PDB-8c3q: Crystal structure of DYRK1A in complex with rutin

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8c3q

タイトル

Crystal structure of DYRK1A in complex with rutin

要素

Dual specificity tyrosine-phosphorylation-regulated kinase 1A

キーワード

TRANSFERASE / Kinase / diabetes / kinase inhibitor

機能・相同性

機能・相同性情報

negative regulation of heterochromatin formation / peptidyl-serine autophosphorylation / dual-specificity kinase / [RNA-polymerase]-subunit kinase / tau-protein kinase activity / negative regulation of microtubule polymerization / negative regulation of DNA damage response, signal transduction by p53 class mediator / amyloid-beta formation / negative regulation of mRNA splicing, via spliceosome / G0 and Early G1 ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.32 Å

データ登録者

Grygier, P. / Pustelny, K. / Dubin, G. / Czarna, A.

資金援助

ポーランド, 2件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of DYRK1A in complex with rutin
著者: Grygier, P. / Pustelny, K. / Dubin, G. / Czarna, A.

履歴

登録	2022年12月28日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2024年1月10日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年11月6日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8c3q.cif.gz	295 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8c3q.ent.gz	237.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8c3q.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c3/8c3q ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c3/8c3q	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6eisS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#236 - 2019年8月サイクリンとサイクリン依存性キナーゼ (Cyclin and Cyclin-dependent Kinase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Dual specificity tyrosine-phosphorylation-regulated kinase 1A

B: Dual specificity tyrosine-phosphorylation-regulated kinase 1A

ヘテロ分子

87.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Dual specificity tyrosine-phosphorylation-regulated kinase 1A

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
43.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Dual specificity tyrosine-phosphorylation-regulated kinase 1A

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
43.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	134.187, 134.187, 91.150
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	173
Space group name H-M	P6₃

#1: タンパク質	Dual specificity tyrosine-phosphorylation-regulated kinase 1A / Dual specificity YAK1-related kinase / HP86 / Protein kinase minibrain homolog / MNBH / hMNB 分子量: 43180.574 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: DYRK1A, DYRK, MNB, MNBH / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q13627, dual-specificity kinase
#2: 化合物	ChemComp-RUT / RUTIN / 2-(3,4-DIHYDROXYPHENYL)-5,7-DIHYDROXY-4-OXO-4H-CHROMEN-3-YL 6-O-(6-DEOXY-ALPHA-L-MANNOPYRANOSYL)-BETA-D-GLUCOPYRANOSIDE / ルチン分子量: 610.517 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₇H₃₀O₁₆ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 190 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.74 Å³/Da / 溶媒含有率: 55.16 %
結晶化	温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.1 M Bis-Tris pH 5.5, 0.2 M ammonium acetate, 25% PEG3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, DESY / ビームライン: P11 / 波長: 1.0332 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年4月14日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.0332 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.32→49 Å / Num. obs: 40460 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 7.3 % / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.108 / R_pim(I) all: 0.042 / R_rim(I) all: 0.116 / Χ²: 1.02 / Net I/σ(I): 12.4 / Num. measured all: 296199
反射シェル	解像度: 2.32→2.4 Å / % possible obs: 100 % / 冗長度: 7.6 % / R_merge(I) obs: 1.618 / Num. measured all: 29984 / Num. unique obs: 3951 / CC_1/2: 0.487 / R_pim(I) all: 0.624 / R_rim(I) all: 1.736 / Χ²: 1.07 / Net I/σ(I) obs: 1.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
Aimless		データスケーリング
PHENIX	1.20.1	精密化
XDS		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6EIS

6eis

解像度: 2.32→49 Å / SU ML: 0.3 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 24.22 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.21	2006	4.96 %
R_work	0.1769	-	-
obs	0.1785	40432	99.89 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.32→49 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5465	0	86	190	5741

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	5696
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.89	7730
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.556	2118
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.055	842
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	1028

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.32-2.38	0.3214	146	0.2975	2706	X-RAY DIFFRACTION	100
2.38-2.44	0.3264	148	0.2678	2724	X-RAY DIFFRACTION	100
2.44-2.51	0.2737	155	0.2516	2697	X-RAY DIFFRACTION	100
2.51-2.6	0.2492	151	0.2392	2737	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6-2.69	0.2798	137	0.2206	2756	X-RAY DIFFRACTION	100
2.69-2.8	0.2646	127	0.2251	2775	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8-2.92	0.2785	155	0.2191	2703	X-RAY DIFFRACTION	100
2.92-3.08	0.2617	164	0.219	2724	X-RAY DIFFRACTION	100
3.08-3.27	0.2627	129	0.1904	2752	X-RAY DIFFRACTION	100
3.27-3.52	0.2064	120	0.1847	2796	X-RAY DIFFRACTION	100
3.52-3.88	0.2144	101	0.1564	2765	X-RAY DIFFRACTION	100
3.88-4.44	0.1658	162	0.1383	2746	X-RAY DIFFRACTION	100
4.44-5.59	0.1756	168	0.1433	2752	X-RAY DIFFRACTION	100
5.59-49	0.1629	143	0.1534	2793	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.6075	0.8571	-0.575	3.9562	-1.1681	4.8796	0.2154	-0.1395	-0.4401	0.3546	-0.0569	0.1067	0.0415	-0.2106	-0.1276	0.3254	-0.0098	-0.0487	0.2534	0.005	0.4073	-28.3189	-6.8384	25.5114
2	3.8478	1.5296	-0.4417	5.2619	-0.8418	2.4584	0.1554	0.1314	-0.1183	0.2539	-0.0825	-0.1243	-0.0069	0.0284	-0.0777	0.2664	0.0419	0.0021	0.3473	0.0205	0.1994	-20.1989	9.4137	16.7506
3	2.4608	1.0284	0.1801	3.1808	-0.3489	1.9544	0.0273	0.567	0.7184	-0.1886	0.0459	0.5964	-0.1405	-0.1504	0.0177	0.2972	0.0633	0.0114	0.4704	0.1465	0.436	-26.1126	24.7782	10.3158
4	8.065	0.3829	-1.16	6.8538	-3.9863	8.3968	-0.0595	0.7417	-0.4553	-1.2978	0.6934	1.1683	0.8091	-1.7617	-0.5672	0.7133	0.0189	-0.1503	0.8379	0.0847	0.6569	-55.7892	58.1581	15.4631
5	3.2546	0.1927	-0.6709	5.7922	-1.4879	3.8105	0.0955	0.149	0.0856	-0.4626	0.0056	-0.0417	-0.2126	-0.2935	-0.1673	0.6539	0.1557	-0.0074	0.3924	0.0388	0.4713	-45.9398	60.6796	19.7468
6	3.3207	-0.7277	-0.0918	4.727	-1.2776	3.6504	-0.2461	-0.2064	0.308	0.3676	0.3316	0.141	-0.4399	-0.4623	-0.144	0.724	0.185	0.0581	0.3912	0.0361	0.5026	-45.608	59.5565	30.953
7	3.9137	-0.6278	-0.0194	3.9211	-0.196	3.2757	0.0292	-0.0391	-0.0297	0.1456	-0.0801	-0.5988	-0.4757	0.2048	-0.0068	0.6567	0.1031	0.014	0.3198	0.0485	0.5016	-28.7104	51.1583	31.4671
8	3.6289	-1.4329	1.7877	2.1655	1.0079	3.5992	0.0635	-0.3962	-0.2812	0.5274	-0.2799	0.522	0.1531	-0.9872	0.0379	0.7854	0.1388	0.1697	0.5348	0.0479	0.5767	-43.246	49.4781	37.4371
9	1.7175	1.0328	-0.0201	4.8952	-0.5994	1.6774	0.1152	-0.3456	-0.3423	0.6064	-0.1782	-0.3104	-0.1893	-0.0862	0.0764	0.5622	0.1305	-0.0412	0.4136	0.1047	0.4855	-34.331	32.553	38.0276
10	2.7947	1.2319	-2.2124	1.1951	-0.4965	3.1164	0.0116	-0.1626	-0.3018	0.4961	-0.1268	-0.8085	0.2084	0.0801	0.1223	0.6904	0.1727	-0.1	0.4449	0.113	0.8989	-23.3763	25.8398	33.2268
11	2.5485	-0.8301	-0.0239	4.7743	0.5166	3.022	-0.0322	-0.4288	0.0623	0.5808	0.1657	-1.1518	-0.4066	0.5216	-0.1019	0.7468	0.0586	-0.1888	0.4948	0.0115	0.7044	-19.94	43.671	40.8727

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 134 through 239 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 240 through 320 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 322 through 480 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid 136 through 158 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 159 through 193 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 194 through 244 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 245 through 302 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 303 through 320 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 322 through 402 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 403 through 436 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 437 through 480 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

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