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- PDB-8c7l: Serendipitous structure of OmpF contaminant in space group P21. -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8c7l
タイトルSerendipitous structure of OmpF contaminant in space group P21.
要素Outer membrane porin F
キーワードMEMBRANE PROTEIN / contaminant / pore
機能・相同性
機能・相同性情報


colicin transmembrane transporter activity / porin activity / pore complex / protein homotrimerization / monoatomic ion channel activity / monoatomic ion channel complex / lipopolysaccharide binding / cell outer membrane / disordered domain specific binding / protein transport ...colicin transmembrane transporter activity / porin activity / pore complex / protein homotrimerization / monoatomic ion channel activity / monoatomic ion channel complex / lipopolysaccharide binding / cell outer membrane / disordered domain specific binding / protein transport / monoatomic ion transmembrane transport / lipid binding / identical protein binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Porin, gammaproteobacterial / Porin, Gram-negative type, conserved site / General diffusion Gram-negative porins signature. / Gram-negative porin / Porin domain, Gram-negative type / Porin, Gram-negative type / : / Porin domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Outer membrane porin F
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli BL21 (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.52 Å
データ登録者Bloch, Y. / Theunissen, S. / Savvides, S.N.
資金援助 ベルギー, 1件
組織認可番号国
Research Foundation - Flanders (FWO)12S0519N ベルギー
引用
ジャーナル: To Be Published
タイトル: Serendipitous structure of OmpF contaminant in space group P21.
著者: Bloch, Y. / Theunissen, S. / Savvides, S.N.
#1: ジャーナル: Biochem Biophys Res Commun / 年: 2009
タイトル: The agglutination protein AggA from Shewanella oneidensis MR-1 is a TolC-like protein and forms active channels in vitro.
著者: Theunissen, S. / Vergauwen, B. / De Smet, L. / Van Beeumen, J. / Van Gelder, P. / Savvides, S.N.
履歴
登録2023年1月16日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年2月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年6月19日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Outer membrane porin F
B: Outer membrane porin F
C: Outer membrane porin F
D: Outer membrane porin F
E: Outer membrane porin F
F: Outer membrane porin F


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)236,1906
ポリマ－236,1906
非ポリマー00
水00
1
A: Outer membrane porin F
B: Outer membrane porin F
C: Outer membrane porin F


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)118,0953
ポリマ－118,0953
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
D: Outer membrane porin F
E: Outer membrane porin F
F: Outer membrane porin F


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)118,0953
ポリマ－118,0953
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)104.811, 151.002, 109.658
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 117.936, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
d_1ens_1(chain "A" and (resid 1 through 11 or resid 13...
d_2ens_1(chain "B" and (resid 1 through 11 or resid 13...
d_3ens_1(chain "C" and (resid 1 through 11 or resid 13...
d_4ens_1(chain "D" and (resid 1 through 11 or resid 13...
d_5ens_1(chain "E" and (resid 1 through 11 or resid 13...
d_6ens_1(chain "F" and (resid 1 through 11 or resid 13...

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg label comp-IDEnd label comp-IDLabel asym-IDLabel seq-ID
d_11ens_1ALAVALA1 - 11
d_12ens_1LEULEUA13 - 55
d_13ens_1GLYGLYA57 - 217
d_14ens_1LYSTHRA219 - 247
d_15ens_1GLYASPA249 - 256
d_16ens_1LEUGLUA258 - 296
d_17ens_1GLYSERA298 - 308
d_18ens_1TYRPHEA310 - 340
d_21ens_1ALAVALB1 - 11
d_22ens_1LEULEUB13 - 55
d_23ens_1GLYGLYB57 - 217
d_24ens_1LYSTHRB219 - 247
d_25ens_1GLYASPB249 - 256
d_26ens_1LEUGLUB258 - 296
d_27ens_1GLYSERB298 - 308
d_28ens_1TYRPHEB310 - 340
d_31ens_1ALAVALC1 - 11
d_32ens_1LEULEUC13 - 55
d_33ens_1GLYGLYC57 - 217
d_34ens_1LYSTHRC219 - 247
d_35ens_1GLYASPC249 - 256
d_36ens_1LEUGLUC258 - 296
d_37ens_1GLYSERC298 - 308
d_38ens_1TYRPHEC310 - 340
d_41ens_1ALAVALD1 - 11
d_42ens_1LEULEUD13 - 55
d_43ens_1GLYGLYD57 - 217
d_44ens_1LYSTHRD219 - 247
d_45ens_1GLYASPD249 - 256
d_46ens_1LEUGLUD258 - 296
d_47ens_1GLYSERD298 - 308
d_48ens_1TYRPHED310 - 340
d_51ens_1ALAVALE1 - 11
d_52ens_1LEULEUE13 - 55
d_53ens_1GLYGLYE57 - 217
d_54ens_1LYSTHRE219 - 247
d_55ens_1GLYASPE249 - 256
d_56ens_1LEUGLUE258 - 296
d_57ens_1GLYSERE298 - 308
d_58ens_1TYRPHEE310 - 340
d_61ens_1ALAVALF1 - 11
d_62ens_1LEULEUF13 - 55
d_63ens_1GLYGLYF57 - 217
d_64ens_1LYSTHRF219 - 247
d_65ens_1GLYASPF249 - 256
d_66ens_1LEUGLUF258 - 296
d_67ens_1GLYSERF298 - 308
d_68ens_1TYRPHEF310 - 340

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(0.958621660243, -0.281988104792, -0.0390796784501), (-0.104007640449, -0.474697063516, 0.873982327405), (-0.265003628731, -0.833753804576, -0.484383804555)-3.15626736526, -42.9676559225, 24.3282840515
2given(0.957733073111, -0.0922734271038, -0.27245729082), (-0.282828775395, -0.474890243274, -0.833358950664), (-0.0524904227337, 0.875194190734, -0.48091567247)5.37142585654, -1.03734363337, 49.5220831642
3given(-0.999983750699, -0.00350189103529, 0.00449834379955), (-0.00225345280747, -0.481996428094, -0.876170283253), (0.00523643850403, -0.876166182904, 0.481980704643)-25.6494653728, 0.0677472629474, -0.169322190705
4given(-0.957519159715, 0.0963257460956, 0.271805830362), (0.180020816668, -0.536665319795, 0.824368145973), (0.225276639592, 0.838279001985, 0.49652668658)-30.823840831, -42.7664681297, 24.6718826077
5given(-0.958813836033, 0.281687908072, 0.0364410520836), (0.281947517631, 0.959427560229, 0.00208661792698), (-0.0343747746539, 0.0122751423137, -0.999333625847)-22.3088604784, -0.520388698391, 49.2668654175

-
要素

#1: タンパク質
Outer membrane porin F / Outer membrane protein 1A / Outer membrane protein B / Outer membrane protein F / Outer membrane ...Outer membrane protein 1A / Outer membrane protein B / Outer membrane protein F / Outer membrane protein IA / Porin OmpF


分子量: 39365.043 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然
詳細: Residues [1-22] expected to be part of signal peptide.
由来: (天然) Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant: STAR / 参照: UniProt: P02931

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.25 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.11 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法
詳細: 0.1mM NaCl, 0.1 MgCl2, 0.1 mM NaAcetate pH 4.5, 30% PEG400 copurified after refolding with 0.2 % lauryl sulfobetaine

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 0.95386 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2007年3月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.95386 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.51→92.6 Å / Num. obs: 37517 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 3.811 % / Biso Wilson estimate: 80.215 Å2 / CC1/2: 0.989 / Rrim(I) all: 0.332 / Net I/σ(I): 5.76
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Mean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
10.47-92.63.498629.9314380.9990.03696.3
7.43-10.473.76117.8525700.9970.07699.5
6.07-7.433.81859.3933340.9860.16499.4
5.26-6.073.846.1639080.9610.2699.8
4.71-5.263.841365.3444630.950.3199.6
4.3-4.713.8344.5348940.9220.37699.6
3.98-4.33.84972.4252750.7820.72899.7
3.72-3.983.84871.4457250.6161.116399.6
3.51-3.723.77360.8259100.411.97197.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2_4158精密化
XDS20190806データ削減
XDS20190806データスケーリング
SIMBAD2020位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.52→92.6 Å / SU ML: 0.3747 / 交差検証法: FREE R-VALUE / 位相誤差: 24.2127
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2551 --
Rwork0.2344 26023 -
obs-37152 98.57 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.52→92.6 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数15762 0 0 0 15762
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00316230
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.759721990
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.05122280
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00352946
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.40385682
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-IDRefine-IDタイプRms dev position (Å)
ens_1d_2AX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.237219110802
ens_1d_3AX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.188172156602
ens_1d_4AX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.216134020736
ens_1d_5AX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.248590835244
ens_1d_6AX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.176707560279
LS精密化 シェル解像度: 7.32→92.6 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2097 221 -
Rwork0.2098 3922 -
obs--97.57 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -12.7585775495 Å / Origin y: -14.3865842873 Å / Origin z: 24.350387776 Å
111213212223313233
T0.695999744014 Å20.0516172626944 Å2-0.000751369513173 Å2-0.480193777922 Å2-0.111927419131 Å2--0.486855364272 Å2
L3.14342637357 °2-0.00645195763479 °2-0.00284320085977 °2--0.255136687922 °2-0.0900428333436 °2---0.22993463403 °2
S-0.204504116114 Å °-0.00377576972306 Å °-0.0251185107105 Å °-0.00474705738118 Å °0.118247231603 Å °0.00440326172949 Å °0.015987613153 Å °0.00167394911081 Å °0.00117720126662 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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