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万見
- PDB-8c3y: HB3VAR03 apo headstructure (PfEMP1 A) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8c3y
タイトルHB3VAR03 apo headstructure (PfEMP1 A)
要素PfEMP1
キーワードCELL ADHESION / Plasmodium falciparum / Cerebral Malaria / PfEMP1 / EPCR
機能・相同性
機能・相同性情報


host cell surface receptor binding / membrane
類似検索 - 分子機能
: / PfEMP1 protein, CIDRalpha1 domain / Plasmodium falciparum erythrocyte membrane protein-1, N-terminal segment / N-terminal segments of PfEMP1 / : / Cysteine-rich interdomain region 1 gamma / Cysteine-Rich Interdomain Region 1 gamma / Duffy-binding-like domain, C-terminal subdomain / Duffy-binding-like domain / PFEMP1 DBL domain ...: / PfEMP1 protein, CIDRalpha1 domain / Plasmodium falciparum erythrocyte membrane protein-1, N-terminal segment / N-terminal segments of PfEMP1 / : / Cysteine-rich interdomain region 1 gamma / Cysteine-Rich Interdomain Region 1 gamma / Duffy-binding-like domain, C-terminal subdomain / Duffy-binding-like domain / PFEMP1 DBL domain / Duffy-antigen binding / Duffy-antigen binding superfamily / Duffy binding domain
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Plasmodium falciparum HB3 (マラリア病原虫)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.8 Å
データ登録者Raghavan, S.S.R. / Lavstsen, T. / Wang, K.T.
資金援助 デンマーク, 2件
組織認可番号国
Danish Council for Independent Research9039-00285A デンマーク
LundbeckfondenR344-2020-934 デンマーク
引用ジャーナル: Structure / 年: 2023
タイトル: Endothelial protein C receptor binding induces conformational changes to severe malaria-associated group A PfEMP1.
著者: Sai Sundar Rajan Raghavan / Louise Turner / Rasmus W Jensen / Nicolai Tidemand Johansen / Daniel Skjold Jensen / Pontus Gourdon / Jinqiu Zhang / Yong Wang / Thor Grundtvig Theander / Kaituo ...著者: Sai Sundar Rajan Raghavan / Louise Turner / Rasmus W Jensen / Nicolai Tidemand Johansen / Daniel Skjold Jensen / Pontus Gourdon / Jinqiu Zhang / Yong Wang / Thor Grundtvig Theander / Kaituo Wang / Thomas Lavstsen /
要旨: Severe Plasmodium falciparum malaria infections are caused by microvascular sequestration of parasites binding to the human endothelial protein C receptor (EPCR) via the multi-domain P. falciparum ...Severe Plasmodium falciparum malaria infections are caused by microvascular sequestration of parasites binding to the human endothelial protein C receptor (EPCR) via the multi-domain P. falciparum erythrocyte membrane protein 1 (PfEMP1) adhesion ligands. Using cryogenic electron microscopy (Cryo-EM) and PfEMP1 sequence diversity analysis, we found that group A PfEMP1 CIDRα1 domains interact with the adjacent DBLα1 domain through central, conserved residues of the EPCR-binding site to adopt a compact conformation. Upon EPCR binding, the DBLα1 domain is displaced, and the EPCR-binding helix of CIDRα1 is turned, kinked, and twisted to reach a rearranged, stable EPCR-bound conformation. The unbound conformation and the required transition to the EPCR-bound conformation may represent a conformational masking mechanism of immune evasion for the PfEMP1 family.
履歴
登録2022年12月29日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年8月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02023年8月2日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02023年8月2日Data content type: FSC / Data content type: FSC / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02023年8月2日Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02023年8月2日Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02023年8月2日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02023年8月2日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
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改定 1.02023年8月2日Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
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改定 1.02023年8月2日Data content type: FSC / Data content type: FSC / Provider: repository / タイプ: Initial release
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改定 1.02023年8月2日Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02023年8月2日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02023年8月2日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年12月27日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年10月9日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: em_admin / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _em_admin.last_update
改定 1.32025年7月9日Group: Data collection / カテゴリ: em_admin / em_software / Item: _em_admin.last_update / _em_software.name
改定 1.12025年7月9日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / EM metadata / Group: Data processing / Experimental summary / Data content type: EM metadata / EM metadata / カテゴリ: em_admin / em_software / Data content type: EM metadata / EM metadata / Item: _em_admin.last_update / _em_software.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PfEMP1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)145,1291
ポリマ－145,1291
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area50380 Å2
手法PISA

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要素

#1: タンパク質 PfEMP1


分子量: 145128.734 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Plasmodium falciparum HB3 (マラリア病原虫)
遺伝子: PFHG_05052 / 細胞株 (発現宿主): Sf9
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: A0A0L7KL67
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Multidomain architecture of PfEMP1 A / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
分子量値: 0.145 MDa / 実験値: YES
由来(天然)生物種: Plasmodium falciparum HB3 (マラリア病原虫)
由来(組換発現)生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
緩衝液pH: 7.5
試料濃度: 0.5 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: OTHER
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 3000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1200 nm
撮影電子線照射量: 48 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.19.2_4158: / 分類: 精密化
EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
2cryoSPARC3.3画像取得
8PHENIXモデル精密化
CTF補正タイプ: NONE
3次元再構成解像度: 3.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 750035 / 対称性のタイプ: POINT
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.0118184
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.9111007
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d14.6683092
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0551130
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0071430

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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