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- PDB-8c6z: necrotic enteritis associated Clostridium p. chitinase F8UNI4 in ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8c6z
タイトルnecrotic enteritis associated Clostridium p. chitinase F8UNI4 in complex with inhibitor bisdionin C
要素Chitinase B
キーワードHYDROLASE / GH18 / enzyme / inhibitor / chitinase
機能・相同性
機能・相同性情報


chitinase / chitin catabolic process / chitin binding / carbohydrate metabolic process / hydrolase activity
類似検索 - 分子機能
: / Chitinase insertion domain superfamily / Chitinase II / Glyco_18 / Glycosyl hydrolases family 18 / Glycosyl hydrolases family 18 (GH18) domain profile. / Glycoside hydrolase family 18, catalytic domain / Glycoside hydrolase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
: / : / Chem-DW0 / chitinase
類似検索 - 構成要素
生物種Clostridium perfringens (ウェルシュ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.85 Å
データ登録者Bloch, Y. / Savvides, S.N.
資金援助 ベルギー, 1件
組織認可番号国
Research Foundation - Flanders (FWO) ベルギー
引用ジャーナル: Plos Pathog. / 年: 2024
タイトル: Clostridium perfringens chitinases, key enzymes during early stages of necrotic enteritis in broiler chickens.
著者: Dierick, E. / Callens, C. / Bloch, Y. / Savvides, S.N. / Hark, S. / Pelzer, S. / Ducatelle, R. / Van Immerseel, F. / Goossens, E.
履歴
登録2023年1月12日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年5月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年6月19日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond
改定 1.22024年11月13日Group: Database references / Structure summary
カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_entry_details
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Chitinase B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)70,5696
ポリマ－69,4841
非ポリマー1,0855
水7,494416
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: light scattering, monomer
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area320 Å2
ΔGint-24 kcal/mol
Surface area22560 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)67.401, 67.401, 355.823
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

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要素

#1: タンパク質 Chitinase B / Glycosyl hydrolase


分子量: 69484.242 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Residues 600 onwards stem from the vector. Residues [608-621] V5 epitope tag. Residues [625-630] 6His tag.
由来: (組換発現) Clostridium perfringens (ウェルシュ菌)
遺伝子: CP4_3454, pNetB_00069 / プラスミド: pBAD TOPO TA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Top10 / 参照: UniProt: F8UNI4
#2: 化合物 ChemComp-CO / COBALT (II) ION


分子量: 58.933 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Co
#3: 化合物 ChemComp-CD / CADMIUM ION


分子量: 112.411 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cd
#4: 化合物 ChemComp-DW0 / 1,1'-PROPANE-1,3-DIYLBIS(3,7-DIMETHYL-3,7-DIHYDRO-1H-PURINE-2,6-DIONE) / BISDIONIN C / 1-[3-(3,7-DIMETHYL-2,6-DIOXO-2,3,6,7-TETRAHYDRO-1H-PURIN-1-YL)PROPYL]-3,7-DIMETHYL-2,3,6,7-TETRAHYDRO-1H-PURINE-2,6-DION E


分子量: 400.392 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H20N8O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 416 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.91 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.7 %
結晶化温度: 287 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 5mM CoCl2,5mM NiCl2,5 mM CdCl2, 5mM MgCl2,100mM HEPES pH7.5, 12% PEG 3350. Cryoprotected with 20% ethylene glycol prior to vitrification.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P14 (MX2) / 波長: 0.97625 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年5月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97625 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.85→58.6 Å / Num. obs: 70266 / % possible obs: 98 % / 冗長度: 6.8 % / Biso Wilson estimate: 38.48 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rrim(I) all: 0.1 / Net I/σ(I): 12.61
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Mean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
5.53-58.66.441.3228390.9990.04193.7
3.92-5.536.7639.9348330.9990.04495.4
3.2-3.926.931.5861890.9980.05796.9
2.77-3.26.719.0873300.9930.09697.7
2.48-2.776.8711.4182100.9790.17197.9
2.27-2.486.927.1391000.9440.27598.5
2.1-2.276.844.3498790.8580.44598.8
1.96-2.16.812.41106300.6690.77499.3
1.85-1.966.811.2112560.3561.41399.1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2_4158精密化
XDS20180126データ削減
PHASER2.8.1位相決定
XDS20180126データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: F8UNI5

解像度: 1.85→48.94 Å / SU ML: 0.25 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 22.77 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2234 2103 2.99 %
Rwork0.1965 68153 -
obs0.1973 70256 98.02 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 87.77 Å2 / Biso mean: 39.8644 Å2 / Biso min: 22.17 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.85→48.94 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4442 0 60 416 4918
Biso mean--61.32 42.74 -
残基数----574
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 15

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.85-1.890.35171380.34894475461399
1.89-1.940.35841400.30544531467199
1.94-1.990.28791400.27934524466499
1.99-2.050.28891390.2624492463199
2.05-2.120.29681380.25494531466999
2.12-2.190.30641400.23234504464499
2.19-2.280.24751370.21674514465199
2.28-2.390.25081420.20834528467099
2.39-2.510.26741380.2134540467898
2.51-2.670.23561380.20384487462598
2.67-2.870.24491410.20254523466498
2.88-3.160.23221400.19524553469398
3.16-3.620.22371380.19354573471197
3.62-4.560.16121460.16474596474296
4.56-48.940.18631480.16154782493094
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.17890.59070.05941.0404-0.26050.6371-0.13640.00350.084-0.11910.0029-0.0369-0.01650.023-00.25190.0135-0.04150.33880.02170.2519-3.3376-9.561626.5747
20.0054-0.01850.01470.1136-0.08140.06030.0050.02360.0203-0.00680.0253-0.0119-0.00630.01150.00020.3909-0.0196-0.06090.56990.05510.42978.0809-5.031730.1437
30.00810.017-0.00740.0388-0.01630.0074-0.00740.01250.0099-0.00920.0027-0.0046-0.02790.0196-0.00010.9875-0.00990.09191.11250.01921.182114.95493.166724.6509
精密化 TLSグループSelection details: chain A

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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