	0.929	0.892	19.0533	0.372
2.15-2.209	0.326	34	0.353	589	0.352	1645	0.907	0.906	37.8723	0.356
2.209-2.273	0.458	48	0.479	969	0.479	1585	0.913	0.865	64.164	0.508
2.273-2.343	0.401	58	0.314	1180	0.318	1541	0.898	0.934	80.3374	0.307
2.343-2.419	0.322	87	0.281	1339	0.284	1522	0.919	0.948	93.6925	0.27
2.419-2.504	0.283	55	0.245	1382	0.247	1449	0.947	0.962	99.1718	0.228
2.504-2.598	0.29	48	0.232	1343	0.234	1394	0.936	0.962	99.7848	0.213
2.598-2.704	1.168	55	1.041	1057	1.048	1350	0.819	0.856	82.3704	1.079
2.704-2.823	0.306	62	0.293	1231	0.293	1307	0.93	0.947	98.9288	0.274
2.823-2.961	0.399	58	0.212	1178	0.22	1242	0.914	0.973	99.5169	0.2
2.961-3.12	0.236	52	0.201	1142	0.202	1196	0.959	0.978	99.8328	0.197
3.12-3.308	0.254	63	0.208	1055	0.211	1119	0.967	0.978	99.9106	0.208
3.308-3.535	0.29	68	0.197	995	0.203	1067	0.943	0.982	99.6251	0.201
3.535-3.816	0.218	52	0.17	932	0.173	987	0.967	0.985	99.696	0.181
3.816-4.177	0.28	42	0.154	883	0.16	926	0.959	0.987	99.892	0.168
4.177-4.664	0.237	42	0.145	802	0.149	845	0.971	0.987	99.8817	0.169
4.664-5.375	0.222	37	0.16	703	0.164	741	0.963	0.984	99.8651	0.187
5.375-6.557	0.298	47	0.236	592	0.241	640	0.951	0.975	99.8438	0.272
6.557-9.164	0.205	24	0.205	490	0.205	515	0.975	0.977	99.8058	0.246
9.164-42.504	0.226	14	0.219	296	0.219	315	0.957	0.97	98.4127	0.261

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 14.2046 Å / Origin y: 20.8038 Å / Origin z: 15.8287 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.0183 Å²	0.0111 Å²	0.0216 Å²	-	0.0529 Å²	-0.023 Å²	-	-	0.0944 Å²
L	2.4502 °²	-0.5396 °²	1.3814 °²	-	0.7699 °²	-0.5949 °²	-	-	2.3938 °²
S	-0.0614 Å °	-0.2362 Å °	0.0423 Å °	0.1177 Å °	0.0872 Å °	0.1432 Å °	-0.07 Å °	-0.3093 Å °	-0.0258 Å °

精密化 TLSグループ

Selection: ALL

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)