PDB-8c7p: Tagless BtuM in complex with cyanocobalamin

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8c7p

タイトル

Tagless BtuM in complex with cyanocobalamin

要素

Cobalamin ABC transporter

キーワード

TRANSPORT PROTEIN / Cobalamin / Membrane transporter

機能・相同性

membrane / COBALAMIN / Cobalamin ABC transporter

機能・相同性情報

生物種

Thiobacillus denitrificans ATCC 25259 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3 Å

データ登録者

Martinez-Felices, J.M. / Slotboom, D.J.

資金援助

オランダ, 1件

引用

ジャーナル: Structure / 年: 2024
タイトル: Cobalamin decyanation by the membrane transporter BtuM.
著者: Martinez Felices, J.M. / Barreto, Y.B. / Thangaratnarajah, C. / Whittaker, J.J. / Alencar, A.M. / Guskov, A. / Slotboom, D.J.

履歴

登録	2023年1月16日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2024年1月31日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年8月21日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8c7p.cif.gz	111.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8c7p.ent.gz	65.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8c7p.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8c7p_validation.pdf.gz	763.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8c7p_full_validation.pdf.gz	768.1 KB	表示
XML形式データ	8c7p_validation.xml.gz	10 KB	表示
CIF形式データ	8c7p_validation.cif.gz	12.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c7/8c7p ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c7/8c7p	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6ffv PDB 未公開エントリ
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Cobalamin ABC transporter

ヘテロ分子

23.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: light scattering

単位格子

Length a, b, c (Å)	91.318, 91.318, 77.391
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	154
Space group name H-M	P3₂21

#1: タンパク質	Cobalamin ABC transporter 分子量: 21794.711 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現詳細: Histidine tag and a portion of the 3C cleavage tag are cleaved during the purification prior to crystallization. 由来: (組換発現) Thiobacillus denitrificans ATCC 25259 (バクテリア) 遺伝子: Tbd_2719 / プラスミド: pBAD24 詳細 (発現宿主): Ampicilin resistance, L-Arabinose induced polymerase 発現宿主: Escherichia coli MC1061 (大腸菌) / 参照: UniProt: Q3SFD8
#2: 化合物	ChemComp-B12 / COBALAMIN 分子量: 1330.356 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆₂H₈₉CoN₁₃O₁₄P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.14 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.53 % / 解説: Coloured bars
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: 0.2 M Potassium chloride, 0.1 M Sodium citrate pH 5.5, 37 % v/v Pentaerythritol propoxylate (PO/OH).

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I24 / 波長: 0.976 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年6月15日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.976 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.528→79.084 Å / Num. obs: 6814 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 2.21 % / B_iso Wilson estimate: 49.73 Å² / CC_1/2: 0.98 / Net I/σ(I): 10.4
反射シェル	解像度: 2.53→2.63 Å / 冗長度: 0.9 % / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / Num. unique obs: 43 / CC_1/2: 0.53 / % possible all: 2.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0405	精密化
PHASER	5.8.0267	位相決定
Coot	0.9.5	モデル構築
XDS	20220110	データ削減
XDS	20220110	データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 3→79.084 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.907 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.841 / WR_factor R_free: 0.264 / WR_factor R_work: 0.216 / SU B: 33.707 / SU ML: 0.275 / Average fsc free: 0.9556 / Average fsc work: 0.9658 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.719 / ESU R Free: 0.428 / 詳細: Hydrogens have not been used

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2629	295	4.709 %
R_work	0.2249	5969	-
all	0.227	-	-
obs	-	6264	80.69 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL PLUS MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 81.507 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.088 Å²	-0.544 Å²	-0 Å²
2-	-	-1.088 Å²	0 Å²
3-	-	-	3.531 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3→79.084 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1378	0	91	0	1469

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.012	1529
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.019	1.671	2110
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.811	5	180
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	15.511	5	9
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	18.139	10	202
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	15.396	10	49
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.114	0.2	246
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.011	0.02	1204
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.256	0.2	750
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.331	0.2	1091
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.152	0.2	46
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.287	0.2	44

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
3-3.078	0.123	5	0.266	130	0.26	576	0.994	0.954	23.4375	0.249
3.078-3.162	0.353	10	0.251	156	0.257	553	0.899	0.958	30.0181	0.236
3.162-3.254	0.244	5	0.254	184	0.254	527	0.947	0.956	35.8634	0.233
3.254-3.353	0.241	12	0.254	253	0.253	511	0.978	0.957	51.8591	0.243
3.353-3.463	0.206	17	0.295	394	0.291	496	0.973	0.944	82.8629	0.269
3.463-3.585	0.283	22	0.279	464	0.279	486	0.952	0.954	100	0.257
3.585-3.72	0.311	31	0.249	439	0.254	470	0.947	0.96	100	0.237
3.72-3.871	0.281	22	0.222	441	0.225	463	0.962	0.968	100	0.213
3.871-4.043	0.165	19	0.22	411	0.217	430	0.977	0.972	100	0.209
4.043-4.24	0.207	23	0.217	395	0.217	420	0.967	0.974	99.5238	0.21
4.24-4.468	0.242	19	0.196	388	0.198	407	0.968	0.978	100	0.192
4.468-4.738	0.21	22	0.196	352	0.197	374	0.973	0.978	100	0.187
4.738-5.064	0.323	6	0.191	353	0.192	359	0.877	0.978	100	0.182
5.064-5.468	0.323	14	0.215	320	0.219	334	0.924	0.972	100	0.198
5.468-5.987	0.258	20	0.239	299	0.241	319	0.945	0.963	100	0.225
5.987-6.689	0.381	17	0.226	266	0.235	283	0.947	0.969	100	0.213
6.689-7.715	0.386	7	0.228	244	0.231	251	0.91	0.967	100	0.223
7.715-9.426	0.234	12	0.154	206	0.158	218	0.972	0.983	100	0.168
9.426-13.237	0.237	7	0.163	171	0.166	178	0.979	0.982	100	0.197
13.237-79.084	0.436	5	0.41	103	0.411	108	0.949	0.91	100	0.418

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: -41.9798 Å / Origin y: 19.713 Å / Origin z: 7.2118 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.1941 Å²	0.0041 Å²	-0.0251 Å²	-	0.1841 Å²	-0.0057 Å²	-	-	0.0098 Å²
L	0.078 °²	0.0818 °²	-0.2719 °²	-	0.0884 °²	-0.2892 °²	-	-	0.9551 °²
S	-0.0057 Å °	-0.0297 Å °	-0.003 Å °	-0.0341 Å °	-0.0106 Å °	0 Å °	0.0863 Å °	0.0898 Å °	0.0163 Å °

精密化 TLSグループ

Selection: ALL

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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