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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8c27 | ||||||
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タイトル | Domain 3 of Group B Streptococcus pilus protein as scaffold for the display of foreign epitopes | ||||||
![]() | PI-2a backbone protein | ||||||
![]() | MEMBRANE PROTEIN / Pilus protein / scaffold / epitopes. | ||||||
機能・相同性 | ![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Veggi, D. / Cappelli, L. / Cozzi, R. | ||||||
資金援助 | 1件
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![]() | ![]() タイトル: Computational structure-based approach to study chimeric antigens using a new protein scaffold displaying foreign epitopes. 著者: Cappelli, L. / Cinelli, P. / Perrotta, A. / Veggi, D. / Audagnotto, M. / Tuscano, G. / Pansegrau, W. / Bartolini, E. / Rinaudo, D. / Cozzi, R. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 68.8 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 46.5 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 939.9 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 943 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 11.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 14.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 2xtlS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 14666.284 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: B9UR22 #2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.41 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.91 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.1M HEPES with 20% w/v jeff ED-2001 pH 6.5 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年9月17日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.96546 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.63→94.9 Å / Num. obs: 12062 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 5.8 % / Biso Wilson estimate: 60.74 Å2 / CC1/2: 0.998 / Net I/σ(I): 13.5 |
反射 シェル | 解像度: 2.63→94.9 Å / Num. unique obs: 12062 / CC1/2: 0.998 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 2XTL 解像度: 2.63→58.15 Å / SU ML: 0.4785 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 28.1437 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 56.1 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.63→58.15 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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