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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8c30 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of 14-3-3 in complex with PyrinpS242 and a protein/peptide interface fragment | ||||||
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![]() | PROTEIN BINDING / protein-peptide interaction / phosphorylation reader protein / immunology / scaffolding / intrinsic disorder motif | ||||||
機能・相同性 | ![]() pyroptosome complex assembly / negative regulation of macrophage inflammatory protein 1 alpha production / regulation of interleukin-1 beta production / canonical inflammasome complex / negative regulation of NLRP3 inflammasome complex assembly / negative regulation of interleukin-12 production / positive regulation of cysteine-type endopeptidase activity / pattern recognition receptor signaling pathway / microtubule associated complex / negative regulation of interleukin-1 beta production ...pyroptosome complex assembly / negative regulation of macrophage inflammatory protein 1 alpha production / regulation of interleukin-1 beta production / canonical inflammasome complex / negative regulation of NLRP3 inflammasome complex assembly / negative regulation of interleukin-12 production / positive regulation of cysteine-type endopeptidase activity / pattern recognition receptor signaling pathway / microtubule associated complex / negative regulation of interleukin-1 beta production / regulation of epidermal cell division / protein kinase C inhibitor activity / positive regulation of epidermal cell differentiation / keratinocyte development / keratinization / pyroptotic inflammatory response / response to type II interferon / The NLRP3 inflammasome / Regulation of localization of FOXO transcription factors / keratinocyte proliferation / phosphoserine residue binding / Activation of BAD and translocation to mitochondria / negative regulation of cytokine production involved in inflammatory response / autophagosome / negative regulation of keratinocyte proliferation / establishment of skin barrier / SARS-CoV-2 targets host intracellular signalling and regulatory pathways / positive regulation of autophagy / Chk1/Chk2(Cds1) mediated inactivation of Cyclin B:Cdk1 complex / Purinergic signaling in leishmaniasis infection / SARS-CoV-1 targets host intracellular signalling and regulatory pathways / negative regulation of stem cell proliferation / RHO GTPases activate PKNs / ruffle / protein kinase A signaling / protein sequestering activity / negative regulation of innate immune response / protein export from nucleus / TP53 Regulates Transcription of Genes Involved in G2 Cell Cycle Arrest / positive regulation of protein export from nucleus / release of cytochrome c from mitochondria / positive regulation of interleukin-1 beta production / stem cell proliferation / Translocation of SLC2A4 (GLUT4) to the plasma membrane / TP53 Regulates Metabolic Genes / negative regulation of protein kinase activity / negative regulation of cysteine-type endopeptidase activity involved in apoptotic process / negative regulation of inflammatory response / positive regulation of inflammatory response / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage / ubiquitin protein ligase activity / lamellipodium / actin binding / cytoplasmic vesicle / positive regulation of cell growth / regulation of gene expression / microtubule / regulation of cell cycle / protein ubiquitination / cadherin binding / inflammatory response / innate immune response / protein kinase binding / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / signal transduction / extracellular space / zinc ion binding / extracellular exosome / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Lau, R. / Ottmann, C. | ||||||
資金援助 | 1件
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![]() | ![]() タイトル: 14-3-3/Pyrin complex 著者: Ottmann, C. / Lau, R. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 74.8 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 表示 | ![]() | |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 520.8 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 524.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 14.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 20.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 8c28C ![]() 8c2yC C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
-タンパク質 / タンパク質・ペプチド , 2種, 2分子 AAAPPP
#1: タンパク質 | 分子量: 26558.914 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() |
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#2: タンパク質・ペプチド | 分子量: 1499.692 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) ![]() |
-非ポリマー , 5種, 214分子 ![](data/chem/img/463.gif)
![](data/chem/img/PE5.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/CA.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/PE5.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/CA.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#3: 化合物 | ChemComp-463 / |
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#4: 化合物 | ChemComp-PE5 / |
#5: 化合物 | ChemComp-MG / |
#6: 化合物 | ChemComp-CA / |
#7: 水 | ChemComp-HOH / |
-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.56 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.95 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 詳細: 0.19 M CaCl 2 , 5% glycerol, 26% PEG 400, 0.095 M HEPES, pH 7.5 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年6月9日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.033215 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.4→62.48 Å / Num. obs: 55917 / % possible obs: 98.1 % / 冗長度: 6.4 % / CC1/2: 0.998 / Net I/σ(I): 20.5 |
反射 シェル | 解像度: 1.4→1.44 Å / Num. unique obs: 3331 / CC1/2: 0.948 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: in house 解像度: 1.4→45.488 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.962 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.952 / WRfactor Rfree: 0.213 / WRfactor Rwork: 0.187 / SU B: 0.808 / SU ML: 0.033 / Average fsc free: 0.9473 / Average fsc work: 0.9548 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.058 / ESU R Free: 0.06 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 16.007 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.4→45.488 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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