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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8c44 | |||||||||
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タイトル | HB3VAR03 apo headstructure (PfEMP1 A) complexed with EPCR | |||||||||
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![]() | CELL ADHESION / Plasmodium falciparum / Cerebral Malaria / PfEMP1 / EPCR | |||||||||
機能・相同性 | ![]() negative regulation of coagulation / Common Pathway of Fibrin Clot Formation / Cell surface interactions at the vascular wall / blood coagulation / signaling receptor activity / host cell surface receptor binding / focal adhesion / centrosome / perinuclear region of cytoplasm / cell surface ...negative regulation of coagulation / Common Pathway of Fibrin Clot Formation / Cell surface interactions at the vascular wall / blood coagulation / signaling receptor activity / host cell surface receptor binding / focal adhesion / centrosome / perinuclear region of cytoplasm / cell surface / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / membrane / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.2 Å | |||||||||
![]() | Raghavan, S.S.R. / Lavstsen, T. / Wang, K.T. | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Endothelial protein C receptor binding induces conformational changes to severe malaria-associated group A PfEMP1. 著者: Sai Sundar Rajan Raghavan / Louise Turner / Rasmus W Jensen / Nicolai Tidemand Johansen / Daniel Skjold Jensen / Pontus Gourdon / Jinqiu Zhang / Yong Wang / Thor Grundtvig Theander / Kaituo ...著者: Sai Sundar Rajan Raghavan / Louise Turner / Rasmus W Jensen / Nicolai Tidemand Johansen / Daniel Skjold Jensen / Pontus Gourdon / Jinqiu Zhang / Yong Wang / Thor Grundtvig Theander / Kaituo Wang / Thomas Lavstsen / ![]() ![]() 要旨: Severe Plasmodium falciparum malaria infections are caused by microvascular sequestration of parasites binding to the human endothelial protein C receptor (EPCR) via the multi-domain P. falciparum ...Severe Plasmodium falciparum malaria infections are caused by microvascular sequestration of parasites binding to the human endothelial protein C receptor (EPCR) via the multi-domain P. falciparum erythrocyte membrane protein 1 (PfEMP1) adhesion ligands. Using cryogenic electron microscopy (Cryo-EM) and PfEMP1 sequence diversity analysis, we found that group A PfEMP1 CIDRα1 domains interact with the adjacent DBLα1 domain through central, conserved residues of the EPCR-binding site to adopt a compact conformation. Upon EPCR binding, the DBLα1 domain is displaced, and the EPCR-binding helix of CIDRα1 is turned, kinked, and twisted to reach a rearranged, stable EPCR-bound conformation. The unbound conformation and the required transition to the EPCR-bound conformation may represent a conformational masking mechanism of immune evasion for the PfEMP1 family. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 161 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 114 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.1 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 41.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 59.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 16416MC ![]() 8c3yC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 145158.766 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: PFHG_05052 発現宿主: ![]() 参照: UniProt: A0A0L7KL67 |
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#2: タンパク質 | 分子量: 19471.928 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() 発現宿主: ![]() 参照: UniProt: Q9UNN8 |
#3: 化合物 | ChemComp-PTY / |
#4: 糖 | ChemComp-NAG / |
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
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試料調製
構成要素 | 名称: Multidomain PFEMP1 A complexed with EPCR / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT |
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分子量 | 値: 0.175 MDa / 実験値: YES |
由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
由来(組換発現) | 生物種: ![]() |
緩衝液 | pH: 7.5 |
試料 | 濃度: 0.7 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 3000 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1200 nm |
撮影 | 電子線照射量: 40 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k) |
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解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.18.2_3874: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||
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EMソフトウェア | 名称: cryoSPARC / バージョン: 3.3 / カテゴリ: 画像取得 | ||||||||||||||||||||||||
CTF補正 | タイプ: NONE | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 505000 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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