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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8c4l
タイトルFerric-siderophore reduction in Shewanella biscestrii: Structural and functional characterization of SbiSIP reveals unforeseen specificity
要素Vibriobactin utilization protein ViuB
キーワードMETAL BINDING PROTEIN / Siderophore binding protein / Iron reduction / metal transport
機能・相同性
機能・相同性情報


oxidoreductase activity
類似検索 - 分子機能
Siderophore-interacting protein / Siderophore-interacting protein, C-terminal domain / FAD-binding 9, siderophore-interacting / Siderophore-interacting protein / Siderophore-interacting FAD-binding domain / FAD-binding domain, ferredoxin reductase-type / Ferredoxin-NADP reductase (FNR), nucleotide-binding domain / Ferredoxin reductase-type FAD binding domain profile. / Riboflavin synthase-like beta-barrel
類似検索 - ドメイン・相同性
FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / Vibriobactin utilization protein ViuB
類似検索 - 構成要素
生物種Shewanella bicestrii (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.86 Å
データ登録者Trindade, I.B. / Matias, P. / Moe, E. / Louro, R.O.
資金援助 ポルトガル, European Union, 6件
組織認可番号国
Fundacao para a Ciencia e a TecnologiaPD/BD/135187/2017 ポルトガル
Fundacao para a Ciencia e a Tecnologiat PTDC/BIA-BQM/30176/2017 ポルトガル
Fundacao para a Ciencia e a TecnologiaUIDB/04612/2020 ポルトガル
Fundacao para a Ciencia e a TecnologiaUIDP/04612/2020 ポルトガル
European Union (EU)Project 810856European Union
Fundacao para a Ciencia e a TecnologiaAAC 01/SAICT/2016 ポルトガル
引用ジャーナル: To be published
タイトル: Ferric-siderophore reduction in Shewanella bicestrii: Structural and functional characterization of SbSIP reveals an overlooked specificity of siderophore interacting proteins
著者: Trindade, I.B. / Fonseca, B.M. / Catarino, T. / Matias, P. / Moe, E. / Louro, R.O.
履歴
登録2023年1月4日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年1月17日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Vibriobactin utilization protein ViuB
B: Vibriobactin utilization protein ViuB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,6474
ポリマ－56,0762
非ポリマー1,5712
水5,819323
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: light scattering
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4150 Å2
ΔGint-28 kcal/mol
Surface area22540 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)82.441, 82.441, 250.852
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
Space group name HallP4nw2abw
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y+1/2,x+1/2,z+3/4
#3: y+1/2,-x+1/2,z+1/4
#4: x+1/2,-y+1/2,-z+1/4
#5: -x+1/2,y+1/2,-z+3/4
#6: -x,-y,z+1/2
#7: y,x,-z
#8: -y,-x,-z+1/2
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-770-

HOH

21A-777-

HOH

非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
d_1ens_1(chain "A" and (resid 6 through 246 or resid 500))
d_2ens_1(chain "B" and (resid 6 through 246 or resid 500))

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg label comp-IDEnd label comp-IDLabel asym-IDLabel seq-ID
d_11ens_1PROGLUA3 - 243
d_12ens_1FADFADB
d_21ens_1PROGLUC1 - 241
d_22ens_1FADFADD

NCS oper: (Code: givenMatrix: (-0.651442399611, -0.749997619649, 0.114570373612), (0.732852093426, -0.661113770254, -0.160799228676), (0.196343090406, -0.0207882972388, 0.980314866534)ベクター: ...NCS oper: (Code: given
Matrix: (-0.651442399611, -0.749997619649, 0.114570373612), (0.732852093426, -0.661113770254, -0.160799228676), (0.196343090406, -0.0207882972388, 0.980314866534)
ベクター: 74.9222054144, -25.1356024154, 23.5481810389)

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要素

#1: タンパク質 Vibriobactin utilization protein ViuB


分子量: 28037.982 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Shewanella bicestrii (バクテリア)
遺伝子: viuB, NCTC12093_01939 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A448CKI9
#2: 化合物 ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD


分子量: 785.550 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H33N9O15P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: FAD*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 323 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 67.64 %
結晶化温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 1.8 M Ammonium sulfate with 0.01 M Cobalt(II) chloride hexahydrate and 0.1 M MES pH 6.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALBA / ビームライン: XALOC / 波長: 0.97918 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年7月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.86→62.71 Å / Num. obs: 49068 / % possible obs: 93.7 % / 冗長度: 6.5 % / Biso Wilson estimate: 30.31 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.051 / Rpim(I) all: 0.022 / Rrim(I) all: 0.056 / Net I/σ(I): 19.3
反射 シェル解像度: 1.86→2.03 Å / 冗長度: 5.7 % / Rmerge(I) obs: 0.746 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique obs: 2453 / CC1/2: 0.819 / Rpim(I) all: 0.333 / Rrim(I) all: 0.82 / % possible all: 15

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC1.20.1_4487精密化
PHENIX1.20.1_4487精密化
XDSデータ削減
STARANISOデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.86→62.71 Å / SU ML: 0.1709 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 24.8827
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1995 2412 4.92 %
Rwork0.1678 46650 -
obs0.1694 49062 66.89 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 38.78 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.86→62.71 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3826 0 106 323 4255
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01224031
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.14525497
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.063602
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0117699
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.63591477
Refine LS restraints NCSタイプ: Torsion NCS / Rms dev position: 0.816756801419 Å
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.86-1.90.492580.2528155X-RAY DIFFRACTION3.88
1.9-1.940.2236240.2281468X-RAY DIFFRACTION11.62
1.94-1.990.2397500.2336777X-RAY DIFFRACTION19.65
1.99-2.040.2703610.19551086X-RAY DIFFRACTION26.93
2.04-2.090.2493640.20331329X-RAY DIFFRACTION32.78
2.09-2.150.2328900.20511658X-RAY DIFFRACTION41.21
2.15-2.220.22861070.18642077X-RAY DIFFRACTION51.15
2.22-2.30.22251310.20342571X-RAY DIFFRACTION63.53
2.3-2.40.2341560.20313404X-RAY DIFFRACTION83.27
2.4-2.50.23671860.19893978X-RAY DIFFRACTION97.27
2.5-2.640.23352190.19124050X-RAY DIFFRACTION99.23
2.64-2.80.23622080.18844066X-RAY DIFFRACTION99.46
2.8-3.020.22382100.18454099X-RAY DIFFRACTION99.63
3.02-3.320.21722380.17354102X-RAY DIFFRACTION99.5
3.32-3.80.17092420.14044121X-RAY DIFFRACTION99.73
3.8-4.790.15152190.12534222X-RAY DIFFRACTION99.87
4.79-62.710.19761990.1794487X-RAY DIFFRACTION99.6
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.782081747039-0.817836696797-0.07228224836842.830754528-0.3729318736853.76426758408-0.0878555318949-0.174581446024-0.106666009610.483952868320.1479074406670.1306952715270.132454372723-0.158474123354-0.05989094624030.296175683892-0.000739898655126-0.00477928312890.1498300079550.0172161789790.20986932492733.73559794361.9401544099714.1309540781
21.088035289470.8035574081760.2661029932894.00766832079-0.0818821134525.273490847060.344295415436-0.216020074031-0.4118891653910.260166716013-0.08324340757320.5713683438930.158471669176-1.05016919974-0.2800519901360.324718518299-0.1309618488180.07543275214390.2896290455570.1353495708510.2785946571723.4393493463-3.6419561802914.8473072049
33.02277371781-0.530606844743-0.1006959938392.009560371220.01494637983943.56902197467-0.0419200477088-0.1282423026750.04131579249780.3992076076570.08641203994360.164040890043-0.109502894082-0.209049735542-0.03881189785950.2713850181620.003012318690730.02819942289540.1356362850920.01050813410010.18679378816729.94875273083.2679231304813.0020060384
40.964748549076-0.448818409547-0.2866589573970.9540007475632.133476315175.57916643953-0.1280132564480.0286231931156-0.556846105909-0.318968842519-0.05072852908460.1938887855830.79138102734-0.5852461176410.3563143983310.618598940653-0.1916368390160.0414106804640.161319480643-0.05107736824560.37827839724828.6700981857-11.2260918469-4.1350107244
52.452005584090.342118322149-0.5363125004422.535760529980.1397683997615.23033844368-0.006296023009710.297139735450.0359393004678-0.07345519507820.04994313892340.03768610105150.117539896108-0.142338926434-0.01081060994950.0998417359321-0.00826746806098-0.01713321547530.152108763952-0.007366935921940.15874048213535.06611436853.0457949155-9.75464986046
60.3039126353270.483272732399-0.144505616491.46720661768-0.242727153284.253234584950.01985599090020.775282689449-0.100424476431-0.4895276790190.375551730781.064197442990.0958981959467-2.39461410440.910542967953-0.161127618818-0.21826478229-0.1761548588220.565450435742-0.03841004583630.18732609859122.1971799190.959926851032-10.3254593133
70.7152954656-0.8774528291680.483409591311.922919290841.817384661177.29598929408-0.136180097110.937336045214-0.67658653813-0.1441363901810.3005044359010.4431128920640.748796847048-1.113877401450.1577943998190.259868641172-0.08139003517860.0827724376291.00222598372-0.01432115641490.56824968323712.37995042541.92304383601-2.18111000927
82.64251301980.1162801241490.5635529442622.10248885020.3918749853913.997767057510.088702406434-0.09375104044280.111544790770.1449965511280.0910619783085-0.3141005074890.07714235990720.56438793221-0.1505647719520.1964844314750.047643532314-0.0008391009774160.23350834465-0.01143742406490.25118343689956.0465212502-1.2501128133343.3594439234
91.22594623635-1.190128227561.389694486986.92895943311-0.6845085494722.081714890540.02779937785420.136612804553-0.2044574095370.693876323419-0.3585385065850.1019426435650.4331609288530.03083763691450.1911698760070.3546278522460.1757246633340.02545639938770.312516251869-0.009722525553830.41981439214164.1310964596-16.573485620443.477897072
102.005459206010.1036962924010.4913714148011.243643864460.7504321784673.37981375152-0.05282506058880.162400219354-0.00315505542221-0.09725058982450.133727264138-0.1745589035540.03737257663250.6761553340920.02077387137740.2023313319610.02374924081540.0125588841890.169832777168-0.01201269147480.21716696914355.1814871417-2.1028031666533.0374062322
113.03715788835-0.1068414619080.1634154514511.96733141003-0.2890426790314.12839599529-0.07068555876480.674889793178-0.191586367485-0.4425269274440.113053190621-0.1473537902560.1687590479540.4649772509550.05328302478880.3024960261870.01327129477690.02757757809520.304417211176-0.05797667159460.17125407420249.7949940402-3.8878432834617.8143749237
122.57678905497-0.1888012436841.191145070253.70461547829-0.1756398310673.22725234321-0.131079236270.982946086154-0.376729463402-0.2940025718890.039615988852-0.9738239029770.571527686761.495450394540.5240201598490.3601106068430.1469792620050.1073001233130.575129479599-0.1850799296860.35929724309960.459608043-8.4042611186320.8910905733
131.002533670240.4028866167762.30631781143.30814232916-2.131203923078.39986660256-0.1019234953470.65316854309-0.6518570636010.03011478809160.22622260369-0.7470798955820.3606456279221.68065638181-0.05944017411670.6339928132920.3397655243850.08835917816880.861286266974-0.1924850576740.74752469964465.9018015073-16.428739782822.5758934972
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 4 through 27 )AA4 - 271 - 24
22chain 'A' and (resid 28 through 55 )AA28 - 5525 - 52
33chain 'A' and (resid 56 through 98 )AA56 - 9853 - 95
44chain 'A' and (resid 99 through 112 )AA99 - 11296 - 109
55chain 'A' and (resid 113 through 190 )AA113 - 190110 - 187
66chain 'A' and (resid 191 through 231 )AA191 - 231188 - 228
77chain 'A' and (resid 232 through 246 )AA232 - 246229 - 243
88chain 'B' and (resid 6 through 41 )BC6 - 411 - 36
99chain 'B' and (resid 42 through 55 )BC42 - 5537 - 50
1010chain 'B' and (resid 56 through 145 )BC56 - 14551 - 140
1111chain 'B' and (resid 146 through 213 )BC146 - 213141 - 208
1212chain 'B' and (resid 214 through 231 )BC214 - 231209 - 226
1313chain 'B' and (resid 232 through 248 )BC232 - 248227 - 243

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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