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万見
- PDB-8c4x: PAM Protease -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8c4x
タイトルPAM Protease
要素(Protease) x 2
キーワードHYDROLASE / Protease
機能・相同性
機能・相同性情報


serine-type endopeptidase activity / proteolysis / extracellular space
類似検索 - 分子機能
Proteinase K-like catalytic domain / Peptidase S8 propeptide/proteinase inhibitor I9 / Peptidase inhibitor I9 / Peptidase S8 propeptide/proteinase inhibitor I9 superfamily / : / Peptidase S8, subtilisin, His-active site / Serine proteases, subtilase family, histidine active site. / Serine proteases, subtilase family, aspartic acid active site. / Peptidase S8, subtilisin, Asp-active site / Serine proteases, subtilase family, serine active site. ...Proteinase K-like catalytic domain / Peptidase S8 propeptide/proteinase inhibitor I9 / Peptidase inhibitor I9 / Peptidase S8 propeptide/proteinase inhibitor I9 superfamily / : / Peptidase S8, subtilisin, His-active site / Serine proteases, subtilase family, histidine active site. / Serine proteases, subtilase family, aspartic acid active site. / Peptidase S8, subtilisin, Asp-active site / Serine proteases, subtilase family, serine active site. / Peptidase S8, subtilisin, Ser-active site / Peptidase S8, subtilisin-related / Serine proteases, subtilase domain profile. / Peptidase S8/S53 domain superfamily / Subtilase family / Peptidase S8/S53 domain
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Actinomadura keratinilytica (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.52 Å
データ登録者Nomme, J. / Gavalda, S. / Cioci, G. / Guicherd, M. / Marty, A. / Duquesne, S. / Ben Khaled, M.
資金援助 フランス, 1件
組織認可番号国
French National Institute of Agricultural Research (INRAE) フランス
引用ジャーナル: Nature / 年: 2024
タイトル: An engineered enzyme embedded into PLA to make self-biodegradable plastic.
著者: Guicherd, M. / Ben Khaled, M. / Gueroult, M. / Nomme, J. / Dalibey, M. / Grimaud, F. / Alvarez, P. / Kamionka, E. / Gavalda, S. / Noel, M. / Vuillemin, M. / Amillastre, E. / Labourdette, D. / ...著者: Guicherd, M. / Ben Khaled, M. / Gueroult, M. / Nomme, J. / Dalibey, M. / Grimaud, F. / Alvarez, P. / Kamionka, E. / Gavalda, S. / Noel, M. / Vuillemin, M. / Amillastre, E. / Labourdette, D. / Cioci, G. / Tournier, V. / Kitpreechavanich, V. / Dubois, P. / Andre, I. / Duquesne, S. / Marty, A.
履歴
登録2023年1月5日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年7月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年7月24日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年7月31日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.32024年8月7日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.42024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protease
B: Protease
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,5126
ポリマ－36,1102
非ポリマー4034
水7,134396
1
A: Protease
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,1235
ポリマ－27,7201
非ポリマー4034
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Protease


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,3901
ポリマ－8,3901
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)40.482, 64.175, 62.959
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 96.16, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Protease


分子量: 27720.289 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Actinomadura keratinilytica (バクテリア)
遺伝子: prt / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0U5AS91
#2: タンパク質 Protease


分子量: 8389.620 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Actinomadura keratinilytica (バクテリア)
遺伝子: prt / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0U5AS91

-
非ポリマー , 4種, 400分子

#3: 化合物 ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル


分子量: 118.174 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 化合物 ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム


分子量: 122.143 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H12NO3 / コメント: pH緩衝剤*YM
#5: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 396 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.25 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.38 %
結晶化温度: 285 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 40% MPD 0.1M Sodium Citrate pH 5.6

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.9724 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年6月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9724 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.52→62.6 Å / Num. obs: 48618 / % possible obs: 98.24 % / 冗長度: 3.8 % / Biso Wilson estimate: 12.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 9.38
反射 シェル解像度: 1.52→1.57 Å / Rmerge(I) obs: 0.52 / Num. unique obs: 18284

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIXv1.19精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.52→62.6 Å / SU ML: 0.12 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 15.95 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1765 2468 5.08 %
Rwork0.1501 --
obs0.1514 48618 98.25 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.52→62.6 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2522 0 25 396 2943
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0062651
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.923639
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d9.45409
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.053429
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.009476
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.52-1.550.21671380.20712575X-RAY DIFFRACTION98
1.55-1.580.19521290.20282512X-RAY DIFFRACTION98
1.58-1.610.23711380.20062541X-RAY DIFFRACTION97
1.61-1.650.22891400.18162530X-RAY DIFFRACTION98
1.65-1.690.1961430.17622589X-RAY DIFFRACTION99
1.69-1.740.20761380.16492544X-RAY DIFFRACTION99
1.74-1.790.23561650.17342534X-RAY DIFFRACTION99
1.79-1.850.1791300.17342554X-RAY DIFFRACTION98
1.85-1.910.18821440.16112526X-RAY DIFFRACTION97
1.91-1.990.18671370.14472550X-RAY DIFFRACTION98
1.99-2.080.17281410.13952574X-RAY DIFFRACTION99
2.08-2.190.17321530.142551X-RAY DIFFRACTION99
2.19-2.330.16791410.14672581X-RAY DIFFRACTION99
2.33-2.510.1841920.1442573X-RAY DIFFRACTION97
2.51-2.760.18291130.14912605X-RAY DIFFRACTION99
2.76-3.160.17021430.14812621X-RAY DIFFRACTION99
3.16-3.980.15331600.13112544X-RAY DIFFRACTION97
3.98-62.60.14251230.13172646X-RAY DIFFRACTION98

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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