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- PDB-8c0n: Crystal structure of the red form of the mTagFT fluorescent timer -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8c0n
タイトルCrystal structure of the red form of the mTagFT fluorescent timer
要素Blue-to-red TagFT fluorescent timer
キーワードFLUORESCENT PROTEIN / timer / blue-to-red / TagFT / genetically encoded / red form / LYG
機能・相同性Green fluorescent protein-related / Green fluorescent protein / Green fluorescent protein / bioluminescence / Red fluorescent protein eqFP611
機能・相同性情報
生物種Entacmaea quadricolor (イソギンチャク)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Boyko, K.M. / Nikolaeva, A.Y. / Vlaskina, A.V. / Agapova, Y.K. / Subach, O.M. / Popov, V.O. / Subach, F.V.
資金援助 ロシア, 1件
組織認可番号国
Russian Science Foundation21-74-20135 ロシア
引用ジャーナル: Int J Mol Sci / 年: 2023
タイトル: Blue-to-Red TagFT, mTagFT, mTsFT, and Green-to-FarRed mNeptusFT2 Proteins, Genetically Encoded True and Tandem Fluorescent Timers.
著者: Subach, O.M. / Vlaskina, A.V. / Agapova, Y.K. / Nikolaeva, A.Y. / Anokhin, K.V. / Piatkevich, K.D. / Patrushev, M.V. / Boyko, K.M. / Subach, F.V.
履歴
登録2022年12月19日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年3月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02023年11月15日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp_atom / chem_comp_bond / entity_name_com / entity_src_gen / pdbx_validate_main_chain_plane / pdbx_validate_torsion / struct_conn / struct_ref / struct_ref_seq / struct_ref_seq_dif
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_atom_id / _entity_src_gen.gene_src_common_name / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_scientific_name / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_ref.db_code / _struct_ref.db_name / _struct_ref.pdbx_align_begin / _struct_ref.pdbx_db_accession / _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code / _struct_ref_seq.db_align_beg / _struct_ref_seq.db_align_end / _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg / _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end / _struct_ref_seq.pdbx_db_accession / _struct_ref_seq.seq_align_beg / _struct_ref_seq.seq_align_end

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Blue-to-red TagFT fluorescent timer
B: Blue-to-red TagFT fluorescent timer
C: Blue-to-red TagFT fluorescent timer
D: Blue-to-red TagFT fluorescent timer


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)124,9264
ポリマ－124,9264
非ポリマー00
水72140
1
A: Blue-to-red TagFT fluorescent timer


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,2311
ポリマ－31,2311
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Blue-to-red TagFT fluorescent timer


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,2311
ポリマ－31,2311
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Blue-to-red TagFT fluorescent timer


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,2311
ポリマ－31,2311
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Blue-to-red TagFT fluorescent timer


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,2311
ポリマ－31,2311
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)60.645, 95.317, 95.383
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number3
Space group name H-MP121

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要素

#1: タンパク質
Blue-to-red TagFT fluorescent timer / GFP-like chromoprotein


分子量: 31231.402 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Entacmaea quadricolor (イソギンチャク)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8ISF8
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 40 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.26 %
結晶化温度: 288 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0,2 M Lithium sulfate, 0.1M Bis-tris pH 6.5, 27% PEG 3350.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL41XU / 波長: 0.8 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年8月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.8 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→95.38 Å / Num. obs: 23481 / % possible obs: 97.3 % / 冗長度: 2.6 % / CC1/2: 0.974 / Rmerge(I) obs: 0.164 / Rpim(I) all: 0.123 / Rrim(I) all: 0.206 / Χ2: 0.91 / Net I/σ(I): 4.7 / Num. measured all: 61067
反射 シェル解像度: 2.9→3.08 Å / % possible obs: 98.2 % / 冗長度: 2.5 % / Rmerge(I) obs: 1.191 / Num. measured all: 9558 / Num. unique obs: 3823 / CC1/2: 0.337 / Rpim(I) all: 0.945 / Rrim(I) all: 1.528 / Χ2: 0.81 / Net I/σ(I) obs: 1.1

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解析

ソフトウェア
名称分類
BUSTER精密化
Aimlessデータスケーリング
DIALSデータ削減
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3M22

3m22


解像度: 2.9→95.32 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.916 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.904 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU Rfree Blow DPI: 0.421
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2773 1023 4.37 %RANDOM
Rwork0.2423 ---
obs0.2438 23426 96.8 %-
原子変位パラメータBiso mean: 73.27 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-4.6786 Å20 Å22.5345 Å2
2---1.473 Å20 Å2
3----3.2056 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.45 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.9→95.32 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6703 0 64 40 6807
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0086944HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.089430HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d2318SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes1184HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it6944HARMONIC10
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.07
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion19.32
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion903SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact5125SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.9→2.92 Å / Total num. of bins used: 51
Rfactor反射数%反射
Rfree0.4778 -5.33 %
Rwork0.3423 444 -
all0.3488 469 -
obs--96.62 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.23831.50581.16944.41430.56084.28810.0034-0.2144-0.0078-0.0869-0.11190.014-0.2225-0.34520.1085-0.291-0.00510.01440.0864-0.0901-0.2021-14.3244-38.576863.6976
23.9941-1.25541.40253.4368-0.03884.5479-0.00770.0159-0.28030.15130.11860.3348-0.023-0.0629-0.1109-0.21950.01180.0187-0.11380.10050.0741-14.326-16.41779.3312
34.28371.0477-1.41674.0999-0.34254.39420.00740.06230.2599-0.24990.11540.33960.1072-0.0393-0.1228-0.2941-0.02150.0392-0.15460.11180.016-14.371415.8097-9.4104
43.5844-1.1322-1.1494.6240.48654.1483-0.03940.2198-0.02930.1106-0.07640.09580.187-0.37690.1158-0.3430.01650.02840.0349-0.0961-0.2671-14.3051-57.165631.5995
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|* }
3X-RAY DIFFRACTION3{ C|* }
4X-RAY DIFFRACTION4{ D|* }

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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