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- PDB-8c6b: Light SFX structure of D.m(6-4)photolyase at 20ps time delay -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8c6b
タイトルLight SFX structure of D.m(6-4)photolyase at 20ps time delay
要素Cryptochrome-1クリプトクロム
キーワードFLAVOPROTEIN (フラボタンパク質) / photolyase (フォトリアーゼ) / SFX / FAD
機能・相同性
機能・相同性情報


deoxyribodipyrimidine photo-lyase activity / entrainment of circadian clock by photoperiod / FAD binding / circadian regulation of gene expression / DNA binding / 細胞核 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Cryptochrome/DNA photolyase class 1 / Cryptochrome/DNA photolyase, FAD-binding domain / FAD binding domain of DNA photolyase / DNA photolyase, N-terminal / Cryptochrome/photolyase, N-terminal domain superfamily / DNA photolyase / Photolyase/cryptochrome alpha/beta domain profile. / Cryptochrome/DNA photolyase, FAD-binding domain-like superfamily / Rossmann-like alpha/beta/alpha sandwich fold
類似検索 - ドメイン・相同性
フラビンアデニンジヌクレオチド / RE11660p
類似検索 - 構成要素
生物種Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
手法X線回折 / 自由電子レーザー / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Cellini, A. / Kumar, M. / Nimmrich, A. / Mutisya, J. / Furrer, A. / Beale, E.V. / Carrillo, M. / Malla, T.N. / Maj, P. / Dworkowskic, F. ...Cellini, A. / Kumar, M. / Nimmrich, A. / Mutisya, J. / Furrer, A. / Beale, E.V. / Carrillo, M. / Malla, T.N. / Maj, P. / Dworkowskic, F. / Cirelli, C. / Ozerovi, D. / Bacellar, C. / Strandfuss, J. / Weinert, T. / Ihalainen, J.A. / Yuan Wahlgren, W. / Westenhoff, S.
資金援助European Union, 1件
組織認可番号国
European Research Council (ERC)European Union
引用ジャーナル: Nat.Chem. / 年: 2024
タイトル: Directed ultrafast conformational changes accompany electron transfer in a photolyase as resolved by serial crystallography.
著者: Cellini, A. / Shankar, M.K. / Nimmrich, A. / Hunt, L.A. / Monrroy, L. / Mutisya, J. / Furrer, A. / Beale, E.V. / Carrillo, M. / Malla, T.N. / Maj, P. / Vrhovac, L. / Dworkowski, F. / Cirelli, ...著者: Cellini, A. / Shankar, M.K. / Nimmrich, A. / Hunt, L.A. / Monrroy, L. / Mutisya, J. / Furrer, A. / Beale, E.V. / Carrillo, M. / Malla, T.N. / Maj, P. / Vrhovac, L. / Dworkowski, F. / Cirelli, C. / Johnson, P.J.M. / Ozerov, D. / Stojkovic, E.A. / Hammarstrom, L. / Bacellar, C. / Standfuss, J. / Maj, M. / Schmidt, M. / Weinert, T. / Ihalainen, J.A. / Wahlgren, W.Y. / Westenhoff, S.
履歴
登録2023年1月11日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年11月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月15日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cryptochrome-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,9573
ポリマ－58,0801
非ポリマー8782
水2,396133
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1520 Å2
ΔGint-8 kcal/mol
Surface area21320 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)103.900, 103.900, 52.190
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number76
Space group name H-MP41
Space group name HallP4w
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y,x,z+1/4
#3: y,-x,z+3/4
#4: -x,-y,z+1/2

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要素

#1: タンパク質 Cryptochrome-1 / クリプトクロム


分子量: 58079.805 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
遺伝子: phr6-4, CG2488 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8SXK5
#2: 化合物 ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD / フラビンアデニンジヌクレオチド


分子量: 785.550 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H33N9O15P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: FAD*YM
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 133 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.43 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.28 %
結晶化温度: 277.15 K / 手法: batch mode / pH: 6.5
詳細: 100 mM bis-tris pH=6.5, 200 mM lithium sulphate monohydrate, 22 % PEG 3350, 0.5 % Ethyl acetate.

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データ収集

回折平均測定温度: 293.15 K / Serial crystal experiment: Y
放射光源由来: 自由電子レーザー / サイト: SwissFEL ARAMIS / ビームライン: ESA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: PSI JUNGFRAU 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年9月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→15.72 Å / Num. obs: 44140 / % possible obs: 99.99 % / 冗長度: 275.96 % / Biso Wilson estimate: 7.36 Å2 / R split: 0.07 / Net I/σ(I): 13.9
反射 シェル解像度: 1.9→1.91 Å / Num. unique obs: 1766 / R split: 0.21
Serial crystallography sample delivery手法: injection

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2_4158精密化
CrystFELデータ削減
CrystFELデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.9→15.72 Å / SU ML: 0.2277 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 位相誤差: 23.1254
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2415 2130 4.99 %
Rwork0.2269 40560 -
obs0.2276 42690 96.8 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 20.44 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→15.72 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4099 0 59 133 4291
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00714285
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8865824
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0537607
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0084743
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.9251627
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.9-1.940.33741240.3362500X-RAY DIFFRACTION89.86
1.94-1.990.3441170.3242585X-RAY DIFFRACTION92.5
1.99-2.050.32491120.29882630X-RAY DIFFRACTION93.78
2.05-2.110.30381840.28062585X-RAY DIFFRACTION94.67
2.11-2.170.33611330.28132644X-RAY DIFFRACTION95.53
2.17-2.250.31061240.26252706X-RAY DIFFRACTION96.92
2.25-2.340.2331460.24612692X-RAY DIFFRACTION96.99
2.34-2.450.25851540.24182686X-RAY DIFFRACTION97.49
2.45-2.580.24091640.23252714X-RAY DIFFRACTION97.69
2.58-2.740.27021570.23132755X-RAY DIFFRACTION98.64
2.74-2.950.2231160.22012785X-RAY DIFFRACTION99.01
2.95-3.240.25861410.24742782X-RAY DIFFRACTION99.39
3.24-3.70.21531710.20712786X-RAY DIFFRACTION99.7
3.71-4.650.12281480.13282813X-RAY DIFFRACTION99.93
4.65-15.720.1511390.12632897X-RAY DIFFRACTION99.7
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.0001445666680690.0001741326408820.0003546645771840.0001408267983770.002050940064460.000579139196906-0.0134336040819-0.00582855169586-0.002636080683710.006444416774940.003970673519030.00217619252636-0.00814355509589-0.00965474931326-1.63420106181E-100.0189497959108-0.000853505418404-0.0005988215022790.0144680553838-0.0004332421313240.015631030631619.704637663841.7236818284.37296494837
2-0.002267881504410.001648977637440.00348247087237-0.000250474547613-0.000636990997997-0.002871969626920.003765342410360.003341892992230.0110609546822-0.00790741491463-0.01229722012760.00558796365073-0.00586543237099-0.01301753618495.86892336745E-110.001862378129130.005536007893390.00142030193444-0.0507406669842-0.01259217349570.0018488471262-4.9609197810425.561345714-1.272062645
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 5 through 295 )5 - 2951 - 291
22chain 'A' and (resid 296 through 504 )296 - 504292 - 500

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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