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- PDB-8c1t: Crystal structure of Trichoplax Dlg PDZ1 domain in complex with T... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8c1t
タイトルCrystal structure of Trichoplax Dlg PDZ1 domain in complex with Trichoplax Vangl peptide
要素
  • Disks large-like protein 1
  • Vang-like protein 1
キーワードPROTEIN BINDING / PDZ domain / cell polarity / Dlg / Vangl / Trichoplax
機能・相同性
機能・相同性情報


receptor localization to synapse / establishment or maintenance of epithelial cell apical/basal polarity / receptor clustering / cell-cell adhesion / cell junction / basolateral plasma membrane / protein kinase binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Vang-like protein / Strabismus protein / L27-1 / L27_1 / L27 domain superfamily / : / Guanylate kinase, conserved site / Guanylate kinase-like signature. / Guanylate kinase-like domain profile. / Guanylate kinase-like domain ...Vang-like protein / Strabismus protein / L27-1 / L27_1 / L27 domain superfamily / : / Guanylate kinase, conserved site / Guanylate kinase-like signature. / Guanylate kinase-like domain profile. / Guanylate kinase-like domain / Guanylate kinase/L-type calcium channel beta subunit / Guanylate kinase / Guanylate kinase homologues. / PDZ domain / PDZ domain profile. / Domain present in PSD-95, Dlg, and ZO-1/2. / PDZ domain / PDZ superfamily / Src homology 3 domains / SH3-like domain superfamily / Src homology 3 (SH3) domain profile. / SH3 domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
MALONIC ACID / Vang-like protein 1 / Disks large-like protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Trichoplax sp. H2 (無脊椎動物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Maddumage, J.C. / Kvansakul, M.
資金援助 オーストラリア, 2件
組織認可番号国
National Health and Medical Research Council (NHMRC, Australia)APP1103871 オーストラリア
Australian Research Council (ARC)FT130101349 オーストラリア
引用ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of Trichoplax Dlg PDZ1 domain in complex with Trichoplax Vangl peptide
著者: Maddumage, J.C. / Kvansakul, M.
履歴
登録2022年12月21日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年1月10日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
D: Disks large-like protein 1
A: Disks large-like protein 1
B: Disks large-like protein 1
C: Disks large-like protein 1
E: Vang-like protein 1
F: Vang-like protein 1
G: Vang-like protein 1
H: Vang-like protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,45211
ポリマ－43,1408
非ポリマー3123
水2,432135
1
D: Disks large-like protein 1
E: Vang-like protein 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,7852
ポリマ－10,7852
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: Disks large-like protein 1
F: Vang-like protein 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,7852
ポリマ－10,7852
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
B: Disks large-like protein 1
G: Vang-like protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,9934
ポリマ－10,7852
非ポリマー2082
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
C: Disks large-like protein 1
H: Vang-like protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,8893
ポリマ－10,7852
非ポリマー1041
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)34.696, 47.953, 50.830
Angle α, β, γ (deg.)85.250, 72.080, 69.170
Int Tables number1
Space group name H-MP1
Space group name HallP1
Symmetry operation#1: x,y,z
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
d_1ens_1(chain "A" and (resid 1 through 10 or (resid 11...
d_2ens_1(chain "B" and (resid 1 through 10 or (resid 11...
d_3ens_1(chain "C" and (resid 1 through 23 or (resid 24...
d_4ens_1(chain "D" and (resid 1 through 10 or (resid 11...
d_1ens_2(chain "E" and (resid 116 through 122 or (resid 123...
d_2ens_2chain "F"
d_3ens_2(chain "G" and (resid 48 through 54 or (resid 55...

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg label comp-IDEnd label comp-IDLabel asym-IDLabel seq-ID
d_11ens_1GLNSERB2 - 79
d_12ens_1GLYARGB81 - 90
d_21ens_1GLNSERC2 - 79
d_22ens_1GLYARGC81 - 90
d_31ens_1GLNSERF1 - 78
d_32ens_1GLYARGF80 - 89
d_41ens_1GLNARGA2 - 89
d_11ens_2ASNVALH1 - 8
d_21ens_2ASNVALI1 - 8
d_31ens_2ASNVALJ1 - 8

NCSアンサンブル:
ID
ens_1
ens_2

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(-0.92674991047, 0.214976796485, 0.308090214737), (-0.0347581556908, 0.767506107294, -0.640098621994), (-0.374067472599, -0.603919988276, -0.703814019258)11.9104237503, -9.76434247486, 14.9838816602
2given(-0.927876811756, 0.229921027989, 0.293565909284), (0.0102413100797, -0.771268345651, 0.636427729255), (0.372746210944, 0.593533031841, 0.713287321029)29.3612730665, -8.07453369715, 4.30315987803
3given(0.999867876545, 0.0161926596162, 0.00142380745098), (0.0161505445344, -0.999536485976, 0.025806454871), (0.00184102263588, -0.0257800499674, -0.999665944033)17.5108845343, -18.0106583031, 19.0527293237
4given(0.999829474351, 0.00034320317063, -0.0184635974629), (0.000675087911356, -0.999838265231, 0.0179718567562), (-0.018454443259, -0.0179812566451, -0.999667998854)-16.6554112967, -18.3765611596, 20.2261015266
5given(-0.730186026261, -0.330123065579, -0.598203250264), (0.158646416697, -0.933518099265, 0.321520252573), (-0.664574812585, 0.139866793478, 0.734014712768)33.089278161, -30.0029115125, 27.459253049

-
要素

#1: タンパク質
Disks large-like protein 1


分子量: 9928.172 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Trichoplax sp. H2 (無脊椎動物) / 遺伝子: TrispH2_000924 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A369SI82
#2: タンパク質・ペプチド
Vang-like protein 1


分子量: 856.877 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Trichoplax sp. H2 (無脊椎動物) / 参照: UniProt: A0A369S4B9
#3: 化合物 ChemComp-MLA / MALONIC ACID / DICARBOXYLIC ACID C3 / PROPANEDIOLIC ACID / METHANEDICARBOXYLIC ACID / マロン酸


分子量: 104.061 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H4O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 135 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.81 Å3/Da / 溶媒含有率: 32.14 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 2.2 M sodium malonate dibasic monohydrate, pH 6.1 , 20% glucose

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.95372 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年9月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.95372 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→44.8 Å / Num. obs: 14440 / % possible obs: 97.7 % / 冗長度: 3.6 % / Biso Wilson estimate: 21.57 Å2 / CC1/2: 0.992 / Net I/σ(I): 7.7
反射 シェル解像度: 2.2→2.27 Å / Num. unique obs: 1247 / CC1/2: 0.816

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
DIALSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3RL7

3rl7


解像度: 2.2→33.36 Å / SU ML: 0.3283 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.98 / 位相誤差: 31.0308
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2643 759 5.26 %
Rwork0.2112 13672 -
obs0.2141 14431 97.66 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 27.17 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→33.36 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2881 0 21 135 3037
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.012933
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.94783968
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0588460
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0061532
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.50081068
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-IDRefine-IDタイプRms dev position (Å)
ens_1d_2BX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS1.39315263274
ens_1d_3BX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS1.44752972197
ens_1d_4BX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.756310401046
ens_2d_2HX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.617693174915
ens_2d_3HX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS3.41417078542
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.2-2.370.34271410.262705X-RAY DIFFRACTION96.7
2.37-2.610.35651290.25942752X-RAY DIFFRACTION97.5
2.61-2.990.30811840.23452703X-RAY DIFFRACTION97.24
2.99-3.760.2381440.1912760X-RAY DIFFRACTION98.31
3.76-33.360.20931610.1812752X-RAY DIFFRACTION98.55
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 12.594167925 Å / Origin y: -9.18082368524 Å / Origin z: 9.81651069256 Å
111213212223313233
T0.168766655285 Å2-0.00440242416384 Å20.0396464690876 Å2-0.189089627167 Å20.0425201608725 Å2--0.401570409623 Å2
L0.106751693808 °20.111136042419 °2-0.0679082083054 °2-0.21996308948 °2-0.125835261077 °2--0.333039538063 °2
S-0.0160435728072 Å °-0.000614530001234 Å °-0.0230453323008 Å °-6.84405416721E-5 Å °-0.020817846192 Å °-0.017590690569 Å °-0.00578281760018 Å °-0.00308785120555 Å °0.0355898969563 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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