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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8c5q | ||||||
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タイトル | CK2 kinase bound to inhibitor AB668 | ||||||
![]() | Casein kinase II subunit alpha | ||||||
![]() | TRANSFERASE / Kinase bivalent inhibitor | ||||||
機能・相同性 | ![]() regulation of chromosome separation / positive regulation of aggrephagy / WNT mediated activation of DVL / Condensation of Prometaphase Chromosomes / protein kinase CK2 complex / symbiont-mediated disruption of host cell PML body / Receptor Mediated Mitophagy / Sin3-type complex / Synthesis of PC / Maturation of hRSV A proteins ...regulation of chromosome separation / positive regulation of aggrephagy / WNT mediated activation of DVL / Condensation of Prometaphase Chromosomes / protein kinase CK2 complex / symbiont-mediated disruption of host cell PML body / Receptor Mediated Mitophagy / Sin3-type complex / Synthesis of PC / Maturation of hRSV A proteins / RUNX1 interacts with co-factors whose precise effect on RUNX1 targets is not known / negative regulation of apoptotic signaling pathway / positive regulation of Wnt signaling pathway / negative regulation of double-strand break repair via homologous recombination / chaperone-mediated protein folding / negative regulation of proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / negative regulation of cysteine-type endopeptidase activity involved in apoptotic process / Signal transduction by L1 / peptidyl-threonine phosphorylation / Hsp90 protein binding / PML body / Wnt signaling pathway / Regulation of PTEN stability and activity / positive regulation of protein catabolic process / Cooperation of PDCL (PhLP1) and TRiC/CCT in G-protein beta folding / KEAP1-NFE2L2 pathway / double-strand break repair / rhythmic process / kinase activity / positive regulation of cell growth / peptidyl-serine phosphorylation / Regulation of TP53 Activity through Phosphorylation / protein stabilization / regulation of cell cycle / non-specific serine/threonine protein kinase / negative regulation of translation / protein phosphorylation / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / DNA damage response / positive regulation of cell population proliferation / apoptotic process / signal transduction / nucleoplasm / ATP binding / identical protein binding / nucleus / plasma membrane / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Krimm, I. / Guichou, J.F. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: CK2 kinase bound to inhibitor AB668 著者: Krimm, I. / Guichou, J.F. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 352 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 240.9 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 921.3 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 937.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 28.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 38.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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要素
-タンパク質 , 1種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 42799.633 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() 参照: UniProt: P68400, non-specific serine/threonine protein kinase |
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-非ポリマー , 5種, 73分子 ![](data/chem/img/SO4.gif)
![](data/chem/img/TL0.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/TL0.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: 化合物 | ChemComp-SO4 / #3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-GOL / #5: 化合物 | ChemComp-CL / | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.22 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.77 % |
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結晶化 | 温度: 286 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 33% polyethylene glycol methyl ether 5000, 0.2 M ammonium sulfate, 0.1 MES pH 6.5 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年10月5日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97625 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.5→51.64 Å / Num. obs: 36228 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 5.5 % / Biso Wilson estimate: 61.25 Å2 / CC1/2: 0.984 / Rmerge(I) obs: 0.095 / Net I/σ(I): 11.5 |
反射 シェル | 解像度: 2.5→2.59 Å / Num. unique obs: 3561 / CC1/2: 0.672 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 64.75 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.5→45.09 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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