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- PDB-8c6o: Crystal Structure of H64F obelin mutant from Obelia longissima at... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8c6o
タイトルCrystal Structure of H64F obelin mutant from Obelia longissima at 2.2 Angstrom resolution
要素Obelin
キーワードLUMINESCENT PROTEIN / bioluminescence / photoprotein / obelin
機能・相同性
機能・相同性情報


bioluminescence / calcium ion binding
類似検索 - 分子機能
: / EF hand / EF-hand domain pair / EF-hand, calcium binding motif / EF-Hand 1, calcium-binding site / EF-hand calcium-binding domain. / EF-hand calcium-binding domain profile. / EF-hand domain / EF-hand domain pair
類似検索 - ドメイン・相同性
C2-HYDROPEROXY-COELENTERAZINE / Obelin
類似検索 - 構成要素
生物種Obelia longissima (無脊椎動物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Natashin, P.V. / Burakova, L.P. / Kovaleva, M.I. / Schevtsov, M.B. / Dmitrieva, D.A. / Eremeeva, E.V. / Markova, S.V. / Mishin, A.V. / Borshchevskiy, V.I. / Vysotski, E.S.
資金援助 ロシア, 2件
組織認可番号国
Ministry of Science and Higher Education of the Russian Federation075-15-2021-1354 ロシア
Russian Science Foundation22-14-00125 ロシア
引用ジャーナル: Int J Mol Sci / 年: 2023
タイトル: The Role of Tyr-His-Trp Triad and Water Molecule Near the N1-Atom of 2-Hydroperoxycoelenterazine in Bioluminescence of Hydromedusan Photoproteins: Structural and Mutagenesis Study.
著者: Natashin, P.V. / Burakova, L.P. / Kovaleva, M.I. / Shevtsov, M.B. / Dmitrieva, D.A. / Eremeeva, E.V. / Markova, S.V. / Mishin, A.V. / Borshchevskiy, V.I. / Vysotski, E.S.
履歴
登録2023年1月12日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年3月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年4月26日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22024年6月19日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Obelin
B: Obelin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,4856
ポリマ－44,5282
非ポリマー9574
水4,720262
1
A: Obelin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,7423
ポリマ－22,2641
非ポリマー4782
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Obelin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,7423
ポリマ－22,2641
非ポリマー4782
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)77.510, 77.510, 180.220
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number169
Space group name H-MP61

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要素

#1: タンパク質 Obelin / OBL


分子量: 22263.932 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Obelia longissima (無脊椎動物) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q27709
#2: 化合物 ChemComp-CZH / C2-HYDROPEROXY-COELENTERAZINE / 8-BENZYL-2-HYDROPEROXY-2-(4-HYDROXY-BENZYL)-6-(4-HYDROXY-PHENYL)-2H-IMIDAZO[1,2-A]PYRAZIN-3-ONE


分子量: 455.462 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: C26H21N3O5 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: Na
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 262 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.52 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.01 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 2.1 Malic acid

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: MASSIF-3 / 波長: 0.9677 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 4M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年2月26日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9677 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→38.76 Å / Num. obs: 29727 / % possible obs: 95.88 % / 冗長度: 5.4 % / CC1/2: 0.995 / Net I/σ(I): 8.73
反射 シェル解像度: 2.2→2.279 Å / Num. unique obs: 3029 / CC1/2: 0.277

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1精密化
XDSデータ削減
Auto-Rickshaw位相決定
XSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: AF-Q27709-F1

解像度: 2.2→38.76 Å / SU ML: 0.31 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 22.69 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.199 843 2.84 %
Rwork0.1671 --
obs0.168 29717 95.89 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→38.76 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3089 0 70 262 3421
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.013269
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8824435
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.1521219
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.048448
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006643
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.2-2.340.30551120.30164862X-RAY DIFFRACTION97
2.34-2.520.31041330.22574896X-RAY DIFFRACTION97
2.52-2.770.25561670.19994833X-RAY DIFFRACTION97
2.77-3.170.20881540.16374758X-RAY DIFFRACTION95
3.17-40.15921490.13314758X-RAY DIFFRACTION95
4-38.760.17121280.15034767X-RAY DIFFRACTION94

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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