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- PDB-8c29: Cryo-EM structure of photosystem II C2S2 supercomplex from Norway... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8c29
タイトルCryo-EM structure of photosystem II C2S2 supercomplex from Norway spruce (Picea abies) at 2.8 Angstrom resolution
要素
  • (Chlorophyll a-b binding protein, ...) x 3
  • (Cytochrome b559 subunit ...) x 2
  • (Photosystem II ...) x 14
  • Oxygen-evolving enhancer protein 1, chloroplastic
  • PSII 6.1 kDa protein
キーワードMEMBRANE PROTEIN / Membrane protein complex / Photosynthesis / Photosystem / Gymnosperm
機能・相同性
機能・相同性情報


photosynthesis, light harvesting / photosystem II oxygen evolving complex / photosystem II assembly / oxygen evolving activity / photosystem II stabilization / photosystem II reaction center / photosystem II / oxidoreductase activity, acting on diphenols and related substances as donors, oxygen as acceptor / photosynthetic electron transport chain / photosystem I ...photosynthesis, light harvesting / photosystem II oxygen evolving complex / photosystem II assembly / oxygen evolving activity / photosystem II stabilization / photosystem II reaction center / photosystem II / oxidoreductase activity, acting on diphenols and related substances as donors, oxygen as acceptor / photosynthetic electron transport chain / photosystem I / response to herbicide / photosystem II / chlorophyll binding / photosynthetic electron transport in photosystem II / phosphate ion binding / photosynthesis, light reaction / chloroplast thylakoid membrane / : / photosynthesis / electron transfer activity / protein stabilization / iron ion binding / heme binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Photosystem II 5kDa protein, chloroplastic / Photosystem II PsbW, class 2 / Photosystem II reaction centre W protein (PsbW) / Photosystem II PsbZ, reaction centre / Photosystem II CP47 reaction center protein / Photosystem II CP47 reaction center protein / Photosynthetic Reaction Center, subunit M; domain 1 / Photosystem II protein D1-like / Photosystem II PsbO, manganese-stabilising / Manganese-stabilising protein / photosystem II polypeptide ...Photosystem II 5kDa protein, chloroplastic / Photosystem II PsbW, class 2 / Photosystem II reaction centre W protein (PsbW) / Photosystem II PsbZ, reaction centre / Photosystem II CP47 reaction center protein / Photosystem II CP47 reaction center protein / Photosynthetic Reaction Center, subunit M; domain 1 / Photosystem II protein D1-like / Photosystem II PsbO, manganese-stabilising / Manganese-stabilising protein / photosystem II polypeptide / Photosystem II reaction centre protein Ycf12 / Photosystem II complex subunit Ycf12 / Photosystem II reaction centre M protein (PsbM) / Photosystem II PsbM superfamily / Photosystem II PsbM / Photosystem II PsbZ, reaction centre / Photosystem II PsbZ superfamily / YCF9 / Photosystem II PsbX / Photosystem II reaction centre X protein (PsbX) / Photosystem II PsbT / Photosystem II PsbL / Photosystem II PsbL superfamily / Photosystem II PsbT superfamily / Photosystem II reaction centre T protein / PsbL protein / Photosystem II PsbK / Photosystem II CP43 reaction centre protein / Photosystem II PsbK superfamily / Photosystem II CP43 reaction centre protein superfamily / Photosystem II 4 kDa reaction centre component / Photosystem II PsbI / Photosystem II CP47 reaction centre protein / Photosystem II PsbI superfamily / Photosystem II reaction centre I protein (PSII 4.8 kDa protein) / Photosystem II reaction centre protein H / Photosystem II reaction centre protein H superfamily / Photosystem II 10 kDa phosphoprotein / Photosystem II protein D1 / Photosystem II D2 protein / Photosystem II cytochrome b559, conserved site / Photosystem II cytochrome b559, alpha subunit / Photosystem II cytochrome b559, beta subunit / Photosystem II cytochrome b559, N-terminal / Photosystem II cytochrome b559, alpha subunit, lumenal region / Photosystem II cytochrome b559, alpha subunit superfamily / Cytochrome b559, alpha (gene psbE) and beta (gene psbF)subunits / Lumenal portion of Cytochrome b559, alpha (gene psbE) subunit / Cytochrome b559 subunits heme-binding site signature. / : / Photosystem antenna protein-like / Photosystem antenna protein-like superfamily / Photosystem II protein / Chlorophyll A-B binding protein, plant and chromista / Chlorophyll A-B binding protein / Chlorophyll A-B binding protein / Outer membrane protein/outer membrane enzyme PagP, beta-barrel / : / Photosynthetic reaction centre, L/M / Photosystem II protein D1/D2 superfamily / Photosynthetic reaction centre protein / Photosynthetic reaction center proteins signature. / Helix Hairpins / Roll / Up-down Bundle / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
1,2-DIACYL-GLYCEROL-3-SN-PHOSPHATE / BETA-CAROTENE / BICARBONATE ION / CHLOROPHYLL B / CHLOROPHYLL A / DIACYL GLYCEROL / DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG) / : / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE ...1,2-DIACYL-GLYCEROL-3-SN-PHOSPHATE / BETA-CAROTENE / BICARBONATE ION / CHLOROPHYLL B / CHLOROPHYLL A / DIACYL GLYCEROL / DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG) / : / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE / ALPHA-LINOLENIC ACID / Chem-LUT / Chem-NEX / PALMITOLEIC ACID / PHEOPHYTIN A / Chem-PL9 / Chem-SQD / Chem-VIV / Chem-XAT / Photosystem II reaction center protein M / Photosystem II 5 kDa protein, chloroplastic / Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic / Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic / PSII 6.1 kDa protein / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein / Photosystem II protein D1 / Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic / Photosystem II reaction center protein I / Photosystem II reaction center protein H / Photosystem II reaction center protein Z / Cytochrome b559 subunit beta / Photosystem II reaction center protein T / Photosystem II reaction center protein L / Cytochrome b559 subunit alpha / Photosystem II CP47 reaction center protein / Photosystem II D2 protein / Photosystem II reaction center protein K / Photosystem II reaction center protein Psb30 / Photosystem II CP43 reaction center protein
類似検索 - 構成要素
生物種Picea abies (ドイツトウヒ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.785 Å
データ登録者Kopecny, D. / Semchonok, D.A. / Kouril, R.
資金援助 チェコ, ドイツ, 9件
組織認可番号国
Grant Agency of the Czech Republic21-05497S チェコ
Ministry of Education, Youth and Sports of the Czech RepublicCZ.02.1.01/0.0/0.0/16_019/0000827 チェコ
German Federal Ministry for Education and Research03Z22HN23 ドイツ
German Federal Ministry for Education and Research03Z22HI2 ドイツ
German Federal Ministry for Education and Research03COV04 ドイツ
German Research Foundation (DFG)391498659 ドイツ
German Research Foundation (DFG)RTG 2467 ドイツ
Ministry of Education, Youth and Sports of the Czech RepublicNo. CZ.02.1.01/0.0/0.0/18_046/0015974 チェコ
Ministry of Education, Youth and Sports of the Czech RepublicLM2018127 チェコ
引用ジャーナル: Nat Plants / 年: 2023
タイトル: Cryo-EM structure of a plant photosystem II supercomplex with light-harvesting protein Lhcb8 and α-tocopherol.
著者: Monika Opatíková / Dmitry A Semchonok / David Kopečný / Petr Ilík / Pavel Pospíšil / Iva Ilíková / Pavel Roudnický / Sanja Ćavar Zeljković / Petr Tarkowski / Fotis L Kyrilis / ...著者: Monika Opatíková / Dmitry A Semchonok / David Kopečný / Petr Ilík / Pavel Pospíšil / Iva Ilíková / Pavel Roudnický / Sanja Ćavar Zeljković / Petr Tarkowski / Fotis L Kyrilis / Farzad Hamdi / Panagiotis L Kastritis / Roman Kouřil /
要旨: The heart of oxygenic photosynthesis is the water-splitting photosystem II (PSII), which forms supercomplexes with a variable amount of peripheral trimeric light-harvesting complexes (LHCII). Our ...The heart of oxygenic photosynthesis is the water-splitting photosystem II (PSII), which forms supercomplexes with a variable amount of peripheral trimeric light-harvesting complexes (LHCII). Our knowledge of the structure of green plant PSII supercomplex is based on findings obtained from several representatives of green algae and flowering plants; however, data from a non-flowering plant are currently missing. Here we report a cryo-electron microscopy structure of PSII supercomplex from spruce, a representative of non-flowering land plants, at 2.8 Å resolution. Compared with flowering plants, PSII supercomplex in spruce contains an additional Ycf12 subunit, Lhcb4 protein is replaced by Lhcb8, and trimeric LHCII is present as a homotrimer of Lhcb1. Unexpectedly, we have found α-tocopherol (α-Toc)/α-tocopherolquinone (α-TQ) at the boundary between the LHCII trimer and the inner antenna CP43. The molecule of α-Toc/α-TQ is located close to chlorophyll a614 of one of the Lhcb1 proteins and its chromanol/quinone head is exposed to the thylakoid lumen. The position of α-Toc in PSII supercomplex makes it an ideal candidate for the sensor of excessive light, as α-Toc can be oxidized to α-TQ by high-light-induced singlet oxygen at low lumenal pH. The molecule of α-TQ appears to shift slightly into the PSII supercomplex, which could trigger important structure-functional modifications in PSII supercomplex. Inspection of the previously reported cryo-electron microscopy maps of PSII supercomplexes indicates that α-Toc/α-TQ can be present at the same site also in PSII supercomplexes from flowering plants, but its identification in the previous studies has been hindered by insufficient resolution.
履歴
登録2022年12月21日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年7月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年8月23日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22023年8月30日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32024年11月13日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: em_admin / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _em_admin.last_update / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Photosystem II protein D1
B: Photosystem II CP47 reaction center protein
C: Photosystem II CP43 reaction center protein
D: Photosystem II D2 protein
E: Cytochrome b559 subunit alpha
F: Cytochrome b559 subunit beta
G: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic
H: Photosystem II reaction center protein H
I: Photosystem II reaction center protein I
K: Photosystem II reaction center protein K
L: Photosystem II reaction center protein L
M: Photosystem II reaction center protein M
N: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic
O: Oxygen-evolving enhancer protein 1, chloroplastic
R: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic
S: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic
T: Photosystem II reaction center protein T
U: Photosystem II 5 kDa protein, chloroplastic
V: Photosystem II reaction center protein Ycf12
W: PSII 6.1 kDa protein
X: Photosystem II PsbX
Y: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic
Z: Photosystem II reaction center protein Z
a: Photosystem II protein D1
b: Photosystem II CP47 reaction center protein
c: Photosystem II CP43 reaction center protein
d: Photosystem II D2 protein
e: Cytochrome b559 subunit alpha
f: Cytochrome b559 subunit beta
g: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic
h: Photosystem II reaction center protein H
i: Photosystem II reaction center protein I
k: Photosystem II reaction center protein K
l: Photosystem II reaction center protein L
m: Photosystem II reaction center protein M
n: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic
o: Oxygen-evolving enhancer protein 1, chloroplastic
r: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic
s: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic
t: Photosystem II reaction center protein T
u: Photosystem II 5 kDa protein, chloroplastic
v: Photosystem II reaction center protein Ycf12
w: PSII 6.1 kDa protein
x: Photosystem II PsbX
y: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic
z: Photosystem II reaction center protein Z
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,215,556404
ポリマ－945,03946
非ポリマー270,517358
水5,044280
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

-
要素

-
Photosystem II ... , 14種, 28分子 AaBbCcDdHhIiKkLlMmTtUuVvXxZz

#1: タンパク質 Photosystem II protein D1 / PSII D1 protein / Photosystem II Q(B) protein


分子量: 38803.215 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: PsbA / 由来: (天然) Picea abies (ドイツトウヒ) / 参照: UniProt: P50155, photosystem II
#2: タンパク質 Photosystem II CP47 reaction center protein


分子量: 56375.496 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: PsbB / 由来: (天然) Picea abies (ドイツトウヒ) / 参照: UniProt: R4ZGX1
#3: タンパク質 Photosystem II CP43 reaction center protein


分子量: 51785.270 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: PsbC / 由来: (天然) Picea abies (ドイツトウヒ) / 参照: UniProt: R4ZGZ0
#4: タンパク質 Photosystem II D2 protein / PSII D2 protein / Photosystem Q(A) protein


分子量: 39483.117 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: PsbD / 由来: (天然) Picea abies (ドイツトウヒ) / 参照: UniProt: R4ZGX6, photosystem II
#8: タンパク質 Photosystem II reaction center protein H / PSII-H


分子量: 7941.112 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: PsbH / 由来: (天然) Picea abies (ドイツトウヒ) / 参照: UniProt: R4ZGS7
#9: タンパク質・ペプチド Photosystem II reaction center protein I / PSII-I / PSII 4.8 kDa protein


分子量: 4184.984 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: PsbI / 由来: (天然) Picea abies (ドイツトウヒ) / 参照: UniProt: R4ZGS4
#10: タンパク質 Photosystem II reaction center protein K


分子量: 6804.083 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: PsbK / 由来: (天然) Picea abies (ドイツトウヒ) / 参照: UniProt: R4ZGX8
#11: タンパク質・ペプチド Photosystem II reaction center protein L / PSII-L


分子量: 4475.153 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: PsbL / 由来: (天然) Picea abies (ドイツトウヒ) / 参照: UniProt: R4ZGV2
#12: タンパク質・ペプチド Photosystem II reaction center protein M


分子量: 3952.636 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: PsbM / 由来: (天然) Picea abies (ドイツトウヒ) / 参照: UniProt: A2CHR7
#16: タンパク質・ペプチド Photosystem II reaction center protein T / PSII-T


分子量: 3962.781 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: PsbTc / 由来: (天然) Picea abies (ドイツトウヒ) / 参照: UniProt: R4ZGU2
#17: タンパク質 Photosystem II 5 kDa protein, chloroplastic


分子量: 14189.462 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: PsbTn / 由来: (天然) Picea abies (ドイツトウヒ) / 参照: UniProt: A9NJW3
#18: タンパク質・ペプチド Photosystem II reaction center protein Ycf12


分子量: 3490.290 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Psb30 / 由来: (天然) Picea abies (ドイツトウヒ) / 参照: UniProt: R4ZGY5
#20: タンパク質 Photosystem II PsbX


分子量: 12956.940 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: PsbX / 由来: (天然) Picea abies (ドイツトウヒ) / 参照: UniProt: A9NTS2
#21: タンパク質 Photosystem II reaction center protein Z


分子量: 6412.558 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: PsbZ / 由来: (天然) Picea abies (ドイツトウヒ) / 参照: UniProt: R4ZGT1

-
Cytochrome b559 subunit ... , 2種, 4分子 EeFf

#5: タンパク質 Cytochrome b559 subunit alpha / PSII reaction center subunit V


分子量: 9478.562 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: PsbE / 由来: (天然) Picea abies (ドイツトウヒ) / 参照: UniProt: R4ZGW6
#6: タンパク質・ペプチド Cytochrome b559 subunit beta / PSII reaction center subunit VI


分子量: 4476.271 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: PsbF / 由来: (天然) Picea abies (ドイツトウヒ) / 参照: UniProt: R4ZGT7

-
Chlorophyll a-b binding protein, ... , 3種, 10分子 GNYgnyRrSs

#7: タンパク質
Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic


分子量: 29112.004 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Lhcb1 / 由来: (天然) Picea abies (ドイツトウヒ) / 参照: UniProt: Q40771
#14: タンパク質 Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic


分子量: 32767.854 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Lhcb4.3 / 由来: (天然) Picea abies (ドイツトウヒ) / 参照: UniProt: A9NKX0
#15: タンパク質 Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic


分子量: 32287.926 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: CP26 / 由来: (天然) Picea abies (ドイツトウヒ) / 参照: UniProt: A9NKM0

-
タンパク質 , 2種, 4分子 OoWw

#13: タンパク質 Oxygen-evolving enhancer protein 1, chloroplastic


分子量: 36089.457 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: PsbO / 由来: (天然) Picea abies (ドイツトウヒ) / 参照: UniProt: A9NRV4
#19: タンパク質 PSII 6.1 kDa protein


分子量: 15266.507 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: PsbW / 由来: (天然) Picea abies (ドイツトウヒ) / 参照: UniProt: A9NLC2

-
糖 , 1種, 4分子

#33: 糖
ChemComp-DGD / DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG)


タイプ: saccharide / 分子量: 949.299 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C51H96O15

+
非ポリマー , 21種, 634分子

#22: 化合物 ChemComp-FE2 / FE (II) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#23: 化合物...
ChemComp-CLA / CHLOROPHYLL A


分子量: 893.489 Da / 分子数: 154 / 由来タイプ: 合成 / 式: C55H72MgN4O5
#24: 化合物
ChemComp-PHO / PHEOPHYTIN A / 132α-(メトキシカルボニル)-31,32-ジデヒ(以下略)


分子量: 871.200 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C55H74N4O5
#25: 化合物
ChemComp-BCR / BETA-CAROTENE / 9,13-cis-β-カロテン


分子量: 536.873 Da / 分子数: 20 / 由来タイプ: 合成 / 式: C40H56
#26: 化合物
ChemComp-SQD / 1,2-DI-O-ACYL-3-O-[6-DEOXY-6-SULFO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]-SN-GLYCEROL / SULFOQUINOVOSYLDIACYLGLYCEROL / (2S)-1-O,2-O-ジパルミトイル-3-O-(6-スルホ-6-デオキシ-α-D-グルコピラノシル)グリセロ-ル


分子量: 795.116 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C41H78O12S
#27: 化合物
ChemComp-LMG / 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE


分子量: 787.158 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: C45H86O10
#28: 化合物
ChemComp-3PH / 1,2-DIACYL-GLYCEROL-3-SN-PHOSPHATE / PHOSPHATIDIC ACID / ジステアロイルホスファチジン酸


分子量: 704.998 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: C39H77O8P
#29: 化合物
ChemComp-PL9 / 2,3-DIMETHYL-5-(3,7,11,15,19,23,27,31,35-NONAMETHYL-2,6,10,14,18,22,26,30,34-HEXATRIACONTANONAENYL-2,5-CYCLOHEXADIENE-1,4-DIONE-2,3-DIMETHYL-5-SOLANESYL-1,4-BENZOQUINONE / PLASTOQUINONE 9


分子量: 749.201 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C53H80O2
#30: 化合物
ChemComp-LHG / 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / ジパルミトイルホスファチジルグリセロ-ル


分子量: 722.970 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 合成 / 式: C38H75O10P / コメント: リン脂質*YM
#31: 化合物...
ChemComp-LNL / ALPHA-LINOLENIC ACID / リノレン酸


分子量: 278.430 Da / 分子数: 26 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H30O2
#32: 化合物 ChemComp-PAM / PALMITOLEIC ACID / パルミトレイン酸


分子量: 254.408 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H30O2
#34: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#35: 化合物 ChemComp-VIV / (2R)-2,5,7,8-TETRAMETHYL-2-[(4R,8R)-4,8,12-TRIMETHYLTRIDECYL]CHROMAN-6-OL / α-トコフェロ-ル


分子量: 430.706 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C29H50O2
#36: 化合物 ChemComp-BCT / BICARBONATE ION / オキシラトぎ酸


分子量: 61.017 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: CHO3 / コメント: pH緩衝剤*YM
#37: 化合物 ChemComp-DGA / DIACYL GLYCEROL / 1-O,2-O-ジステアロイル-L-グリセロ-ル


分子量: 625.018 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C39H76O5
#38: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#39: 化合物...
ChemComp-CHL / CHLOROPHYLL B


分子量: 907.472 Da / 分子数: 50 / 由来タイプ: 合成 / 式: C55H70MgN4O6
#40: 化合物
ChemComp-LUT / (3R,3'R,6S)-4,5-DIDEHYDRO-5,6-DIHYDRO-BETA,BETA-CAROTENE-3,3'-DIOL / (3R,3'R)-BETA,BETA-CAROTENE-3,3'-DIOL / LUTEIN


分子量: 568.871 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 合成 / 式: C40H56O2
#41: 化合物
ChemComp-NEX / (1R,3R)-6-{(3E,5E,7E,9E,11E,13E,15E,17E)-18-[(1S,4R,6R)-4-HYDROXY-2,2,6-TRIMETHYL-7-OXABICYCLO[4.1.0]HEPT-1-YL]-3,7,12,16-TETRAMETHYLOCTADECA-1,3,5,7,9,11,13,15,17-NONAENYLIDENE}-1,5,5-TRIMETHYLCYCLOHEXANE-1,3-DIOL / (3S,5R,6R,3'S,5'R,6'S)-5',6'-EPOXY-6,7-DIDEHYDRO- 5,6,5',6'-TETRAHYDRO-BETA,BETA-CAROTENE-3,5,3'-TRIOL / 9'-CIS-NEOXANTHIN


分子量: 600.870 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C40H56O4
#42: 化合物
ChemComp-XAT / (3S,5R,6S,3'S,5'R,6'S)-5,6,5',6'-DIEPOXY-5,6,5',6'- TETRAHYDRO-BETA,BETA-CAROTENE-3,3'-DIOL / VIOLAXANTHIN / 13-cis-ビオラキサンチン


分子量: 600.870 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C40H56O4
#43: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 280 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

-
試料調製

構成要素
ID名称タイプEntity IDParent-ID由来
1The C2S2-type PSII-LHCII supercomplexCOMPLEX#1-#210NATURAL
2Photosystem II core complex (C2)COMPLEX#1-#6, #8-#13, #16-#211NATURAL
3Photosystem II light-harvesting complexCOMPLEX#7, #14-#151NATURAL
分子量
IDEntity assembly-ID実験値
11NO
21NO
31NO
由来(天然)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
21Picea abies (ドイツトウヒ)3329
32Picea abies (ドイツトウヒ)3329
43Picea abies (ドイツトウヒ)3329
緩衝液pH: 7.5
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
110 mMHEPESC8H18N2O4S1
20.008 %n-dodecyl alpha-D-maltosideC24H46O111
試料濃度: 3 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES / 詳細: 3 mg of chlorophylls/ml
試料支持詳細: PELCO easiGlow, 15 mA / グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 200 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/1
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 95 % / 凍結前の試料温度: 277 K

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電子顕微鏡撮影

顕微鏡モデル: TFS GLACIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: OTHER
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 500 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 100 µm / アライメント法: COMA FREE
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN / 試料ホルダーモデル: OTHER
撮影電子線照射量: 120 e/Å2 / 検出モード: COUNTING
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 2392
画像スキャン横: 4096 / 縦: 4096

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.20.1_4487: / 分類: 精密化
EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ詳細
1Scipion3粒子像選択
2Xmipp3粒子像選択
3EPU2画像取得
5CTFFIND4.1CTF補正
8Coot0.9.8モデルフィッティング
10cryoSPARC3初期オイラー角割当ab-initio
11cryoSPARC3最終オイラー角割当
12RELION3.1分類
13cryoSPARC3３次元再構成
14PHENIX1.20.1-4487モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 202251
対称性点対称性: C2 (2回回転対称)
3次元再構成解像度: 2.785 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 60956 / アルゴリズム: FOURIER SPACE / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: AB INITIO MODEL / 空間: REAL
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00674166
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.636103333
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d14.9715560
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0469284
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.00514262

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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