PDB-8c45: PglX methyltransferase from the Salmonella BREX phage defence sys...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8c45

タイトル

PglX methyltransferase from the Salmonella BREX phage defence system (aka BrxX)

要素

site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific)

キーワード

DNA BINDING PROTEIN / Phage defence

機能・相同性

機能・相同性情報

site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific) / site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific) activity / DNA modification / methylation / nucleic acid binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium str. D23580 (サルモネラ菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.5 Å

データ登録者

Blower, T.R. / Went, S.C.

資金援助

英国, 1件

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2024
タイトル: Structure and rational engineering of the PglX methyltransferase and specificity factor for BREX phage defence.
著者: Went, S.C. / Picton, D.M. / Morgan, R.D. / Nelson, A. / Brady, A. / Mariano, G. / Dryden, D.T.F. / Smith, D.L. / Wenner, N. / Hinton, J.C.D. / Blower, T.R.

履歴

登録	2023年1月1日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2024年7月10日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年9月4日	Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: citation / citation_author / struct Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _struct.title

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8c45.cif.gz	619.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8c45.ent.gz	403.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8c45.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8c45_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8c45_full_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示
XML形式データ	8c45_validation.xml.gz	94.5 KB	表示
CIF形式データ	8c45_validation.cif.gz	120.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c4/8c45 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c4/8c45	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#139 - 2011年7月 DNAメチルトランスフェラーゼ (DNA Methyltransferase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific)

B: site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific)

ヘテロ分子

284 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific)

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration, Monomer in solution, as shown by SEC and mass photometry. 2 copies in ASU
142 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific)

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
142 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	138.539, 138.539, 407.956
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	92
Space group name H-M	P4₁2₁2
Space group name Hall	P4abw2nw
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -y+1/2,x+1/2,z+1/4 #3: y+1/2,-x+1/2,z+3/4 #4: x+1/2,-y+1/2,-z+3/4 #5: -x+1/2,y+1/2,-z+1/4 #6: -x,-y,z+1/2 #7: y,x,-z #8: -y,-x,-z+1/2

#1: タンパク質	site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific) 分子量: 141507.359 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium str. D23580 (サルモネラ菌) 遺伝子: STMMW_44401 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) 参照: UniProt: A0A6C7IK61, site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific)
#2: 化合物	ChemComp-SAM / S-ADENOSYLMETHIONINE 分子量: 398.437 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₅H₂₂N₆O₅S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.46 Å³/Da / 溶媒含有率: 64.43 %
結晶化	温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 15% PEG 3000 MME 0.1 M Tris pH 7.5 0.1 M Magnesium chloride

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9795 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 S 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年5月25日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.4→70.65 Å / Num. obs: 55797 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 1.9 % / B_iso Wilson estimate: 159.62 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.047 / R_rim(I) all: 0.067 / Net I/σ(I): 8
反射シェル	解像度: 3.4→3.5 Å / 冗長度: 1.9 % / R_merge(I) obs: 1.515 / Num. unique obs: 4461 / CC_1/2: 0.214 / R_rim(I) all: 2.142 / % possible all: 99.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.18.2_3874	精密化
PHENIX	1.18.2_3874	精密化
xia2.multiplex		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 3.5→61.72 Å / SU ML: 0.5724 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 34.6045
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2805	4289	5.13 %
R_work	0.2653	79310	-
obs	0.2661	55797	87.42 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 168.05 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.5→61.72 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	19794	0	54	0	19848

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0046	20288
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.9115	27451
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0509	2966
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0061	3551
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	24.6908	7564

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
3.5-3.54	0.4427	25	0.4413	360	X-RAY DIFFRACTION	12.23
3.54-3.58	0.4882	20	0.4513	342	X-RAY DIFFRACTION	11.46
3.58-3.63	0.4767	20	0.4402	424	X-RAY DIFFRACTION	14.1
3.63-3.67	0.4402	89	0.415	1936	X-RAY DIFFRACTION	64.02
3.67-3.72	0.4385	129	0.3968	1785	X-RAY DIFFRACTION	60.65
3.72-3.77	0.3835	120	0.3781	2036	X-RAY DIFFRACTION	66.38
3.77-3.82	0.3331	132	0.3776	3038	X-RAY DIFFRACTION	99.69
3.82-3.88	0.3763	141	0.3746	3031	X-RAY DIFFRACTION	100
3.88-3.94	0.3561	152	0.3451	3037	X-RAY DIFFRACTION	100
3.94-4.01	0.3168	162	0.338	3002	X-RAY DIFFRACTION	100
4.01-4.08	0.3436	155	0.3194	3101	X-RAY DIFFRACTION	100
4.08-4.15	0.3222	150	0.3186	2953	X-RAY DIFFRACTION	100
4.15-4.23	0.2941	187	0.3	3046	X-RAY DIFFRACTION	99.94
4.23-4.32	0.3264	149	0.3113	3045	X-RAY DIFFRACTION	100
4.32-4.41	0.3144	186	0.3012	2957	X-RAY DIFFRACTION	100
4.41-4.51	0.3194	148	0.2983	3035	X-RAY DIFFRACTION	100
4.51-4.62	0.2987	167	0.298	3075	X-RAY DIFFRACTION	100
4.62-4.75	0.3	165	0.284	2994	X-RAY DIFFRACTION	100
4.75-4.89	0.3689	200	0.288	2973	X-RAY DIFFRACTION	100
4.89-5.05	0.2758	154	0.2827	3045	X-RAY DIFFRACTION	100
5.05-5.23	0.3208	166	0.2845	3008	X-RAY DIFFRACTION	100
5.23-5.44	0.3385	174	0.2863	3029	X-RAY DIFFRACTION	100
5.44-5.68	0.3151	171	0.2901	2994	X-RAY DIFFRACTION	100
5.68-5.98	0.3204	140	0.2863	3067	X-RAY DIFFRACTION	100
5.98-6.36	0.3386	174	0.2811	3003	X-RAY DIFFRACTION	100
6.36-6.85	0.3003	167	0.2749	3037	X-RAY DIFFRACTION	100
6.85-7.54	0.2841	171	0.2593	3029	X-RAY DIFFRACTION	100
7.54-8.62	0.2289	162	0.229	3021	X-RAY DIFFRACTION	100
8.62-10.86	0.1751	178	0.1751	2991	X-RAY DIFFRACTION	99.78
10.86-61.72	0.2083	135	0.2117	2916	X-RAY DIFFRACTION	95.55

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)