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- PDB-8c5h: NbSyt1 anti-(rat Synaptotagmin-1) nanobody bound to target cytoso... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8c5h
タイトルNbSyt1 anti-(rat Synaptotagmin-1) nanobody bound to target cytosolic domain of Synaptotagmin-1
要素
  • NbSyt1 nanobody
  • Synaptotagmin-1
キーワードMETAL BINDING PROTEIN / Nanobody / Synaptotagmin 1
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of vesicle fusion / synchronous neurotransmitter secretion / fast, calcium ion-dependent exocytosis of neurotransmitter / positive regulation of calcium ion-dependent exocytosis of neurotransmitter / syntaxin-3 binding / regulation of regulated secretory pathway / calcium ion-regulated exocytosis of neurotransmitter / spontaneous neurotransmitter secretion / positive regulation of vesicle fusion / Glutamate Neurotransmitter Release Cycle ...regulation of vesicle fusion / synchronous neurotransmitter secretion / fast, calcium ion-dependent exocytosis of neurotransmitter / positive regulation of calcium ion-dependent exocytosis of neurotransmitter / syntaxin-3 binding / regulation of regulated secretory pathway / calcium ion-regulated exocytosis of neurotransmitter / spontaneous neurotransmitter secretion / positive regulation of vesicle fusion / Glutamate Neurotransmitter Release Cycle / Norepinephrine Neurotransmitter Release Cycle / Acetylcholine Neurotransmitter Release Cycle / calcium-dependent activation of synaptic vesicle fusion / Serotonin Neurotransmitter Release Cycle / GABA synthesis, release, reuptake and degradation / chromaffin granule membrane / Dopamine Neurotransmitter Release Cycle / dense core granule / regulation of calcium ion-dependent exocytosis / calcium ion sensor activity / positive regulation of calcium ion-dependent exocytosis / vesicle docking / exocytic vesicle / vesicle organization / protein heterooligomerization / vesicle fusion / positive regulation of dopamine secretion / calcium-ion regulated exocytosis / Cargo recognition for clathrin-mediated endocytosis / Clathrin-mediated endocytosis / positive regulation of dendrite extension / neurotransmitter secretion / calcium-dependent phospholipid binding / neuron projection terminus / membraneless organelle assembly / syntaxin binding / syntaxin-1 binding / clathrin binding / low-density lipoprotein particle receptor binding / regulation of synaptic vesicle exocytosis / phosphatidylserine binding / regulation of dopamine secretion / synaptic vesicle exocytosis / presynaptic active zone / postsynaptic cytosol / excitatory synapse / detection of calcium ion / positive regulation of synaptic transmission / presynaptic cytosol / regulation of synaptic transmission, glutamatergic / vesicle-mediated transport / phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate binding / cellular response to calcium ion / SNARE binding / hippocampal mossy fiber to CA3 synapse / secretory granule / molecular condensate scaffold activity / terminal bouton / phospholipid binding / synaptic vesicle membrane / response to calcium ion / calcium-dependent protein binding / synaptic vesicle / presynaptic membrane / postsynaptic membrane / cell differentiation / calmodulin binding / neuron projection / postsynaptic density / protein heterodimerization activity / axon / lipid binding / calcium ion binding / glutamatergic synapse / Golgi apparatus / identical protein binding / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Synaptotagmin / Protein kinase C conserved region 2 (CalB) / C2 domain / C2 domain / C2 domain profile. / C2 domain superfamily / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
Vicugna pacos (アルパカ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.68 Å
データ登録者Martinez-Carranza, M. / Stenmark, P.
資金援助 スウェーデン, 1件
組織認可番号国
Swedish Research Council2022-03681 スウェーデン
引用ジャーナル: Small Methods / 年: 2023
タイトル: A Versatile Synaptotagmin-1 Nanobody Provides Perturbation-Free Live Synaptic Imaging And Low Linkage-Error in Super-Resolution Microscopy.
著者: Queiroz Zetune Villa Real, K. / Mougios, N. / Rehm, R. / Sograte-Idrissi, S. / Albert, L. / Rahimi, A.M. / Maidorn, M. / Hentze, J. / Martinez-Carranza, M. / Hosseini, H. / Saal, K.A. / ...著者: Queiroz Zetune Villa Real, K. / Mougios, N. / Rehm, R. / Sograte-Idrissi, S. / Albert, L. / Rahimi, A.M. / Maidorn, M. / Hentze, J. / Martinez-Carranza, M. / Hosseini, H. / Saal, K.A. / Oleksiievets, N. / Prigge, M. / Tsukanov, R. / Stenmark, P. / Fornasiero, E.F. / Opazo, F.
履歴
登録2023年1月9日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年8月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月1日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / Item: _citation.journal_volume
改定 1.22024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
S: Synaptotagmin-1
N: NbSyt1 nanobody
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,4969
ポリマ－28,9032
非ポリマー5937
水82946
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2750 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area11780 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)52.410, 65.750, 66.910
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2

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要素

#1: タンパク質 Synaptotagmin-1 / Synaptotagmin I / SytI / p65


分子量: 15365.521 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Syt1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P21707
#2: 抗体 NbSyt1 nanobody


分子量: 13537.938 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: A51 anti rat synaptotagmin-1 nanobody / 由来: (組換発現) Vicugna pacos (アルパカ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#3: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 46 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.09 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.08 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.15 M Di-Malic acid pH 7.0, 20% PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: MAX IV / ビームライン: BioMAX / 波長: 0.987 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年6月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.987 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.68→46.9 Å / Num. obs: 49689 / % possible obs: 97.8 % / 冗長度: 8.9 % / Biso Wilson estimate: 31.06 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.087 / Net I/σ(I): 11.85
反射 シェル解像度: 1.68→1.71 Å / Rmerge(I) obs: 3.822 / Mean I/σ(I) obs: 0.66 / Num. unique obs: 1246 / % possible all: 96.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.19.2_4158: ???)精密化
XDSデータ削減
Coot0.9.5モデル構築
xia2データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5T0R, 6I2G

5t0r

6i2g


解像度: 1.68→41.26 Å / SU ML: 0.29 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 28.67 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2216 2477 4.99 %
Rwork0.2091 --
obs0.2098 49687 97.64 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.68→41.26 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1928 0 37 46 2011
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0082028
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9532732
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d9.286282
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.057288
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.01350
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.68-1.710.40361320.39482510X-RAY DIFFRACTION94
1.71-1.750.42411310.36082560X-RAY DIFFRACTION95
1.75-1.790.37051250.35472569X-RAY DIFFRACTION96
1.79-1.830.36391510.34812616X-RAY DIFFRACTION97
1.83-1.870.36141400.32012631X-RAY DIFFRACTION97
1.87-1.920.34061410.28512589X-RAY DIFFRACTION97
1.92-1.980.29161400.2522612X-RAY DIFFRACTION97
1.98-2.040.21721340.23132612X-RAY DIFFRACTION98
2.04-2.120.27231320.22532653X-RAY DIFFRACTION98
2.12-2.20.25831360.21932635X-RAY DIFFRACTION98
2.2-2.30.23221400.2112627X-RAY DIFFRACTION98
2.3-2.420.18921360.20252639X-RAY DIFFRACTION98
2.42-2.570.21061480.21982644X-RAY DIFFRACTION99
2.57-2.770.26351350.2082655X-RAY DIFFRACTION98
2.77-3.050.25611450.20582647X-RAY DIFFRACTION99
3.05-3.490.20261370.18432665X-RAY DIFFRACTION99
3.49-4.40.14881370.17962667X-RAY DIFFRACTION99
4.4-41.260.21131370.18992679X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 2.8137 Å / Origin y: 9.3993 Å / Origin z: 8.6404 Å
111213212223313233
T0.1955 Å20.0043 Å2-0.0053 Å2-0.222 Å20.0304 Å2--0.2076 Å2
L1.0922 °20.0041 °2-0.2622 °2-3.5132 °21.7879 °2--2.5595 °2
S-0.0183 Å °0.0378 Å °-0.0342 Å °0.0392 Å °0.1048 Å °-0.0436 Å °-0.0374 Å °0.0526 Å °-0.1007 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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