PDB-8c65: Crystal structure of cutinase AdCut from Acidovorax delafieldii (...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8c65

タイトル

Crystal structure of cutinase AdCut from Acidovorax delafieldii (PBS depolymerase)

要素

PBS(A) depolymerase

キーワード

HYDROLASE / cutinase / PET / PBS

機能・相同性

Dienelactone hydrolase / Dienelactone hydrolase family / Alpha/Beta hydrolase fold / hydrolase activity / PBS(A) depolymerase

機能・相同性情報

生物種

Acidovorax delafieldii (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.491 Å

データ登録者

Zahn, M. / Clark, M.

資金援助

英国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Predictions of the substrate specificities of the plastic-degrading enzymes IsPETase and AdCut
著者: Clark, M. / Zahn, M.

履歴

登録	2023年1月11日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2024年1月24日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8c65.cif.gz	273.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8c65.ent.gz	166.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8c65.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8c65_validation.pdf.gz	421.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8c65_full_validation.pdf.gz	423.2 KB	表示
XML形式データ	8c65_validation.xml.gz	23.5 KB	表示
CIF形式データ	8c65_validation.cif.gz	35.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c6/8c65 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c6/8c65	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: PBS(A) depolymerase

B: PBS(A) depolymerase

58.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: PBS(A) depolymerase

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
29.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: PBS(A) depolymerase

登録者が定義した集合体
29.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	45.798, 96.430, 58.525
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 111.033, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	A

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: GLN / Beg label comp-ID: GLN / End auth comp-ID: ASN / End label comp-ID: ASN / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A / Auth seq-ID: 42 - 304 / Label seq-ID: 1 - 263

Dom-ID
1
2

NCSアンサンブル: (詳細: Local NCS retraints between domains: 1 2)

#1: タンパク質	PBS(A) depolymerase 分子量: 29378.479 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Acidovorax delafieldii (バクテリア) 遺伝子: pbsA / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8RR62
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 405 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.05 Å³/Da / 溶媒含有率: 40.08 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 20 % PEG 3350, 0.2 M ammonium citrate dibasic

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9762 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年1月22日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9762 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.491→54.626 Å / Num. obs: 39403 / % possible obs: 78.1 % / 冗長度: 6.7 % / CC_1/2: 0.995 / R_merge(I) obs: 0.195 / R_pim(I) all: 0.08 / Net I/σ(I): 7.1
反射シェル	解像度: 1.491→1.594 Å / 冗長度: 7 % / R_merge(I) obs: 1.262 / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / Num. unique obs: 1971 / CC_1/2: 0.529 / R_pim(I) all: 0.508 / % possible all: 65.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0352	精密化
autoPROC		データ削減
STARANISO		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.491→54.626 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.953 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.928 / SU B: 4.252 / SU ML: 0.079 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.157 / ESU R Free: 0.14 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2147	1897	4.814 %
R_work	0.1753	37505	-
all	0.177	-	-
obs	-	39402	51.098 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 10.792 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.17 Å²	-0 Å²	0.092 Å²
2-	-	0.047 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.222 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.491→54.626 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3976	0	0	405	4381

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.011	4114
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	3516
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.518	1.645	5618
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.549	1.549	8254
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.082	5	543
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	8.239	5	34
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.922	10	614
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	17.632	10	180
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.077	0.2	608
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	4868
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	844
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.225	0.2	919
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.195	0.2	3475
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.18	0.2	2103
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.082	0.2	2063
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.238	0.2	334
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.211	0.2	12
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.165	0.2	51
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.224	0.2	35
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.796	0.78	2122
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.792	0.779	2122
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.36	1.161	2654
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	1.364	1.163	2655
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.109	0.902	1992
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.105	0.9	1991
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.743	1.314	2954
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	1.742	1.315	2955
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	3.854	14.93	4962
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	3.722	11.907	4868
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.068	0.05	9060

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.06837	0.0501
1	2	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.06837	0.0501

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.491-1.53	0.341	13	0.27	405	0.272	5706	0.937	0.955	7.3256	0.261
1.53-1.571	0.246	50	0.262	876	0.261	5521	0.959	0.958	16.7723	0.255
1.571-1.617	0.262	70	0.235	1240	0.237	5376	0.951	0.962	24.3676	0.227
1.617-1.667	0.241	85	0.242	1552	0.242	5267	0.961	0.96	31.0803	0.23
1.667-1.721	0.252	93	0.231	1726	0.232	5053	0.954	0.963	35.9984	0.216
1.721-1.782	0.282	91	0.236	1844	0.238	4886	0.953	0.963	39.6029	0.22
1.782-1.849	0.268	102	0.221	1930	0.223	4766	0.953	0.969	42.6353	0.202
1.849-1.924	0.274	51	0.239	794	0.241	4549	0.955	0.962	18.5755	0.212
1.924-2.01	0.296	65	0.217	1547	0.22	4386	0.952	0.971	36.7533	0.186
2.01-2.108	0.274	72	0.21	1578	0.213	4181	0.95	0.97	39.4642	0.182
2.108-2.222	0.202	153	0.184	3405	0.185	3980	0.971	0.978	89.397	0.156
2.222-2.356	0.221	158	0.189	2799	0.191	3759	0.965	0.976	78.6645	0.156
2.356-2.518	0.232	198	0.181	3350	0.184	3555	0.961	0.978	99.8031	0.153
2.518-2.72	0.211	120	0.172	2575	0.174	3301	0.975	0.982	81.6419	0.147
2.72-2.978	0.189	139	0.149	2906	0.151	3047	0.976	0.986	99.9344	0.135
2.978-3.329	0.216	110	0.153	2654	0.156	2764	0.968	0.985	100	0.143
3.329-3.841	0.191	112	0.159	2254	0.16	2420	0.976	0.984	97.7686	0.15
3.841-4.699	0.179	94	0.14	1674	0.142	2076	0.982	0.988	85.1638	0.137
4.699-6.621	0.179	84	0.145	1532	0.146	1616	0.983	0.988	100	0.143
6.621-54.626	0.192	37	0.163	864	0.164	901	0.983	0.979	100	0.168

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.408	-0.0197	-0.0048	0.6894	-0.0198	0.7747	-0.0056	-0.0184	-0.013	0.0102	0.0083	0.0058	0.0109	0.0016	-0.0026	0.0084	0.0026	-0.001	0.0034	-0.005	0.0157	-0.1854	0.338	8.6597
2	0.6484	0.0903	-0.2414	0.7044	-0.1123	0.6933	0.0033	0.0083	0.0065	0.0094	-0.0037	0.0172	-0.0123	0.0009	0.0004	0.0079	0.003	-0.0028	0.0033	-0.0051	0.0095	-4.9081	27.4105	20.7016

精密化 TLSグループ

Selection: ALL

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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