PDB-8c46: N-Carbamoyl-beta-Alanine Amidohydrolases from Rhizobium radiobact...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8c46

タイトル

N-Carbamoyl-beta-Alanine Amidohydrolases from Rhizobium radiobacter MDC 8606

要素

N-carbamoyl-beta-alanine amidohydrolase

キーワード

HYDROLASE / Amidohydrolase / N-Carbamoyl-beta-Alanine / carbamoylase / Rhizobium radiobacter / N-carbamoyl amino acid

機能・相同性

機能・相同性情報

beta-ureidopropionase / hydrolase activity, acting on carbon-nitrogen (but not peptide) bonds, in linear amidines / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Agrobacterium tumefaciens (植物への病原性)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Basle, A. / Marles-Wright, J.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: Febs J. / 年: 2023
タイトル: Structural and biochemical characterisation of the N-carbamoyl-beta-alanine amidohydrolase from Rhizobium radiobacter MDC 8606.
著者: Paloyan, A. / Sargsyan, A. / Karapetyan, M.D. / Hambardzumyan, A. / Kocharov, S. / Panosyan, H. / Dyukova, K. / Kinosyan, M. / Krueger, A. / Piergentili, C. / Stanley, W.A. / Djoko, K.Y. / ...

履歴

登録	2023年1月2日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2023年9月6日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年12月20日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8c46.cif.gz	772.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8c46.ent.gz	491.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8c46.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8c46_validation.pdf.gz	2.8 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8c46_full_validation.pdf.gz	2.8 MB	表示
XML形式データ	8c46_validation.xml.gz	23.2 KB	表示
CIF形式データ	8c46_validation.cif.gz	34.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c4/8c46 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c4/8c46	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#110 - 2009年2月オーキシンとTIR1ユビキチンリガーゼ (Auxin and TIR1 Ubiquitin Ligase) 類似性 (5)

登録構造単位

A: N-carbamoyl-beta-alanine amidohydrolase

B: N-carbamoyl-beta-alanine amidohydrolase

ヘテロ分子

89 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	53.231, 104.622, 145.372
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	18
Space group name H-M	P22₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	A

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: LEU / Beg label comp-ID: LEU / End auth comp-ID: GLN / End label comp-ID: GLN / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A / Auth seq-ID: 7 - 415 / Label seq-ID: 1 - 409

Dom-ID
1
2

NCSアンサンブル: (詳細: Local NCS retraints between domains: 1 2)

#1: タンパク質	N-carbamoyl-beta-alanine amidohydrolase 分子量: 44176.980 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Agrobacterium tumefaciens (植物への病原性) 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A8F7I7M8
#2: 化合物	ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID / 2-モルホリノエタンスルホン酸分子量: 195.237 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₃NO₄S / コメント: pH緩衝剤*YM
#3: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 362 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.29 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.31 %
結晶化	温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 23 % (w/v) PEG1500 and 100 mM MMT pH 6.0

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.91188 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年12月15日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.91188 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2→84.92 Å / Num. obs: 55817 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 7 % / CC_1/2: 0.996 / Net I/σ(I): 7.1
反射シェル	解像度: 2→2.05 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / Num. unique obs: 4087 / CC_1/2: 0.786

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
xia2		データ削減
DIALS		データ削減
Aimless		データスケーリング
MoRDa		位相決定
MolProbity		モデル構築
BUCCANEER		モデル構築
Coot		モデル構築
BUSTER		精密化
REFMAC	5	精密化

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2→84.917 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.944 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.918 / SU B: 13.3 / SU ML: 0.185 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.232 / ESU R Free: 0.194 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2698	2802	5.035 %
R_work	0.2287	52849	-
all	0.231	-	-
obs	-	55651	99.801 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 29.238 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.14 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	-0.448 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.588 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2→84.917 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6196	0	28	362	6586

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.013	0.012	6358
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.003	0.016	5778
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.851	1.643	8622
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.706	1.561	13432
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.757	5	816
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	12.167	5	48
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.58	10	1012
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	16.663	10	280
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.093	0.2	958
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.011	0.02	7392
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.003	0.02	1248
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.199	0.2	1405
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.166	0.2	5936
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.167	0.2	3176
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.079	0.2	3595
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.187	0.2	390
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.04	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.221	0.2	33
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.192	0.2	104
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.1	0.2	10
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.855	1.755	3270
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.851	1.755	3270
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.652	2.625	4084
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.651	2.626	4085
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.512	1.98	3088
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.512	1.979	3086
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.483	2.882	4538
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	3.483	2.882	4539
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	5.012	25.88	7298
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	4.993	25.629	7235
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.087	0.05	13354

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.08713	0.05008
1	2	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.08713	0.05008

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
2-2.052	0.343	203	0.343	3864	0.343	4084	0.914	0.912	99.5837	0.303
2.052-2.108	0.334	210	0.317	3717	0.318	3937	0.924	0.929	99.746	0.279
2.108-2.169	0.307	170	0.289	3668	0.289	3852	0.932	0.943	99.6366	0.253
2.169-2.236	0.315	179	0.272	3551	0.274	3734	0.921	0.948	99.8929	0.233
2.236-2.309	0.305	190	0.264	3476	0.266	3676	0.936	0.953	99.728	0.23
2.309-2.39	0.338	189	0.235	3302	0.24	3496	0.924	0.964	99.857	0.2
2.39-2.48	0.27	178	0.243	3215	0.245	3402	0.948	0.964	99.7355	0.205
2.48-2.582	0.287	182	0.218	3088	0.222	3277	0.952	0.971	99.7864	0.183
2.582-2.696	0.313	152	0.226	2997	0.23	3151	0.933	0.969	99.9365	0.187
2.696-2.828	0.286	151	0.209	2868	0.213	3023	0.953	0.975	99.8677	0.177
2.828-2.98	0.269	111	0.221	2763	0.223	2878	0.95	0.971	99.861	0.189
2.98-3.161	0.252	139	0.196	2598	0.199	2740	0.966	0.978	99.8905	0.169
3.161-3.379	0.256	135	0.209	2430	0.211	2566	0.958	0.974	99.961	0.185
3.379-3.649	0.272	149	0.212	2243	0.216	2396	0.955	0.972	99.8331	0.194
3.649-3.997	0.239	118	0.208	2108	0.21	2229	0.959	0.973	99.8654	0.197
3.997-4.467	0.265	107	0.199	1914	0.202	2022	0.951	0.975	99.9505	0.194
4.467-5.156	0.219	87	0.205	1706	0.205	1796	0.966	0.973	99.833	0.204
5.156-6.309	0.23	72	0.221	1459	0.221	1534	0.97	0.971	99.8044	0.214
6.309-8.898	0.198	50	0.2	1187	0.2	1240	0.974	0.976	99.7581	0.2
8.898-84.917	0.187	30	0.219	696	0.217	730	0.972	0.971	99.4521	0.227

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.5243	0.8361	0.17	3.0731	0.7007	0.2725	-0.1261	0.1585	0.0183	-0.5222	0.1031	0.0686	-0.0711	-0.0115	0.023	0.1155	-0.0203	-0.0081	0.1215	0.0144	0.0056	-25.0047	88.7334	19.2828
2	0.3449	0.7654	-0.1116	2.5852	-0.4693	0.3352	-0.1133	0.1636	-0.081	-0.4065	0.1271	-0.1266	0.0229	0.0394	-0.0138	0.0843	-0.0215	0.018	0.1512	-0.049	0.0327	-1.5456	132.1358	19.1822

精密化 TLSグループ

Selection: ALL

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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