PDB-8c47: Leishmania ATP-actin monomer in complex with Leishmania profilin

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8c47

タイトル

Leishmania ATP-actin monomer in complex with Leishmania profilin

要素

Actin
Profilin

キーワード

STRUCTURAL PROTEIN / Actin / profilin / leishmania / cytoskeleton

機能・相同性

機能・相同性情報

kinetoplast / sequestering of actin monomers / actin monomer binding / cell cortex / endonuclease activity / cytoskeleton / chromatin remodeling / ATP binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Leishmania major (大形リーシュマニア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.2 Å

データ登録者

Kogan, K. / Kotila, T.

資金援助

フィンランド, 2件

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2024
タイトル: Leishmania profilin interacts with actin through an unusual structural mechanism to control cytoskeletal dynamics in parasites.
著者: Vizcaino-Castillo, A. / Kotila, T. / Kogan, K. / Yanase, R. / Como, J. / Antenucci, L. / Michelot, A. / Sunter, J.D. / Lappalainen, P.

履歴

登録	2023年1月2日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2024年3月6日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8c47.cif.gz	263.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8c47.ent.gz	175.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8c47.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8c47_validation.pdf.gz	765.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8c47_full_validation.pdf.gz	773.5 KB	表示
XML形式データ	8c47_validation.xml.gz	22.8 KB	表示
CIF形式データ	8c47_validation.cif.gz	32.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c4/8c47 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c4/8c47	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#19 - 2001年7月アクチン (Actin) 類似性 (15) #18 - 2001年6月ミオシン (Myosin) 類似性 (8) #241 - 2020年1月 20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules) 類似性 (3)

登録構造単位

B: Profilin

A: Actin

ヘテロ分子

58.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	171.297, 171.297, 43.694
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	80
Space group name H-M	I4₁
Space group name Hall	I4bw

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-660- HOH

-
タンパク質 , 2種, 2分子 BA

#1: タンパク質	Profilin 分子量: 16185.040 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Leishmania major (大形リーシュマニア) 遺伝子: LMJF_32_0520 / プラスミド: pPL1718 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q4Q5N1
#2: タンパク質	Actin 分子量: 41932.668 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Leishmania major (大形リーシュマニア) 遺伝子: ACT, LMJF_04_1230 / プラスミド: pPL1698 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: Q9U1E8

-
非ポリマー , 4種, 247分子

#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 化合物	ChemComp-ATP / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP 分子量: 507.181 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₆N₅O₁₃P₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: ATP, エネルギー貯蔵分子*YM
#5: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 243 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.76 Å³/Da / 溶媒含有率: 55.4 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: 0.1 M Bis-Tris pH 5.5, PEG4000 26% (w/v) and 0.2 M NaCl

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9762 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年2月17日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9762 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.2→33.59 Å / Num. obs: 32700 / % possible obs: 99.83 % / 冗長度: 7.7 % / B_iso Wilson estimate: 49.55 Å² / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.087 / R_pim(I) all: 0.034 / Net I/σ(I): 12.3
反射シェル	解像度: 2.2→2.27 Å / R_merge(I) obs: 1.234 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / Num. unique obs: 2799 / CC_1/2: 0.799 / R_pim(I) all: 0.472 / % possible all: 99.72

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.20.1_4487	精密化
XDS	BUILT 20191211	データ削減
Aimless	0.7.2	データスケーリング
MOLREP	ArpWarp web server V8.0	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.2→32.16 Å / SU ML: 0.2519 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 26.7991
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2264	1668	5.11 %	RANDOM
R_work	0.1932	30988	-	-
obs	0.1949	32656	99.89 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 63.46 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.2→32.16 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3949	0	44	243	4236

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0022	4103
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.4885	5567
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.046	606
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	717
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	5.8319	558

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.2-2.26	0.3289	135	0.2831	2560	X-RAY DIFFRACTION	99.74
2.26-2.34	0.3039	137	0.2608	2537	X-RAY DIFFRACTION	99.85
2.34-2.42	0.335	160	0.2799	2536	X-RAY DIFFRACTION	99.67
2.42-2.52	0.3258	138	0.2536	2546	X-RAY DIFFRACTION	99.85
2.52-2.63	0.3158	115	0.2461	2607	X-RAY DIFFRACTION	99.96
2.63-2.77	0.2857	154	0.2356	2532	X-RAY DIFFRACTION	99.89
2.77-2.95	0.2629	139	0.2451	2575	X-RAY DIFFRACTION	99.96
2.95-3.17	0.2593	135	0.2178	2576	X-RAY DIFFRACTION	99.96
3.17-3.49	0.2278	127	0.2057	2598	X-RAY DIFFRACTION	100
3.49-3.99	0.2071	145	0.1682	2603	X-RAY DIFFRACTION	100
4-5.03	0.1736	170	0.1511	2586	X-RAY DIFFRACTION	100
5.03-32.16	0.1964	113	0.1668	2732	X-RAY DIFFRACTION	99.89

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.81595168894	-0.314589988584	-0.651557438882	4.1682940251	0.783706556451	2.9758899739	0.096921055714	-0.16348690197	0.232130751093	0.415506516352	0.0166465400116	-0.0620582624765	-0.334958223997	-0.0638513135787	-0.106373621103	0.421003869878	0.0590474321532	0.0362229842082	0.301901299184	0.0584300121027	0.281830851637	-4.29334420032	24.3047980708	7.14626290162
2	4.17458432135	-1.17450908695	-0.227948228608	1.81475326372	0.0559403035562	1.34836536832	-0.15769647628	-0.195224999715	0.102221981799	0.243012341971	0.23197736827	-0.296518371515	-0.12658056368	0.297505166188	-0.0870413475279	0.323101204334	-0.0287916235151	-0.0210062569651	0.396819655004	-0.00374775420317	0.304351464283	23.7081274472	8.01117078986	-3.11551649348

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	(chain 'B' and resid 2 through 150)	B	A	2 - 150	3 - 151
2	2	(chain 'A' and resid 6 through 375)	A	C	6 - 375	1 - 358

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
タンパク質 , 2種, 2分子 BA

-
非ポリマー , 4種, 247分子

-
詳細

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-タンパク質 , 2種, 2分子 BA

-非ポリマー , 4種, 247分子

-詳細

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
タンパク質 , 2種, 2分子 BA

-
非ポリマー , 4種, 247分子

-
詳細

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)