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万見
- PDB-8c7d: Structure of the GEF Kalirin DH2 Domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8c7d
タイトルStructure of the GEF Kalirin DH2 Domain
要素Kalirin
キーワードSIGNALING PROTEIN / GTPase exchange factor / helical bundle
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of small GTPase mediated signal transduction / extrinsic component of membrane / NRAGE signals death through JNK / RHOG GTPase cycle / RHOA GTPase cycle / ephrin receptor signaling pathway / vesicle-mediated transport / EPHB-mediated forward signaling / RAC1 GTPase cycle / guanyl-nucleotide exchange factor activity ...regulation of small GTPase mediated signal transduction / extrinsic component of membrane / NRAGE signals death through JNK / RHOG GTPase cycle / RHOA GTPase cycle / ephrin receptor signaling pathway / vesicle-mediated transport / EPHB-mediated forward signaling / RAC1 GTPase cycle / guanyl-nucleotide exchange factor activity / axon guidance / MAPK6/MAPK4 signaling / G alpha (12/13) signalling events / actin cytoskeleton / nervous system development / G alpha (q) signalling events / postsynaptic density / non-specific serine/threonine protein kinase / intracellular signal transduction / protein phosphorylation / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / signal transduction / extracellular exosome / nucleoplasm / ATP binding / metal ion binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Rho GDP/GTP exchange factor Kalirin/TRIO / : / : / SH3-RhoGEF linking unstructured region / : / Divergent CRAL/TRIO domain / CRAL-TRIO lipid binding domain profile. / Domain in homologues of a S. cerevisiae phosphatidylinositol transfer protein (Sec14p) / CRAL-TRIO lipid binding domain / CRAL-TRIO lipid binding domain superfamily ...Rho GDP/GTP exchange factor Kalirin/TRIO / : / : / SH3-RhoGEF linking unstructured region / : / Divergent CRAL/TRIO domain / CRAL-TRIO lipid binding domain profile. / Domain in homologues of a S. cerevisiae phosphatidylinositol transfer protein (Sec14p) / CRAL-TRIO lipid binding domain / CRAL-TRIO lipid binding domain superfamily / SOS1/NGEF-like PH domain / Spectrin repeat / Spectrin repeat / Spectrin/alpha-actinin / Spectrin repeats / Dbl homology (DH) domain superfamily / RhoGEF domain / Guanine nucleotide exchange factor for Rho/Rac/Cdc42-like GTPases / Dbl homology (DH) domain / Dbl homology (DH) domain profile. / Immunoglobulin I-set / Immunoglobulin I-set domain / PH domain profile. / Pleckstrin homology domain. / Fibronectin type III domain / Pleckstrin homology domain / Fibronectin type 3 domain / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Fibronectin type-III domain profile. / Fibronectin type III / Fibronectin type III superfamily / Src homology 3 domains / SH3-like domain superfamily / Src homology 3 (SH3) domain profile. / SH3 domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / PH-like domain superfamily / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Immunoglobulin-like fold / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.86 Å
データ登録者Callens, M.C. / Thompson, A.P. / Gray, J.L. / Bountra, C. / von Delft, F. / Brennan, P.E.
資金援助 英国, 2件
組織認可番号国
Other private
Alzheimers Research UK (ARUK) 英国
引用ジャーナル: to be published
タイトル: Structure-based alignment and analysis of RHO selectivity of RHO-DBL GTPase exchange factors
著者: Callens, M.C. / Thompson, A.P. / Gray, J.L. / von Delft, F. / Brennan, P.E.
履歴
登録2023年1月14日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年1月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Kalirin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,0601
ポリマ－24,0601
非ポリマー00
水1,29772
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: homology
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area10050 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)27.324, 74.478, 100.121
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2

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要素

#1: タンパク質 Kalirin / Huntingtin-associated protein-interacting protein / Protein Duo / Serine/threonine-protein kinase ...Huntingtin-associated protein-interacting protein / Protein Duo / Serine/threonine-protein kinase with Dbl- and pleckstrin homology domain


分子量: 24059.930 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: KALRN, DUET, DUO, HAPIP, TRAD / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: O60229, non-specific serine/threonine protein kinase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 72 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.13 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 20% W/V PEG3350, 0.1 M succinic acid

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9763 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年7月18日
放射モノクロメーター: M / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.86→59.76 Å / Num. obs: 17994 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 11.7 % / Biso Wilson estimate: 30.47 Å2 / CC1/2: 0.9976 / Rpim(I) all: 0.076 / Rrim(I) all: 0.261 / Net I/σ(I): 7.1
反射 シェル解像度: 1.86→1.89 Å / 冗長度: 12.9 % / Mean I/σ(I) obs: 0.4 / Num. unique obs: 881 / CC1/2: 0.351 / % possible all: 99.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2_4158精密化
xia2データ削減
xia2データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.86→59.76 Å / SU ML: 0.3656 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 33.2794
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2745 907 5.09 %
Rwork0.2273 16924 -
obs0.2298 17831 99.36 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 33.86 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.86→59.76 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1512 0 0 72 1584
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00881581
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.92972145
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0536240
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0077277
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d4.8611219
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.86-1.980.40081400.3882706X-RAY DIFFRACTION97.1
1.98-2.130.36011400.30042784X-RAY DIFFRACTION99.59
2.13-2.340.29561460.25452769X-RAY DIFFRACTION99.76
2.34-2.680.3081490.23062818X-RAY DIFFRACTION99.83
2.68-3.380.30131740.21892842X-RAY DIFFRACTION99.97
3.38-59.760.22161580.19393005X-RAY DIFFRACTION99.87

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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