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万見
- PDB-8c4a: Structural and interactional insights into the glideosome-associa... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8c4a
タイトルStructural and interactional insights into the glideosome-associated connector from Toxoplasma gondii
要素Putative anonymous antigen-1
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN / glideosome-associated connector (GAC) / Toxoplasma gondii
機能・相同性
機能・相同性情報


Armadillo/plakoglobin ARM repeat profile. / Armadillo/beta-catenin-like repeats / Armadillo / Leucine-rich Repeat Variant / Leucine-rich Repeat Variant / Armadillo-like helical / Alpha Horseshoe / Armadillo-type fold / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Putative anonymous antigen-1
類似検索 - 構成要素
生物種Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.675 Å
データ登録者Kumar, A. / Morgan, R.M.L. / Matthews, S.J.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Imperial College London 英国
引用
ジャーナル: Elife / 年: 2023
タイトル: Structural and regulatory insights into the glideosome-associated connector from Toxoplasma gondii.
著者: Kumar, A. / Vadas, O. / Dos Santos Pacheco, N. / Zhang, X. / Chao, K. / Darvill, N. / Rasmussen, H.O. / Xu, Y. / Lin, G.M. / Stylianou, F.A. / Pedersen, J.S. / Rouse, S.L. / Morgan, M.L. / ...著者: Kumar, A. / Vadas, O. / Dos Santos Pacheco, N. / Zhang, X. / Chao, K. / Darvill, N. / Rasmussen, H.O. / Xu, Y. / Lin, G.M. / Stylianou, F.A. / Pedersen, J.S. / Rouse, S.L. / Morgan, M.L. / Soldati-Favre, D. / Matthews, S.
#1: ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structural and interactional insights into the glideosome-associated connector from Toxoplasma gondii
著者: Kumar, A. / Morgan, M.R. / Matthews, S.J.
履歴
登録2023年1月3日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年7月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年11月6日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / diffrn_source / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_validate_planes
Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_entry_details.has_protein_modification / _pdbx_validate_planes.type

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative anonymous antigen-1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)274,3761
ポリマ－274,3761
非ポリマー00
水2,018112
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area94340 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)119.078, 123.605, 221.508
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Putative anonymous antigen-1


分子量: 274375.750 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)
遺伝子: TGRH88_051880 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A7J6JYP1
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 112 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.97 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.62 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5 / 詳細: NA

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9795, 0.9796, 0.9722
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年10月21日
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.97951
20.97961
30.97221
反射解像度: 2.675→110.75 Å / Num. obs: 904519 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 9.9 % / CC1/2: 0.993 / Net I/σ(I): 14.1
反射 シェル解像度: 2.675→2.771 Å / Num. unique obs: 9144 / CC1/2: 0.681 / CC star: 0.9 / % possible all: 99.42

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SHELXv97.2位相決定
XDSv1データ削減
REFMACv5.0精密化
Cootv0.9モデル構築
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.675→110.75 Å / 交差検証法: THROUGHOUT
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2683 --RANDOM
Rwork0.2095 ---
obs-92922 100 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.675→110.75 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数18664 0 0 112 18776

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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