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- PDB-8c28: 14-3-3 in complex with PyrinpS208pS242 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8c28
タイトル14-3-3 in complex with PyrinpS208pS242
要素
  • 14-3-3 protein sigma
  • Pyrin
キーワードPROTEIN BINDING / protein-peptide interaction / phosphorylation reader protein / immunology / scaffolding / intrinsic disorder motif
機能・相同性
機能・相同性情報


pyroptosome complex assembly / negative regulation of macrophage inflammatory protein 1 alpha production / regulation of interleukin-1 beta production / canonical inflammasome complex / negative regulation of NLRP3 inflammasome complex assembly / negative regulation of interleukin-12 production / microtubule associated complex / pattern recognition receptor signaling pathway / negative regulation of interleukin-1 beta production / regulation of epidermal cell division ...pyroptosome complex assembly / negative regulation of macrophage inflammatory protein 1 alpha production / regulation of interleukin-1 beta production / canonical inflammasome complex / negative regulation of NLRP3 inflammasome complex assembly / negative regulation of interleukin-12 production / microtubule associated complex / pattern recognition receptor signaling pathway / negative regulation of interleukin-1 beta production / regulation of epidermal cell division / protein kinase C inhibitor activity / positive regulation of epidermal cell differentiation / keratinocyte development / keratinization / pyroptotic inflammatory response / regulation of cell-cell adhesion / cAMP/PKA signal transduction / The NLRP3 inflammasome / Regulation of localization of FOXO transcription factors / keratinocyte proliferation / phosphoserine residue binding / response to type II interferon / Activation of BAD and translocation to mitochondria / negative regulation of keratinocyte proliferation / establishment of skin barrier / negative regulation of protein localization to plasma membrane / Chk1/Chk2(Cds1) mediated inactivation of Cyclin B:Cdk1 complex / SARS-CoV-2 targets host intracellular signalling and regulatory pathways / Purinergic signaling in leishmaniasis infection / negative regulation of stem cell proliferation / SARS-CoV-1 targets host intracellular signalling and regulatory pathways / RHO GTPases activate PKNs / positive regulation of protein localization / ruffle / positive regulation of autophagy / negative regulation of cytokine production involved in inflammatory response / positive regulation of cell adhesion / protein sequestering activity / autophagosome / negative regulation of innate immune response / protein export from nucleus / release of cytochrome c from mitochondria / TP53 Regulates Transcription of Genes Involved in G2 Cell Cycle Arrest / positive regulation of interleukin-1 beta production / positive regulation of protein export from nucleus / negative regulation of protein kinase activity / stem cell proliferation / Translocation of SLC2A4 (GLUT4) to the plasma membrane / TP53 Regulates Metabolic Genes / negative regulation of inflammatory response / positive regulation of inflammatory response / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage / ubiquitin protein ligase activity / intracellular protein localization / lamellipodium / regulation of protein localization / actin binding / regulation of gene expression / positive regulation of cell growth / cytoplasmic vesicle / microtubule / regulation of cell cycle / cadherin binding / inflammatory response / innate immune response / protein kinase binding / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / signal transduction / extracellular space / extracellular exosome / zinc ion binding / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
DAPIN domain / DAPIN domain profile. / PAAD/DAPIN/Pyrin domain / PAAD/DAPIN/Pyrin domain / : / SPRY-associated domain / SPRY-associated / PRY / Butyrophylin-like, SPRY domain / B-box zinc finger ...DAPIN domain / DAPIN domain profile. / PAAD/DAPIN/Pyrin domain / PAAD/DAPIN/Pyrin domain / : / SPRY-associated domain / SPRY-associated / PRY / Butyrophylin-like, SPRY domain / B-box zinc finger / B-Box-type zinc finger / B-box-type zinc finger / Zinc finger B-box type profile. / 14-3-3 protein sigma / 14-3-3 proteins signature 2. / 14-3-3 protein, conserved site / 14-3-3 proteins signature 1. / 14-3-3 protein / 14-3-3 homologues / 14-3-3 domain / 14-3-3 domain superfamily / 14-3-3 protein / SPRY domain / B30.2/SPRY domain / B30.2/SPRY domain profile. / B30.2/SPRY domain superfamily / Domain in SPla and the RYanodine Receptor. / SPRY domain / Death-like domain superfamily / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Pyrin / 14-3-3 protein sigma
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Lau, R. / Ottmann, C. / Hann, M.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: Biochem.Biophys.Res.Commun. / 年: 2023
タイトル: Crystal structure and ligandability of the 14-3-3/pyrin interface.
著者: Lau, R. / Hann, M.M. / Ottmann, C.
履歴
登録2022年12月21日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年1月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification
改定 1.22025年1月22日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
AAA: 14-3-3 protein sigma
BBB: 14-3-3 protein sigma
CCC: Pyrin
DDD: Pyrin
PPP: Pyrin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,9216
ポリマ－67,6395
非ポリマー2821
水10,160564
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5870 Å2
ΔGint-26 kcal/mol
Surface area23100 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)63.443, 80.689, 142.393
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 14-3-3 protein sigma / Epithelial cell marker protein 1 / Stratifin


分子量: 26558.914 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SFN, HME1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P31947
#2: タンパク質・ペプチド Pyrin / Marenostrin


分子量: 4840.313 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: O15553
#3: 化合物 ChemComp-B3P / 2-[3-(2-HYDROXY-1,1-DIHYDROXYMETHYL-ETHYLAMINO)-PROPYLAMINO]-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / 2,2′-(トリメチレンビスイミノ)ビス[2-(ヒドロキシメチル)プロパン-1,3-ジオ-ル]


分子量: 282.334 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H26N2O6 / コメント: pH緩衝剤*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 564 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.69 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.35 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.19 M CaCl 2 , 5% glycerol, 26% PEG 400, 0.095 M HEPES, pH 7.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I24 / 波長: 0.9686 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年4月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9686 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→50 Å / Num. obs: 96682 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 5.2 % / CC1/2: 0.996 / Net I/σ(I): 11.3
反射 シェル解像度: 1.6→1.63 Å / Mean I/σ(I) obs: 0.8 / Num. unique obs: 4660 / CC1/2: 0.676

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0267精密化
DIALSデータ削減
DIALSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.6→49.923 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.974 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.965 / SU B: 2.596 / SU ML: 0.08 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.072 / ESU R Free: 0.077 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
Rfactor反射数%反射
Rfree0.213 4865 5.037 %
Rwork0.1793 91711 -
all0.181 --
obs-96576 99.478 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT
原子変位パラメータBiso mean: 36.258 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.163 Å20 Å20 Å2
2--3.305 Å2-0 Å2
3----2.142 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.6→49.923 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3794 0 19 564 4377
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0133936
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0153718
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6571.6485311
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.5081.5848564
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.5065499
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.57521.805205
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.8315700
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.4881533
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.090.2510
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr_other0.0370.24
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.024436
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02868
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2170.2916
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_other0.170.23388
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1680.21969
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbtor_other0.0840.21761
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1880.2442
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_other0.0350.21
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_refined0.330.29
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2970.239
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_refined0.220.227
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.1593.581987
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other3.1393.5781985
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.3775.3282483
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other4.3725.3282483
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.6574.0091949
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other4.6564.0091950
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it6.8025.8412826
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other6.8015.8422827
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_it8.39244.4854804
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_other8.23243.5164640
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.6-1.6420.3393720.3366635X-RAY DIFFRACTION98.5098
1.642-1.6870.2863560.3096499X-RAY DIFFRACTION99.1753
1.687-1.7350.3373420.2986334X-RAY DIFFRACTION99.4044
1.735-1.7890.2773240.2646160X-RAY DIFFRACTION99.2348
1.789-1.8470.2593220.2335978X-RAY DIFFRACTION99.1814
1.847-1.9120.2972910.2345814X-RAY DIFFRACTION99.3814
1.912-1.9840.2622960.2295618X-RAY DIFFRACTION99.4451
1.984-2.0650.272620.1995438X-RAY DIFFRACTION99.6678
2.065-2.1570.2312930.1815163X-RAY DIFFRACTION99.5984
2.157-2.2620.2082620.1764974X-RAY DIFFRACTION99.5437
2.262-2.3840.2082530.1564746X-RAY DIFFRACTION99.681
2.384-2.5290.192320.1644500X-RAY DIFFRACTION99.621
2.529-2.7030.2342240.1744247X-RAY DIFFRACTION99.8883
2.703-2.9190.2392080.1713956X-RAY DIFFRACTION99.928
2.919-3.1980.1871810.1723679X-RAY DIFFRACTION99.8448
3.198-3.5740.2051650.1723343X-RAY DIFFRACTION99.8577
3.574-4.1250.1821690.1532934X-RAY DIFFRACTION99.9678
4.125-5.0480.1581420.1382532X-RAY DIFFRACTION99.9253
5.048-7.1210.2221180.1941978X-RAY DIFFRACTION99.8095
7.121-49.90.215530.1721183X-RAY DIFFRACTION99.5169

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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