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- PDB-8c18: Solution structure of carotenoid-binding protein AstaPo1 in compl... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8c18
タイトルSolution structure of carotenoid-binding protein AstaPo1 in complex with astaxanthin
要素Astaxanthin binding fasciclin family protein
キーワードTRANSPORT PROTEIN / PROTEIN / ASTAXANTHIN / CAROTENOID
機能・相同性: / Fasciclin domain / Four repeated domains in the Fasciclin I family of proteins, present in many other contexts. / FAS1 domain / FAS1 domain superfamily / FAS1/BIgH3 domain profile. / ASTAXANTHIN / Astaxanthin binding fasciclin family protein
機能・相同性情報
生物種Coelastrella astaxanthina (植物)
手法溶液NMR / torsion angle dynamics
データ登録者Kornilov, F.D. / Savitskaya, A.G. / Slonimskiy, Y.B. / Goncharuk, S.A. / Sluchanko, N.N. / Mineev, K.S.
資金援助 ロシア, 1件
組織認可番号国
Russian Federation President GrantMD-2834.2022.1.4 ロシア
引用ジャーナル: Commun Biol / 年: 2023
タイトル: Structural basis for the ligand promiscuity of the neofunctionalized, carotenoid-binding fasciclin domain protein AstaP.
著者: Kornilov, F.D. / Slonimskiy, Y.B. / Lunegova, D.A. / Egorkin, N.A. / Savitskaya, A.G. / Kleymenov, S.Y. / Maksimov, E.G. / Goncharuk, S.A. / Mineev, K.S. / Sluchanko, N.N.
履歴
登録2022年12月20日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年4月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年5月17日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22024年6月19日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Astaxanthin binding fasciclin family protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,2312
ポリマ－21,6341
非ポリマー5971
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: NMR Distance Restraints, 3D 13C,15N-filtered,13C-edited-NOESY-HSQC
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area1180 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area14030 Å2
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 200structures with the least restraint violations
代表モデルモデル #1fewest violations

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要素

#1: タンパク質 Astaxanthin binding fasciclin family protein


分子量: 21634.139 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Coelastrella astaxanthina (植物) / 遺伝子: astaP / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: S6BQ14
#2: 化合物 ChemComp-AXT / ASTAXANTHIN / 3,3'-DIHYDROXY-BETA,BETA-CAROTENE-4,4'-DIONE / アスタキサンチン


分子量: 596.838 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C40H52O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic23D HNCA
1151isotropic22D 1H-13C HSQC aliphatic
1161isotropic22D 1H-15N HSQC
1171isotropic22D 1H-13C HSQC aromatic
121isotropic23D HN(CO)CA
131isotropic23D CBCA(CO)NH
241isotropic23D HNHB
2181isotropic22D 1H-13C HSQC aliphatic
2191isotropic22D 1H-15N HSQC
2201isotropic22D 1H-13C HSQC aromatic
2231isotropic12D 1H-13C HSQC aliphatic
2221isotropic12D 1H-15N HSQC
2211isotropic12D 1H-13C HSQC aromatic
151isotropic13D HNCO
161isotropic13D 1H-15N NOESY
171isotropic13D 1H-13C NOESY
181isotropic13D HN(CA)CO
191isotropic13D HN(CA)CB
1101isotropic13D (H)CCH-TOCSY
1271isotropic13D (H)CCH-COSY
2261isotropic12D 1H-13C HSQC aliphatic
2251isotropic12D 1H-15N HSQC
2241isotropic12D 1H-13C HSQC aromatic
2111isotropic13D 1H-13C NOESY
2121isotropic13D (H)CCH-TOCSY
2131isotropic13D 1H-15N NOESY
2141isotropic13D HNCO
2281isotropic13D (H)CCH-COSY

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試料調製

詳細タイプ: solution
内容: 150 mM sodium chloride, 50 mM TRIS, 0.02 % w/v sodium azide, 250 uM [U-100% 13C; U-100% 15N] AstaPo1, 250 uM Astaxanthin, 95% H2O/5% D2O
Label: 13C15N_sample / 溶媒系: 95% H2O/5% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
150 mMsodium chloridenatural abundance1
50 mMTRISnatural abundance1
0.02 % w/vsodium azidenatural abundance1
250 uMAstaPo1[U-100% 13C; U-100% 15N]1
250 uMAstaxanthinnatural abundance1
試料状態
Conditions-IDイオン強度LabelpH圧 (kPa)温度 (K)
1200 mMcondition_29871 atm298 K
2200 mMcondition_31371 atm313 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AVANCE IIIBrukerAVANCE III6001
Bruker AVANCE IIIBrukerAVANCE III8002

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
CYANA3.98.13Guntert, Mumenthaler and Wuthrich精密化
CYANA3.98.13Guntert, Mumenthaler and Wuthrichstructure calculation
CARAKeller and Wuthrichchemical shift assignment
CARAKeller and Wuthrichpeak picking
qMDDMayzel, Kazimierczuk, Orekhov解析
TopSpinBruker Biospin解析
TALOS-NCornilescu, Baxデータ解析
MOLMOLKoradi, Billeter and Wuthrichデータ解析
PyMOLSchrodinger, Inc.データ解析
精密化手法: torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: fewest violations
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the least restraint violations
計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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