PDB-8c2o: Structure of E. coli AmiA

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8c2o

タイトル

Structure of E. coli AmiA

要素

N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase AmiA

キーワード

HYDROLASE / Monomer / Autoinhibited

機能・相同性

機能・相同性情報

N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase / N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase activity / peptidoglycan catabolic process / cell wall organization / outer membrane-bounded periplasmic space / periplasmic space / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.35 Å

データ登録者

Baverstock, T.C. / Crow, A.

資金援助

英国, 1件

引用

ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2023
タイトル: Activator-induced conformational changes regulate division-associated peptidoglycan amidases.
著者: Cook, J. / Baverstock, T.C. / McAndrew, M.B.L. / Roper, D.I. / Stansfeld, P.J. / Crow, A.

履歴

登録	2022年12月22日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2023年6月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年6月19日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / struct_ncs_dom_lim Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8c2o.cif.gz	107.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8c2o.ent.gz	77.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8c2o.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8c2o_validation.pdf.gz	1.2 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8c2o_full_validation.pdf.gz	1.2 MB	表示
XML形式データ	8c2o_validation.xml.gz	17.7 KB	表示
CIF形式データ	8c2o_validation.cif.gz	24.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c2/8c2o ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c2/8c2o	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8c0jC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#220 - 2018年4月脱ハロゲン酵素 (Dehalogenases) 類似性 (2) #111 - 2009年3月ヒドロゲナーゼ (Hydrogenase) 類似性 (2)

登録構造単位

A: N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase AmiA

B: N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase AmiA

ヘテロ分子

58.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase AmiA

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration, Monomeric
29.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase AmiA

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
29.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	59.515, 73.899, 115.563
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	18
Space group name H-M	P22₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	A

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: LYS / Beg label comp-ID: LYS / End auth comp-ID: ASP / End label comp-ID: ASP / Refine code: 1 / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A / Auth seq-ID: 56 - 280 / Label seq-ID: 23 - 247

Dom-ID
1
2

NCSアンサンブル: (詳細: Local NCS retraints between domains: 1 2)

#1: タンパク質	N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase AmiA 分子量: 29094.260 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: amiA, yfeE, b2435, JW2428 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / Variant (発現宿主): C43(DE3) / 参照: UniProt: P36548, N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 73 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.18 Å³/Da / 溶媒含有率: 43.61 %
結晶化	温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: See paper for details.

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.9795 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年5月18日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.35→59.6 Å / Num. obs: 21955 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 12.6 % / B_iso Wilson estimate: 51 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_pim(I) all: 0.05 / Net I/σ(I): 10.4
反射シェル	解像度: 2.35→2.43 Å / 冗長度: 12.1 % / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / Num. unique obs: 2121 / CC_1/2: 0.662 / R_pim(I) all: 0.506 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0403	精密化
DIALS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.35→59.586 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.962 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.949 / WR_factor R_free: 0.215 / WR_factor R_work: 0.16 / SU B: 7.389 / SU ML: 0.169 / Average fsc free: 0 / Average fsc work: 0 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.315 / ESU R Free: 0.234 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.236	1074	4.906 %
R_work	0.177	20819	-
all	0.18	-	-
obs	-	21893	99.89 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 53.965 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.445 Å²	0 Å²	-0 Å²
2-	-	-0.646 Å²	-0 Å²
3-	-	-	2.09 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.35→59.586 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3498	0	2	73	3573

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.007	0.012	3578
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	3477
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.433	1.647	4836
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.474	1.586	7992
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.443	5	456
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	6.737	5	26
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.701	10	626
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	15.196	10	156
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.069	0.2	555
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	4220
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	816
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.213	0.2	791
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.19	0.2	3134
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.177	0.2	1786
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.076	0.2	1979
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.17	0.2	97
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.238	0.2	12
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.195	0.2	51
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.074	0.2	5
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	5.077	5.141	1824
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	5.06	5.142	1824
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	7.151	9.224	2280
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	7.15	9.226	2281
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	6.164	5.841	1754
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	6.162	5.843	1755
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	9.071	10.395	2556
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	9.069	10.396	2557
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	11.15	52.032	3965
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	11.163	52.086	3954
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.105	0.05	7089

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.10465	0.05008
1	2	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.10465	0.05008

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
2.35-2.411	0.348	94	0.277	1523	0.281	1619	99.8765	0.267
2.411-2.477	0.306	60	0.253	1479	0.255	1540	99.9351	0.238
2.477-2.549	0.368	64	0.237	1446	0.242	1511	99.9338	0.218
2.549-2.627	0.3	77	0.211	1376	0.216	1456	99.794	0.193
2.627-2.713	0.249	80	0.202	1348	0.205	1432	99.7207	0.178
2.713-2.808	0.276	78	0.205	1288	0.209	1367	99.9268	0.178
2.808-2.914	0.268	66	0.187	1248	0.191	1319	99.6209	0.162
2.914-3.032	0.263	61	0.171	1223	0.176	1287	99.7669	0.147
3.032-3.167	0.253	57	0.174	1189	0.177	1247	99.9198	0.151
3.167-3.321	0.212	59	0.161	1126	0.163	1186	99.9157	0.139
3.321-3.5	0.268	53	0.16	1076	0.164	1129	100	0.142
3.5-3.712	0.238	62	0.165	1011	0.169	1073	100	0.147
3.712-3.967	0.257	42	0.157	970	0.161	1012	100	0.143
3.967-4.283	0.169	55	0.148	888	0.149	943	100	0.138
4.283-4.689	0.167	43	0.134	826	0.136	869	100	0.129
4.689-5.239	0.206	35	0.146	764	0.148	799	100	0.143
5.239-6.042	0.223	31	0.196	682	0.197	713	100	0.187
6.042-7.38	0.225	23	0.178	597	0.18	620	100	0.172
7.38-10.358	0.232	25	0.161	462	0.165	487	100	0.165
10.358-59.586	0.233	9	0.239	297	0.239	307	99.6743	0.246

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)