PDB-8c23: Structure of E. coli Class 2 L-asparaginase EcAIII, mutant M200T ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8c23

タイトル

Structure of E. coli Class 2 L-asparaginase EcAIII, mutant M200T (monoclinic form M200T#m)

要素

(Isoaspartyl peptidase subunit ...) x 2

キーワード

HYDROLASE / L-asparaginase / isoaspartylpeptidase / mutation / Ntn-hydrolase

機能・相同性

機能・相同性情報

beta-aspartyl-peptidase / asparaginase activity / beta-aspartyl-peptidase activity / protein autoprocessing / hydrolase activity / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.842 Å

データ登録者

Sciuk, A. / Ruszkowski, M. / Jaskolski, M. / Loch, J.I.

資金援助

ポーランド, 1件

引用

ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2023
タイトル: The effects of nature-inspired amino acid substitutions on structural and biochemical properties of the E. coli L-asparaginase EcAIII.
著者: Janicki, M. / Sciuk, A. / Zielezinski, A. / Ruszkowski, M. / Ludwikow, A. / Karlowski, W.M. / Jaskolski, M. / Loch, J.I.

履歴

登録	2022年12月21日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2023年5月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年6月7日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2024年6月19日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8c23.cif.gz	423.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8c23.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8c23.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c2/8c23 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c2/8c23	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	8bi3C 8bkfC 8bp9C 8bqoC 8c0iC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#166 - 2013年10月プロテアソーム (Proteasome) 類似性 (1) #80 - 2006年8月 AAA+プロテアーゼ (AAA+ Proteases) 類似性 (1) #235 - 2019年7月 AMPA受容体 (AMPA Receptor) 類似性 (1) #176 - 2014年8月ダイニン (Dynein) 類似性 (1) #60 - 2004年12月ユビキチン (Ubiquitin) 類似性 (1) #142 - 2011年10月 PDBの先駆者たち (PDB Pioneers) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#166 - 2013年10月
プロテアソーム (Proteasome)
類似性 (1)
#80 - 2006年8月
AAA+プロテアーゼ (AAA+ Proteases)
類似性 (1)
#235 - 2019年7月
AMPA受容体 (AMPA Receptor)
類似性 (1)
#176 - 2014年8月
ダイニン (Dynein)
類似性 (1)
#60 - 2004年12月
ユビキチン (Ubiquitin)
類似性 (1)
#142 - 2011年10月
PDBの先駆者たち (PDB Pioneers)
類似性 (1)

登録構造単位

AAA: Isoaspartyl peptidase subunit alpha

BBB: Isoaspartyl peptidase subunit beta

CCC: Isoaspartyl peptidase subunit alpha

DDD: Isoaspartyl peptidase subunit beta

EEE: Isoaspartyl peptidase subunit alpha

FFF: Isoaspartyl peptidase subunit beta

GGG: Isoaspartyl peptidase subunit alpha

HHH: Isoaspartyl peptidase subunit beta

ヘテロ分子

134 kDa, 8 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

AAA: Isoaspartyl peptidase subunit alpha

BBB: Isoaspartyl peptidase subunit beta

CCC: Isoaspartyl peptidase subunit alpha

DDD: Isoaspartyl peptidase subunit beta

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
67.3 kDa, 4 ポリマー

2

EEE: Isoaspartyl peptidase subunit alpha

FFF: Isoaspartyl peptidase subunit beta

GGG: Isoaspartyl peptidase subunit alpha

HHH: Isoaspartyl peptidase subunit beta

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
67 kDa, 4 ポリマー

単位格子

Length a, b, c (Å)	127.461, 149.649, 105.130
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 126.718, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

-
Isoaspartyl peptidase subunit ... , 2種, 8分子 AAACCCEEEGGGBBBDDDFFFHHH

#1: タンパク質	Isoaspartyl peptidase subunit alpha 分子量: 19013.773 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: iaaA, spt, ybiK, b0828, JW0812 / プラスミド: pET11d / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 Gold / 参照: UniProt: P37595
#2: タンパク質	Isoaspartyl peptidase subunit beta 分子量: 14398.055 Da / 分子数: 4 / Mutation: M200T / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: iaaA, spt, ybiK, b0828, JW0812 / プラスミド: pET11d / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 Gold / 参照: UniProt: P37595

-
非ポリマー , 6種, 523分子

#3: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 化合物	ChemComp-GLY / GLYCINE / グリシンタイプ: peptide linking / 分子量: 75.067 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₅NO₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#6: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#7: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#8: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 507 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.3 Å³/Da / 溶媒含有率: 62.7 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 20-30% PEG4000,10-15% PEG 400,0.2M CaCl2 in 100 mM Tris-HCl pH 8.5, 100mM glycine

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P13 (MX1) / 波長: 0.9763 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年5月5日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.84→84.38 Å / Num. obs: 133092 / % possible obs: 98 % / 冗長度: 7 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.071 / R_rim(I) all: 0.077 / Net I/σ(I): 13.9
反射シェル	解像度: 1.84→1.84 Å / Num. unique obs: 6430 / CC_1/2: 0.564

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.842→84.38 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.968 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.956 / SU B: 8.611 / SU ML: 0.106 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.106 / ESU R Free: 0.106

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.216	1088	0.818 %
R_work	0.1848	131995	-
all	0.185	-	-
obs	-	133083	97.911 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 39.318 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.775 Å²	0 Å²	-1.24 Å²
2-	-	-1.543 Å²	0 Å²
3-	-	-	1.239 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.842→84.38 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8484	0	39	507	9030

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.013	8753
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.015	8391
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.564	1.633	11871
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.4	1.572	19261
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.545	5	1189
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	27.291	21.957	414
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.923	15	1401
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.041	15	62
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.072	0.2	1164
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	10212
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1920
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.217	0.2	1740
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.185	0.2	7944
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.156	0.2	4276
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.085	0.2	3960
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.172	0.2	424
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.161	0.2	13
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.294	0.2	17
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.367	0.2	55
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.213	0.2	16
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.947	3.108	4720
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.947	3.107	4718
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.01	4.639	5900
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.01	4.639	5900
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.353	3.521	4033
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.345	3.521	4033
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.765	5.139	5964
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	3.763	5.139	5964
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	5.49	37.777	9490
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	5.49	37.775	9489

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.842-1.89	0.322	75	0.345	9575	0.345	10028	0.467	0.394	96.2306	0.338
1.89-1.942	0.356	76	0.321	9416	0.321	9784	0.456	0.508	97.0155	0.305
1.942-1.998	0.286	59	0.294	9164	0.294	9496	0.676	0.666	97.1251	0.276
1.998-2.059	0.266	68	0.256	8921	0.256	9227	0.806	0.801	97.4206	0.233
2.059-2.127	0.264	67	0.229	8658	0.229	8948	0.864	0.873	97.5078	0.209
2.127-2.202	0.262	72	0.209	8361	0.21	8638	0.88	0.905	97.6268	0.189
2.202-2.285	0.237	73	0.201	8150	0.201	8395	0.893	0.91	97.9512	0.18
2.285-2.378	0.212	61	0.174	7762	0.174	7992	0.919	0.942	97.8854	0.155
2.378-2.483	0.267	58	0.177	7513	0.178	7707	0.924	0.941	98.2354	0.16
2.483-2.605	0.194	47	0.173	7224	0.173	7399	0.942	0.947	98.27	0.156
2.605-2.745	0.211	74	0.171	6847	0.171	7030	0.94	0.951	98.4495	0.159
2.745-2.912	0.201	64	0.169	6483	0.169	6638	0.948	0.954	98.6291	0.16
2.912-3.112	0.208	68	0.173	6111	0.173	6260	0.927	0.952	98.7061	0.167
3.112-3.361	0.205	42	0.189	5694	0.189	5788	0.942	0.945	99.1016	0.187
3.361-3.682	0.154	34	0.171	5279	0.171	5365	0.958	0.961	99.0308	0.174
3.682-4.115	0.197	52	0.157	4773	0.157	4861	0.954	0.96	99.2594	0.165
4.115-4.75	0.196	42	0.153	4200	0.153	4285	0.958	0.962	98.9965	0.166
4.75-5.813	0.237	27	0.176	3570	0.177	3630	0.928	0.944	99.0909	0.191
5.813-8.201	0.27	13	0.174	2801	0.175	2833	0.883	0.94	99.3293	0.191
8.201-84.38	0.191	16	0.192	1493	0.192	1588	0.953	0.947	95.0252	0.214

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.3597	0.1618	-0.0191	0.3446	-0.0056	0.5166	-0.1053	-0.0019	-0.0017	0.0473	0.0544	0.005	-0.1385	-0.0116	0.0509	0.12	0.007	-0.0394	0.0456	0.0065	0.0654	24.3053	82.8047	5.6518
2	0.0432	-0.2003	0.0123	0.9822	-0.0339	0.1973	-0.0105	0.0144	0.0343	-0.0424	-0.0155	-0.1808	-0.0816	0.0934	0.026	0.048	-0.0598	-0.022	0.1058	0.0118	0.1083	38.838	78.0771	1.9702
3	0.2539	-0.2295	0.313	0.6276	0.0916	0.7286	0.0394	0.0156	-0.0762	-0.0482	0.0023	0.1168	0.0724	0.0379	-0.0417	0.097	0.013	0.0072	0.01	-0.0175	0.0946	21.6286	50.9829	-6.2625
4	0.0963	0.1685	0.1416	0.6747	0.0089	0.3677	0.0595	0.0365	-0.0384	0.0432	0.0076	-0.1049	0.1357	0.0916	-0.0671	0.0794	0.0659	-0.0105	0.0655	-0.0166	0.1217	35.8518	52.0177	0.0435
5	0.4051	-0.2626	0.4385	0.7534	-0.0311	0.5914	-0.0776	-0.1463	0.0375	-0.2045	0.0862	-0.0611	-0.1677	-0.1508	-0.0086	0.1447	0.0384	-0.038	0.0603	-0.0383	0.0875	-3.8017	98.706	30.831
6	0.0946	-0.1712	0.1011	1.3113	-0.457	0.1841	-0.1746	-0.0874	0.0521	0.2354	0.1344	-0.1275	-0.1474	-0.1007	0.0402	0.2246	0.1319	-0.0773	0.1112	-0.0722	0.0486	-1.0014	97.4298	46.3591
7	0.397	-0.1186	0.1925	0.3833	-0.0256	0.5059	0.0598	-0.0289	-0.0526	-0.0055	0.0565	-0.102	0.0499	-0.0345	-0.1162	0.0626	-0.0092	-0.0298	0.065	0.0146	0.0739	8.2223	67.1472	35.9154
8	0.4758	-0.3419	0.2979	1.2558	0.0591	0.2618	-0.0423	-0.161	-0.101	0.1898	0.1051	0.0973	0.0198	-0.1146	-0.0628	0.0823	-0.0005	-0.0015	0.1605	0.0594	0.0303	0.81	71.4304	49.1207
9	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	-0	0.0553	0	0	0.0553	0	0.0553	0	0	0

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	AAA	3 - 160
2	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	AaA	161
3	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	AbA	162
4	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	AcA	163
5	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	AdA	164 - 275
6	X-RAY DIFFRACTION	2	ALL	BBB	179 - 313
7	X-RAY DIFFRACTION	2	ALL	BaB	314
8	X-RAY DIFFRACTION	2	ALL	BbB	315
9	X-RAY DIFFRACTION	2	ALL	BcB	316 - 366
10	X-RAY DIFFRACTION	3	ALL	CCC	3 - 159
11	X-RAY DIFFRACTION	3	ALL	CaC	160
12	X-RAY DIFFRACTION	3	ALL	CbC	161
13	X-RAY DIFFRACTION	3	ALL	CcC	162 - 240
14	X-RAY DIFFRACTION	4	ALL	DDD	179 - 313
15	X-RAY DIFFRACTION	4	ALL	DaD	314
16	X-RAY DIFFRACTION	4	ALL	DbD	315
17	X-RAY DIFFRACTION	4	ALL	DcD	316 - 348
18	X-RAY DIFFRACTION	5	ALL	EEE	4 - 157
19	X-RAY DIFFRACTION	5	ALL	EaE	158
20	X-RAY DIFFRACTION	5	ALL	EbE	159 - 223
21	X-RAY DIFFRACTION	6	ALL	FFF	179 - 313
22	X-RAY DIFFRACTION	6	ALL	FaF	314
23	X-RAY DIFFRACTION	6	ALL	FbF	316 - 336
24	X-RAY DIFFRACTION	7	ALL	GGG	3 - 159
25	X-RAY DIFFRACTION	7	ALL	GaG	160
26	X-RAY DIFFRACTION	7	ALL	GbG	161
27	X-RAY DIFFRACTION	7	ALL	GcG	162
28	X-RAY DIFFRACTION	7	ALL	GdG	163 - 274
29	X-RAY DIFFRACTION	8	ALL	HHH	179 - 312
30	X-RAY DIFFRACTION	8	ALL	HaH	313 - 345

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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