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万見
- PDB-8c3i: Dark state of PAS-GAF fragment from Deinococcus radiodurans phyto... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8c3i
タイトルDark state of PAS-GAF fragment from Deinococcus radiodurans phytochrome
要素Bacteriophytochrome
キーワードTRANSFERASE / Photoactive protein / bilin / Serial crystallography
機能・相同性
機能・相同性情報


osmosensory signaling via phosphorelay pathway / detection of visible light / phosphorelay response regulator activity / protein kinase activator activity / histidine kinase / phosphorelay sensor kinase activity / photoreceptor activity / regulation of DNA-templated transcription / ATP binding / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
: / Phytochrome, PHY domain superfamily / PAS fold-2 / PAS fold / Phytochrome, central region / Phytochrome region / Phytochrome chromophore attachment domain / Phytochrome chromophore attachment site domain profile. / Signal transduction histidine kinase, dimerisation/phosphoacceptor domain superfamily / Signal transduction histidine kinase-related protein, C-terminal ...: / Phytochrome, PHY domain superfamily / PAS fold-2 / PAS fold / Phytochrome, central region / Phytochrome region / Phytochrome chromophore attachment domain / Phytochrome chromophore attachment site domain profile. / Signal transduction histidine kinase, dimerisation/phosphoacceptor domain superfamily / Signal transduction histidine kinase-related protein, C-terminal / Histidine kinase domain / Histidine kinase domain profile. / GAF domain / Domain present in phytochromes and cGMP-specific phosphodiesterases. / GAF domain / GAF-like domain superfamily / Histidine kinase-, DNA gyrase B-, and HSP90-like ATPase / Histidine kinase-like ATPases / PAS domain superfamily / Histidine kinase/HSP90-like ATPase / Histidine kinase/HSP90-like ATPase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-LBV / Bacteriophytochrome
類似検索 - 構成要素
生物種Deinococcus radiodurans (放射線耐性)
手法X線回折 / 自由電子レーザー / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Madan Kumar, S. / Sebastian, W.
資金援助European Union, 日本, フィンランド, 3件
組織認可番号国
European Research Council (ERC)279944European Union
Japan Agency for Medical Research and Development (AMED) 日本
Academy of Finland285461 フィンランド
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Dark state of PAS-GAF fragment from Deinococcus radiodurans phytochrome
著者: Madan Kumar, S. / Sebastian, W.
履歴
登録2022年12月24日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年1月10日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: Bacteriophytochrome
A: Bacteriophytochrome
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)75,6304
ポリマ－74,4592
非ポリマー1,1712
水3,693205
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)54.950, 116.500, 117.700
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Bacteriophytochrome / Phytochrome-like protein


分子量: 37229.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Bacterophytochrome
由来: (組換発現) Deinococcus radiodurans (放射線耐性)
遺伝子: bphP, DR_A0050 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9RZA4, histidine kinase
#2: 化合物 ChemComp-LBV / 3-[2-[(Z)-[3-(2-carboxyethyl)-5-[(Z)-(4-ethenyl-3-methyl-5-oxidanylidene-pyrrol-2-ylidene)methyl]-4-methyl-pyrrol-1-ium -2-ylidene]methyl]-5-[(Z)-[(3E)-3-ethylidene-4-methyl-5-oxidanylidene-pyrrolidin-2-ylidene]methyl]-4-methyl-1H-pyrrol-3- yl]propanoic acid / 2(R),3(E)- PHYTOCHROMOBILIN


分子量: 585.670 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C33H37N4O6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 205 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.45 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.55 %
結晶化温度: 298 K / 手法: batch mode / pH: 4.95
詳細: 60 mM Sodium Acetate, 3.3% PEG400, 1 mM DTT, 30% 2-methyl-2,4-pentanediol

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データ収集

回折平均測定温度: 298 K / Serial crystal experiment: Y
放射光源由来: 自由電子レーザー / サイト: SACLA / ビームライン: BL3 / 波長: 1.7712 Å
検出器タイプ: MPCCD / 検出器: CCD / 日付: 2021年6月24日
放射モノクロメーター: M / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.7712 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→33.07 Å / Num. obs: 50086 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 18 % / CC1/2: 0.98 / CC star: 0.99 / R split: 0.1 / Net I/σ(I): 10
反射 シェル解像度: 2.1→10.3 Å / Num. unique obs: 1821 / CC1/2: 0.61 / CC star: 0.87 / % possible all: 100
Serial crystallography sample delivery手法: injection
Serial crystallography sample delivery injection解説: grease jet

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.20.1_4487: ???)精密化
CrystFELデータ削減
CrystFELデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6T3L

6t3l


解像度: 2.1→33.07 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.5 / 位相誤差: 17.43 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1962 2191 5.02 %
Rwork0.1609 --
obs0.1626 43639 97.16 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→33.07 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4794 0 86 205 5085
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0085122
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0847038
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.0061877
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.064795
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.009927
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.1-2.150.27011390.25192322X-RAY DIFFRACTION89
2.15-2.20.26241360.20152408X-RAY DIFFRACTION92
2.2-2.250.23421040.18342492X-RAY DIFFRACTION95
2.25-2.310.20151310.18372557X-RAY DIFFRACTION96
2.31-2.380.2671410.19262552X-RAY DIFFRACTION97
2.38-2.460.24091150.18672554X-RAY DIFFRACTION97
2.46-2.540.20531370.18272585X-RAY DIFFRACTION98
2.54-2.650.21791200.17152610X-RAY DIFFRACTION98
2.65-2.770.22841610.17552594X-RAY DIFFRACTION99
2.77-2.910.22391490.18622603X-RAY DIFFRACTION99
2.91-3.090.22811610.17012597X-RAY DIFFRACTION99
3.09-3.330.21521610.16432635X-RAY DIFFRACTION99
3.33-3.670.16041410.15072668X-RAY DIFFRACTION99
3.67-4.20.15811440.13262672X-RAY DIFFRACTION99
4.2-5.280.15131200.13112736X-RAY DIFFRACTION100
5.29-33.070.18361310.15962863X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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